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- PDB-6h7e: GEF regulatory domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h7e
タイトルGEF regulatory domain
要素cDNA FLJ56134, highly similar to Rap guanine nucleotide exchange factor 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / GEF / cAMP / regulatory / Membrane binding domain / EPAC
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of syncytium formation by plasma membrane fusion / : / positive regulation of syncytium formation by plasma membrane fusion / positive regulation of protein acetylation / Rap protein signal transduction / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / small GTPase-mediated signal transduction / microvillus / endomembrane system ...negative regulation of syncytium formation by plasma membrane fusion / : / positive regulation of syncytium formation by plasma membrane fusion / positive regulation of protein acetylation / Rap protein signal transduction / Rap1 signalling / establishment of endothelial barrier / small GTPase-mediated signal transduction / microvillus / endomembrane system / cAMP binding / cellular response to cAMP / positive regulation of stress fiber assembly / Integrin signaling / cAMP-mediated signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of protein export from nucleus / positive regulation of GTPase activity / filopodium / Regulation of insulin secretion / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / lamellipodium / angiogenesis / adaptive immune response / protein domain specific binding / signal transduction / extracellular exosome / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. ...Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin (DEP) / DEP domain profile. / Domain found in Dishevelled, Egl-10, and Pleckstrin / DEP domain / Ras guanine-nucleotide exchange factor, conserved site / Ras Guanine-nucleotide exchange factors domain signature. / RasGEF N-terminal motif / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like GTPases; N-terminal motif / Ras-like guanine nucleotide exchange factor, N-terminal / Ras guanine-nucleotide exchange factors N-terminal domain profile. / Ras-like guanine nucleotide exchange factor / Ras guanine-nucleotide exchange factor, catalytic domain superfamily / Ras guanine nucleotide exchange factor domain superfamily / RasGEF domain / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain profile. / Guanine nucleotide exchange factor for Ras-like small GTPases / Ras guanine-nucleotide exchange factors catalytic domain / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ubiquitin-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / cDNA FLJ56134, highly similar to Rap guanine nucleotide exchange factor 3 / Rap guanine nucleotide exchange factor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ferrandez, Y. / Cherfils, J. / Peurois, F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Membranes prime the RapGEF EPAC1 to transduce cAMP signaling.
著者: Sartre, C. / Peurois, F. / Ley, M. / Kryszke, M.H. / Zhang, W. / Courilleau, D. / Fischmeister, R. / Ambroise, Y. / Zeghouf, M. / Cianferani, S. / Ferrandez, Y. / Cherfils, J.
履歴
登録2018年7月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cDNA FLJ56134, highly similar to Rap guanine nucleotide exchange factor 3
B: cDNA FLJ56134, highly similar to Rap guanine nucleotide exchange factor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4246
ポリマ－60,5732
非ポリマー8514
水2,432135
1
A: cDNA FLJ56134, highly similar to Rap guanine nucleotide exchange factor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7123
ポリマ－30,2871
非ポリマー4252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cDNA FLJ56134, highly similar to Rap guanine nucleotide exchange factor 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7123
ポリマ－30,2871
非ポリマー4252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.698, 105.617, 160.556
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.04, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-570-

HOH

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要素

#1: タンパク質 cDNA FLJ56134, highly similar to Rap guanine nucleotide exchange factor 3


分子量: 30286.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: B7Z5J6, UniProt: O95398*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.85 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 % w/v Polyethylene glycol 3,350, 100 mM BIS-TRIS propane; pH 6.5 200 mM Sodium Potassium phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 298.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→88.24 Å / Num. obs: 180358 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 9.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→88.237 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2369 1548 5.04 %
Rwork0.1946 --
obs0.1966 30684 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→88.237 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3922 0 54 135 4111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064125
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8775592
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.9912472
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.37420.30911450.29072590X-RAY DIFFRACTION99
2.3742-2.45910.29731420.26062651X-RAY DIFFRACTION98
2.4591-2.55760.27081860.24332547X-RAY DIFFRACTION99
2.5576-2.6740.32171450.252648X-RAY DIFFRACTION99
2.674-2.8150.31791200.24352660X-RAY DIFFRACTION99
2.815-2.99130.29441440.23322656X-RAY DIFFRACTION99
2.9913-3.22230.26761470.20072632X-RAY DIFFRACTION99
3.2223-3.54660.2375990.19032705X-RAY DIFFRACTION100
3.5466-4.05980.20261610.16982638X-RAY DIFFRACTION100
4.0598-5.11490.18091430.14732675X-RAY DIFFRACTION100
5.1149-88.30220.19691160.17562734X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 7.036 Å / Origin y: -28.4623 Å / Origin z: 47.5518 Å
111213212223313233
T0.3633 Å2-0.0406 Å20.002 Å2-0.3275 Å2-0.0114 Å2--0.3437 Å2
L0.591 °2-0.1912 °2-0.4162 °2-0.3309 °20.1314 °2--1.0052 °2
S0.0364 Å °0.218 Å °0.0107 Å °-0.1977 Å °0.0244 Å °-0.0566 Å °0.0189 Å °-0.0431 Å °-0.0622 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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