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万見
- PDB-1ovn: Crystal Structure and Functional Analysis of Drosophila Wind-- a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ovn
タイトルCrystal Structure and Functional Analysis of Drosophila Wind-- a PDI-Related Protein
要素Windbeutel
キーワードCHAPERONE / Wind / Windbeutel / PDI-Dbeta / PDI / protein disulfide isomerase / Pipe / dorsal-ventral patterning
機能・相同性
機能・相同性情報


maternal specification of dorsal/ventral axis, oocyte, soma encoded / protein folding in endoplasmic reticulum / dorsal/ventral axis specification / embryo development ending in birth or egg hatching / protein secretion / regulation of multicellular organism growth / endomembrane system / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum protein erp29 / Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal domain / Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal / ERp29, N-terminal / Endoplasmic reticulum resident protein 29 / Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal domain superfamily / Endoplasmic reticulum protein ERp29, C-terminal domain / ERp29, N-terminal domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Glutaredoxin ...Endoplasmic reticulum protein erp29 / Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal domain / Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal / ERp29, N-terminal / Endoplasmic reticulum resident protein 29 / Endoplasmic reticulum resident protein 29, C-terminal domain superfamily / Endoplasmic reticulum protein ERp29, C-terminal domain / ERp29, N-terminal domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein windbeutel
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ma, Q. / Guo, C. / Barnewitz, K. / Sheldrick, G.M. / Soling, H.D. / Uson, I. / Ferrari, D.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure and functional analysis of Drosophila Wind, a protein-disulfide isomerase-related protein.
著者: Ma, Q. / Guo, C. / Barnewitz, K. / Sheldrick, G.M. / Soling, H.D. / Uson, I. / Ferrari, D.M.
履歴
登録2003年3月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Windbeutel
B: Windbeutel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,2283
ポリマ－57,0952
非ポリマー1331
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)106.678, 50.358, 98.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-345-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Windbeutel


分子量: 28547.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Wind / プラスミド: pQE-30 (Qiagen) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue / 参照: UniProt: O44342
#2: 化合物 ChemComp-CS / CESIUM ION


分子量: 132.905 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: mixing 6ul [5.8mg/ml Wind in 5mM HEPES pH7.5, 25mM NaCl, 0.0025%(V/V) beta-mercaptoethanol] with 3ul [0.1M MES pH6.1, 0.1M CsCl, 2mM CaCl2, 16%(V/V) PEG 300] cryo-condition: 0.1M Mes pH6.1, ...詳細: mixing 6ul [5.8mg/ml Wind in 5mM HEPES pH7.5, 25mM NaCl, 0.0025%(V/V) beta-mercaptoethanol] with 3ul [0.1M MES pH6.1, 0.1M CsCl, 2mM CaCl2, 16%(V/V) PEG 300] cryo-condition: 0.1M Mes pH6.1, 20%(V/V) PEG 300, 10%(V/V)glycerol, 0.1M CsCl, 2mM CaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
15.8 mg/mlprotein1drop
25 mMHEPES1droppH7.5
325 mM1dropNaCl
40.0025 %(v/v)beta-mercaptoethanol1drop
50.1 MMES1reservoirpH6.1
60.1 M1reservoirCsCl
72 mM1reservoirCaCl2
816 %(v/v)PEG3001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.811 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年7月31日 / 詳細: bent mirror
放射モノクロメーター: Triangular monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→37.64 Å / Num. all: 38218 / Num. obs: 38218 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 49.18 Å2 / Rsym value: 0.0565 / Net I/σ(I): 13.96
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.79 % / Mean I/σ(I) obs: 4.77 / Num. unique all: 5373 / Rsym value: 0.2759 / % possible all: 99.6
反射
*PLUS
% possible obs: 0.0447 %
反射 シェル
*PLUS
最低解像度: 2 Å / % possible obs: 99.6 % / Rmerge(I) obs: 0.1959

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
XPREPデータ削減
CCP4データスケーリング
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→35.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 3.927 / SU ML: 0.117 / Isotropic thermal model: individual isotropic B values / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: METHOD OF MINIMIZATION: SPARSE MATRIX
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25571 1859 4.9 %5%,THIN SHELLS
Rwork0.21584 ---
all0.2179 38216 --
obs0.2179 38216 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.247 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.37 Å20 Å2-0.42 Å2
2---0.56 Å20 Å2
3----0.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.152 Å0.163 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3295 0 1 152 3448
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0213363
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1321.9554563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6195453
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2513
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022578
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2370.21691
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1590.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.230.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9212.52238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.57953517
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.915.51125
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.30481046
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.338 97
Rwork0.246 2677
obs-2774
精密化
*PLUS
最低解像度: 37.64 Å / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor Rfree: 0.2557 / Rfactor Rwork: 0.2158
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg2.13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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