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- PDB-6h5b: Myxococcus xanthus MglA in complex with its GAP MglB and GTPgammaS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h5b
タイトルMyxococcus xanthus MglA in complex with its GAP MglB and GTPgammaS
要素
  • MglB
  • Mutual gliding-motility protein MglA
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / GTPase and GAP complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of TOR signaling / guanyl-nucleotide exchange factor activity / regulation of protein localization / molecular adaptor activity / GTPase activity / GTP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases ...: / Ragulator complex protein LAMTOR2-like / Dynein light chain 2a, cytoplasmic / Roadblock/LAMTOR2 domain / Roadblock/LC7 domain / Roadblock/LC7 domain / Small GTPase superfamily, ARF/SAR type / ADP-ribosylation factor family / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Mutual gliding-motility protein MglA / Dynein regulation protein LC7
類似検索 - 構成要素
生物種Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
Myxococcus xanthus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Galicia, C. / Cherfils, J.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research Agency フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: MglA functions as a three-state GTPase to control movement reversals of Myxococcus xanthus.
著者: Galicia, C. / Lhospice, S. / Varela, P.F. / Trapani, S. / Zhang, W. / Navaza, J. / Herrou, J. / Mignot, T. / Cherfils, J.
履歴
登録2018年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年11月11日Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: software / struct / Item: _software.name / _struct.title
改定 1.32025年4月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mutual gliding-motility protein MglA
B: MglB
C: MglB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,23912
ポリマ－57,4043
非ポリマー1,8359
水23413
1
A: Mutual gliding-motility protein MglA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1506
ポリマ－22,8711
非ポリマー1,2785
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MglB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4793
ポリマ－17,2671
非ポリマー2122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MglB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6113
ポリマ－17,2671
非ポリマー3442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)135.101, 135.101, 60.382
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
Space group name HallP64
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
12PHEPHEASNASN(chain 'B' and (resid 12 through 20 or (resid 21...BB12 - 3713 - 38
13LEULEUALAALA(chain 'B' and (resid 12 through 20 or (resid 21...BB40 - 4441 - 45
14THRTHRLEULEU(chain 'B' and (resid 12 through 20 or (resid 21...BB47 - 6948 - 70
15LEULEUGLUGLU(chain 'B' and (resid 12 through 20 or (resid 21...BB72 - 7573 - 76
16GLUGLUSERSER(chain 'B' and (resid 12 through 20 or (resid 21...BB77 - 9778 - 98
17VALVALASPASP(chain 'B' and (resid 12 through 20 or (resid 21...BB99 - 106100 - 107
18THRTHRPHEPHE(chain 'B' and (resid 12 through 20 or (resid 21...BB109 - 129110 - 130
29PHEPHEASNASN(chain 'C' and (resid 12 through 20 or (resid 21...CC12 - 3713 - 38
210LEULEUALAALA(chain 'C' and (resid 12 through 20 or (resid 21...CC40 - 4441 - 45
211THRTHRLEULEU(chain 'C' and (resid 12 through 20 or (resid 21...CC47 - 6948 - 70
212LEULEUGLUGLU(chain 'C' and (resid 12 through 20 or (resid 21...CC72 - 7573 - 76
213GLUGLUSERSER(chain 'C' and (resid 12 through 20 or (resid 21...CC77 - 9778 - 98
214VALVALASPASP(chain 'C' and (resid 12 through 20 or (resid 21...CC99 - 106100 - 107
215THRTHRPHEPHE(chain 'C' and (resid 12 through 20 or (resid 21...CC109 - 129110 - 130

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要素

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タンパク質 , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Mutual gliding-motility protein MglA


分子量: 22871.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GTPgS
由来: (組換発現) Myxococcus xanthus DK 1622 (バクテリア)
遺伝子: mglA, MXAN_1925 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1DB04
#2: タンパク質 MglB


分子量: 17266.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PEG from condition / 由来: (組換発現) Myxococcus xanthus (バクテリア) / 遺伝子: mglB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q50883

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非ポリマー , 6種, 22分子

#3: 化合物 ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3S
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.61 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2 M HEPES, 16% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.979336 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979336 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 10926 / % possible obs: 69.5 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 76.87 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.07551 / Net I/σ(I): 14.49
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 5.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 1810 / CC1/2: 0.658 / Rpim(I) all: 0.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→45.02 Å / SU ML: 0.3885 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.7263
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 1102 10.09 %
Rwork0.1987 --
obs0.2044 10924 69.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 69.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→45.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3423 0 116 13 3552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00393581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73044818
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0456561
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042598
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.70882171
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-2.930.4531390.3555350X-RAY DIFFRACTION20.05
2.93-3.080.3556530.3252480X-RAY DIFFRACTION27.29
3.08-3.270.4095830.2935725X-RAY DIFFRACTION42.15
3.27-3.530.32041360.24531190X-RAY DIFFRACTION68.17
3.53-3.880.27261910.21511736X-RAY DIFFRACTION99.02
3.88-4.440.25091980.18041767X-RAY DIFFRACTION99.8
4.44-5.60.23711910.17451780X-RAY DIFFRACTION99.9
5.6-45.020.22492110.18871794X-RAY DIFFRACTION98.38
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -52.3295124017 Å / Origin y: -17.815975229 Å / Origin z: 7.06471596382 Å
111213212223313233
T0.218691338988 Å20.0506684417462 Å2-0.0215110603979 Å2--0.420535707191 Å20.364296858535 Å2--0.245109456691 Å2
L1.51030802783 °2-0.401513899737 °2-0.59784594951 °2-1.83334237004 °20.881604522361 °2--2.58712516432 °2
S0.173450543134 Å °0.421229606189 Å °-0.217281262809 Å °0.0147199909988 Å °0.286822269332 Å °-0.849465387347 Å °-0.571465965381 Å °1.05058764201 Å °2.81700830684 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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