PDB-6h62: QTRT1, the catalytic subunit of murine tRNA-Guanine Transglycosylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h62

タイトル

QTRT1, the catalytic subunit of murine tRNA-Guanine Transglycosylase

要素

Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1

キーワード

TRANSFERASE / Transglycosylase / TIM Barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

tRNA-guanosine34 queuine transglycosylase / transferase complex / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / mitochondrial outer membrane / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / protein-containing complex / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.684 Å

データ登録者

Behrens, C. / Heine, A. / Reuter, K.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural and Biochemical Investigation of the Heterodimeric Murine tRNA-Guanine Transglycosylase.
著者: Sebastiani, M. / Behrens, C. / Dorr, S. / Gerber, H.D. / Benazza, R. / Hernandez-Alba, O. / Cianferani, S. / Klebe, G. / Heine, A. / Reuter, K.

履歴

登録	2018年7月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h62.cif.gz	282.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h62.ent.gz	230.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/6h62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7b2iC 7ov9C 7ovoC 7ovsC 7owzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ev9-d 1p0d-1 1wkf-2 6ygy-1 6ug5-d 5oni-d 1nex-2 4mvb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1

B: Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1

ヘテロ分子

88.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry, 20% Homodimer

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.704, 93.767, 117.127
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Queuine tRNA-ribosyltransferase catalytic subunit 1 / Guanine insertion enzyme / tRNA-guanine transglycosylase 分子量: 44145.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Qtrt1, Tgt, Tgut / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9JMA2, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 詳細: 100mM CAPS pH 10.5, 200 mM Sodium chloride, 20% PEG 8000

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	BESSY	14.1	1	1.282814
シンクロトロン	BESSY	14.1	2	1.283345

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
DECTRIS PILATUS 6M	1	PIXEL	2018年4月7日
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2018年4月7日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	MAD	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.282814	1
2	1.283345	1

反射

Entry-ID: 6H62

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_sym value	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
2.68-50	49608	99.7	6.98	0.121	1	13.95
3.42-50	24015	99.1	7.1	0.194	2	11.81

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_sym value	Diffraction-ID
2.68-2.85	6.98	3	7918	0.663	1
3.42-3.63	6.9	3.7	3719	0.724	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
Coot		モデル構築
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.684→47.985 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2276	2054	4.14 %
R_work	0.1868	-	-
obs	0.1886	49585	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.684→47.985 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5394	0	14	84	5492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5517
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.45	7503
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.241	3291
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	881
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	964

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6841-2.7465	0.278	128	0.2468	3046	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7465-2.8152	0.3024	135	0.231	3189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8152-2.8913	0.3109	137	0.2255	3185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8913-2.9764	0.2667	134	0.2226	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9764-3.0724	0.2438	143	0.2192	3197	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0724-3.1822	0.2441	141	0.2113	3159	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1822-3.3096	0.248	138	0.206	3195	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3096-3.4602	0.2321	135	0.1939	3170	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4602-3.6426	0.2354	139	0.1863	3195	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6426-3.8707	0.213	140	0.173	3149	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8707-4.1694	0.202	138	0.1539	3214	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1694-4.5887	0.1816	133	0.1476	3157	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5887-5.2519	0.2133	137	0.1527	3184	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2519-6.6141	0.2257	136	0.2063	3181	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6141-47.9926	0.2215	140	0.1948	3151	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2621	-0.3912	-0.4364	1.7156	-0.36	1.837	0.0867	0.0775	-0.4739	-0.1117	-0.0726	-0.0771	0.0283	0.0026	0.0054	0.2773	-0.0173	0.0015	0.2824	0.0331	0.302	57.9582	50.8571	41.3336
2	0.8512	-0.0148	0.0418	2.602	-0.7813	0.8695	0.063	-0.2747	-0.4939	0.3071	-0.1716	-0.2983	0.1281	0.0881	0.1073	0.323	-0.0557	-0.0706	0.3838	0.1488	0.5111	61.5118	39.5771	54.2235
3	2.9842	0.1613	0.3923	1.7791	0.2836	2.0213	0.0432	-0.3332	0.0605	0.1303	-0.1972	0.3271	-0.2955	-0.316	0.1484	0.3683	0.0034	-0.0119	0.3913	-0.0457	0.3209	44.6992	61.4511	50.5776
4	1.9791	0.0646	0.6877	1.3482	0.0031	2.0953	-0.1279	0.0571	0.1591	-0.2413	-0.0389	0.0443	-0.2866	0.1173	0.1615	0.3372	0.0099	-0.0378	0.2651	0.0062	0.2499	22.101	36.3993	23.155
5	1.3786	-1.449	-0.5093	1.8208	0.9799	0.4717	-0.2275	-0.288	0.6565	-0.0931	0.3054	-0.1751	-0.4283	0.1659	-0.0529	0.582	0.0903	-0.1021	0.4796	0.035	0.5536	21.4693	53.5613	28.1204
6	0.9819	-0.2135	0.1867	2.9016	-0.6987	1.5629	-0.0538	0.0964	0.2689	-0.0688	-0.0546	0.4207	-0.3116	-0.0888	0.0934	0.3222	0.0595	-0.084	0.2739	-0.0069	0.347	9.1154	48.119	27.3639
7	2.1955	1.1721	0.4173	0.9578	-0.2281	1.899	0.1785	-0.1902	-0.1823	0.0676	-0.2904	-0.143	0.0458	0.1407	0.0837	0.2937	-0.0133	-0.0636	0.2674	0.0462	0.2721	22.7749	27.022	39.1292

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 96 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 97 through 273 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 274 through 402 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 12 through 91 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 92 through 127 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 128 through 273 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 274 through 403 )

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