PDB-2c0g: Structure of PDI-related Chaperone, Wind mutant-Y53S

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2c0g

タイトル

Structure of PDI-related Chaperone, Wind mutant-Y53S

要素

WINDBEUTEL PROTEIN

キーワード

CHAPERONE / WIND / WINDBEUTEL / PDI-DBETA / PDI / PROTEIN DISULFIDE ISOMERASE / PIPE / DORSAL-VENTRAL PATTERNING / WIND MUTANTS / DEVELOPMENTAL PROTEIN / ENDOPLASMIC RETICULUM

機能・相同性

機能・相同性情報

maternal specification of dorsal/ventral axis, oocyte, soma encoded / protein folding in endoplasmic reticulum / dorsal/ventral axis specification / embryo development ending in birth or egg hatching / protein secretion / regulation of multicellular organism growth / endomembrane system / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Sevvana, M. / Ma, Q. / Barnewitz, K. / Guo, C. / Soling, H.-D. / Ferrari, D.M. / Sheldrick, G.M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structural Elucidation of the Pdi-Related Chaperone Wind with the Help of Mutants.
著者: Sevvana, M. / Biadene, M. / Ma, Q. / Guo, C. / Soling, H.-D. / Sheldrick, G.M. / Ferrari, D.M.

履歴

登録	2005年9月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2006年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年10月22日	Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2c0g.cif.gz	181.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2c0g.ent.gz	144.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2c0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/2c0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/2c0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c0eC 2c0fC 2c1yC 1ovnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2c0e-1 2c0f-1 6h7e-1 6h7e-2 5iw3-d 1lji-d 5lsb-1 3o0m-d 3asg-1 4jxb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WINDBEUTEL PROTEIN

B: WINDBEUTEL PROTEIN

ヘテロ分子

57 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WINDBEUTEL PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: WINDBEUTEL PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.476, 50.557, 98.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.06, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	WINDBEUTEL PROTEIN / ERP29 HOMOLOG 分子量: 28471.430 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) プラスミド: PQE-30 (QIAGEN) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-BLUE / 参照: UniProt: O44342
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化	pH: 6 詳細: PROTEIN: 10.0MG/ML Y53S IN 5MM HEPES PH7.5, 25MM NACL, 0.0025%(V/V) BETA-MERCAPTOETHANOL RESERVOIR: 0.1M MES PH6.0, 50MM NACL, 18%(V/V) PEG 400 5% GLYCEROL CRYO: 0.1M MES PH6.0, 25%(V/V) PEG ...詳細: PROTEIN: 10.0MG/ML Y53S IN 5MM HEPES PH7.5, 25MM NACL, 0.0025%(V/V) BETA-MERCAPTOETHANOL RESERVOIR: 0.1M MES PH6.0, 50MM NACL, 18%(V/V) PEG 400 5% GLYCEROL CRYO: 0.1M MES PH6.0, 25%(V/V) PEG 400, 10%(V/V)GLYCEROL,50MM NACL, pH 6.00

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.7 %

結晶化

pH: 6
詳細: PROTEIN: 10.0MG/ML Y53S IN 5MM HEPES PH7.5, 25MM NACL, 0.0025%(V/V) BETA-MERCAPTOETHANOL RESERVOIR: 0.1M MES PH6.0, 50MM NACL, 18%(V/V) PEG 400 5% GLYCEROL CRYO: 0.1M MES PH6.0, 25%(V/V) PEG ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.8976
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→25 Å / Num. obs: 47523 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.86 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 19.32
反射シェル	解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 3.96 / % possible all: 95.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
EPMR		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OVN

1ovn

解像度: 1.75→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / SU B: 5.177 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.268	2487	5 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
obs	0.222	47523	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.34 Å²	0 Å²	-0.55 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3299	0	2	167	3468

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	3367
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.784	1.964	4551
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.47	5	449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.054	24.737	133
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.88	15	533
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.404	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2540
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.22	0.2	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.31	0.2	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.263	0.2	44
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.152	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.04	1.5	2208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.752	2	3492
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.002	3	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.464	4.5	1058
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.336	151
R_work	0.27	3304

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4156	0.3155	0.6987	3.0097	0.2399	2.4222	-0.0894	0.0608	0.2426	-0.061	0.0185	0.0189	-0.1571	0.0228	0.0709	-0.1015	-0.0111	-0.0282	-0.1137	-0.0042	-0.04	24.7646	51.4322	61.0756
2	1.7285	-0.4936	-0.3896	2.009	0.396	1.9689	0.0325	0.0323	-0.0928	-0.049	-0.0971	-0.0549	-0.0692	0.1083	0.0646	-0.1026	-0.0027	0.0129	-0.0678	-0.0113	-0.0751	17.6024	35.2572	32.8236
3	1.7059	-0.0279	0.2264	2.6045	-0.2776	2.3826	-0.0961	-0.2337	-0.0652	0.4581	0.0628	0.0684	0.1012	-0.0212	0.0333	-0.0028	0.0128	0.0151	-0.0981	0.0008	-0.0864	20.5442	31.9809	74.5928
4	4.6466	-0.5729	1.3127	5.8511	3.8388	8.0434	-0.0201	0.4238	0.0798	0.0425	0.2714	-0.2511	0.5507	0.8452	-0.2514	0.0539	0.0796	-0.0225	0.1024	-0.0502	-0.0818	39.095	42.9539	99.2271

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1024 - 1146
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1147 - 1251
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1024 - 1146
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1147 - 1248

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)