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- PDB-6h9c: Cryo-EM structure of archaeal extremophilic internal membrane-con... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h9c
タイトルCryo-EM structure of archaeal extremophilic internal membrane-containing Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (HCIV-1) at 3.74 Angstroms resolution.
要素
  • (Half) GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer sitting ON the icosahedral 2-fold axis.
  • GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer NOT sitting on the icosahedral 2-fold axis.
  • GPS-III molecule located underneath the capsomer close to the icosahedral three-fold axis.
  • Peripentonal unknown polypeptide
  • VP4
  • VP7
  • VP9
キーワードVIRUS / vertical single beta-barrel virus / internal membrane-containing archaeal virus.
機能・相同性VP7 / VP4 / VP9
機能・相同性情報
生物種Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.74 Å
データ登録者Abrescia, N.G. / Santos-Perez, I. / Charro, D.
資金援助 スペイン, フィンランド, 4件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2015-64541-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessSEV-2016-0644 スペイン
Academy of Finland1306833, 255342,256518,283072 フィンランド
Other governmentBasque Governament PRE_2016_2_0151 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for assembly of vertical single β-barrel viruses.
著者: Isaac Santos-Pérez / Diego Charro / David Gil-Carton / Mikel Azkargorta / Felix Elortza / Dennis H Bamford / Hanna M Oksanen / Nicola G A Abrescia /
要旨: The vertical double β-barrel major capsid protein (MCP) fold, fingerprint of the PRD1-adeno viral lineage, is widespread in many viruses infecting organisms across the three domains of life. The ...The vertical double β-barrel major capsid protein (MCP) fold, fingerprint of the PRD1-adeno viral lineage, is widespread in many viruses infecting organisms across the three domains of life. The discovery of PRD1-like viruses with two MCPs challenged the known assembly principles. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal, halophilic, internal membrane-containing Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (HCIV-1) and Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2) at 3.7 and 3.8 Å resolution, respectively. Our structures reveal proteins located beneath the morphologically distinct two- and three-tower capsomers and homopentameric membrane proteins at the vertices that orchestrate the positioning of pre-formed vertical single β-barrel MCP heterodimers. The cryo-EM based structures together with the proteomics data provide insights into the assembly mechanism of this type of viruses and into those with membrane-less double β-barrel MCPs.
履歴
登録2018年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Data processing
カテゴリ: em_3d_reconstruction / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _em_3d_reconstruction.resolution / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22022年12月14日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-0174
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0174
  • UCSF Chimeraによる作画
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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: VP7
b: VP9
c: GPS-III molecule located underneath the capsomer close to the icosahedral three-fold axis.
d: GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer NOT sitting on the icosahedral 2-fold axis.
e: (Half) GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer sitting ON the icosahedral 2-fold axis.
f: Peripentonal unknown polypeptide
Z: VP4
A: VP4
B: VP4
C: VP4
P: VP4
Q: VP4
O: VP4
V: VP4
U: VP4
H: VP4
G: VP4
X: VP4
F: VP7
E: VP7
R: VP7
T: VP7
S: VP7
W: VP7
K: VP7
J: VP7
M: VP7
N: VP7
I: VP7
L: VP7
a: VP7
Y: VP7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)648,00032
ポリマ－648,00032
非ポリマー00
水00
1
D: VP7
b: VP9
c: GPS-III molecule located underneath the capsomer close to the icosahedral three-fold axis.
d: GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer NOT sitting on the icosahedral 2-fold axis.
e: (Half) GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer sitting ON the icosahedral 2-fold axis.
f: Peripentonal unknown polypeptide
Z: VP4
A: VP4
B: VP4
C: VP4
P: VP4
Q: VP4
O: VP4
V: VP4
U: VP4
H: VP4
G: VP4
X: VP4
F: VP7
E: VP7
R: VP7
T: VP7
S: VP7
W: VP7
K: VP7
J: VP7
M: VP7
N: VP7
I: VP7
L: VP7
a: VP7
Y: VP7
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,880,0191920
ポリマ－38,880,0191920
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59

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要素

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タンパク質 , 5種, 30分子 DFERTSWKJMNILaYbcdZABCPQOVUHGX

#1: タンパク質
VP7


分子量: 19912.832 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
Plasmid details: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 / 参照: UniProt: A0A1C7A3R1
#2: タンパク質 VP9


分子量: 16271.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
参照: UniProt: A0A1C7A3R7
#3: タンパク質 GPS-III molecule located underneath the capsomer close to the icosahedral three-fold axis.


分子量: 9209.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
#4: タンパク質 GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer NOT sitting on the icosahedral 2-fold axis.


分子量: 6400.881 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
Plasmid details: Haloarcula californiae icosahedral virus 1
#7: タンパク質
VP4


分子量: 25995.318 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
Plasmid details: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 / 参照: UniProt: A0A1C7A3R2

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 ef

#5: タンパク質・ペプチド (Half) GPS-II protein located underneath the two-tower capsomer sitting ON the icosahedral 2-fold axis.


分子量: 3932.839 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)
Plasmid details: Haloarcula californiae icosahedral virus 1
#6: タンパク質・ペプチド Peripentonal unknown polypeptide


分子量: 1549.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Haloarcula californiae ATCC 33799 (好塩性)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 / タイプ: VIRUS / 詳細: Haloarcula californiae icosahedral virus - 1 / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Haloarcula californiae ATCC 33799
ウイルス殻直径: 800 nm / 三角数 (T数): 28
緩衝液pH: 7.2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
11 MSodium ChlorideNaCl1
270 mMMagnesium ChlorideMgCl21
320 mMPotasium ChlorideKCl1
41 mMCalcium ChlorideCaCl21
550 mMTris-HClC4H11NO31
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Haloarcula californiae icosahedral virus 1. Taxonomic identifier 1735722 NCBI.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 36 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3218
画像スキャン動画フレーム数/画像: 27 / 利用したフレーム数/画像: 1-26

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1RELION2粒子像選択
4CTFFIND4CTF補正
7Coot0.8.8モデルフィッティングInitial model building software
9RELION2初期オイラー角割当
10RELION2最終オイラー角割当
11RELION2分類
12RELION2３次元再構成
19Coot0.8.8モデル精密化Initial fixing of geometry
20RosettaEM3.8モデル精密化Initial EM model refinement
21PHENIX1.13-2988モデル精密化Model refinement
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 4584
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 3.74 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3414 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 89.1 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
詳細: The HCIV-1 VP7 and VP4 MCPs were manually built aided by beta-barrel core templates derived from the crystal structures of Thermus bacteriophage P23-77 MCPs (PDB ID 3ZN6).
精密化最高解像度: 3.74 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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