PDB-6h4q: Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34a

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h4q

タイトル

Crystal structure of human KDM4A in complex with compound 34a

要素

Lysine-specific demethylase 4A

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Histone demethylase / Inhibitor / transcription

機能・相同性

機能・相同性情報

[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Le Bihan, Y.V. / van Montfort, R.L.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: C8-substituted pyrido[3,4-d]pyrimidin-4(3H)-ones: Studies towards the identification of potent, cell penetrant Jumonji C domain containing histone lysine demethylase 4 subfamily (KDM4) ...
著者: Le Bihan, Y.V. / Lanigan, R.M. / Atrash, B. / McLaughlin, M.G. / Velupillai, S. / Malcolm, A.G. / England, K.S. / Ruda, G.F. / Mok, N.Y. / Tumber, A. / Tomlin, K. / Saville, H. / Shehu, E. / ...

履歴

登録	2018年7月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h4q.cif.gz	589.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h4q.ent.gz	484.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h4q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h4q_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h4q_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6h4q_validation.xml.gz	59.7 KB	表示
CIF形式データ	6h4q_validation.cif.gz	87.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/6h4q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h4oC 6h4pC 6h4rC 6h4sC 6h4tC 6h4uC 6h4vC 6h4wC 6h4xC 6h4yC 6h4zC 6h50C 6h51C 6h52C 2oq7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5fpv-3 5fpv-8 6h4o-2 5vmp-1 5anq-1 5fpv-5 5f5i-2 5vgi-3 6h4t-1 6h4x-2 5fyc-1 5f2w-1 6h4w-2 5f32-4 4v2w-1 6h4t-2 5fwe-2 6h4r-4 5vmp-3 2oq7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (3) #155 - 2012年11月ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #98 - 2008年2月低分子干渉RNA (Small Interfering RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lysine-specific demethylase 4A

B: Lysine-specific demethylase 4A

C: Lysine-specific demethylase 4A

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

170 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Lysine-specific demethylase 4A

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.420, 101.796, 142.107
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.55, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A 分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) 参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

#1: タンパク質

Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A

分子量: 41854.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3)
参照: UniProt: O75164, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...

-
非ポリマー , 6種, 1002分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-FO2 / 8-[4-(1-methylpiperidin-4-yl)pyrazol-1-yl]-3~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidin-4-one 分子量: 310.354 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₁₈N₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 981 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Crystallisation solution is 0.1M Bis-Tris-Propane pH7.5, 12-16% PEG-4000. Inhibitor is soaked in crystals by addition directly to the drops of DMSO dissolved compound

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5419 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5419 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→49.71 Å / Num. obs: 70808 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.2 % / B_iso Wilson estimate: 27.38 Å² / CC_1/2: 0.924 / R_merge(I) obs: 0.969 / Net I/σ(I): 3.5
反射シェル	解像度: 2.31→2.36 Å / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 4.28 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 4568 / CC_1/2: 0.359 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2OQ7

2oq7

解像度: 2.31→46.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU R Cruickshank DPI: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.316 / SU R_free Blow DPI: 0.205 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.204

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	3430	4.85 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.175	70779	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.3185 Å²	0 Å²	3.188 Å²
2-	-	-1.5169 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.8016 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.31→46.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10956	0	140	983	12079

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	11566	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.05	15751	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3774	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		241	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1786	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		11566	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		4	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.2
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.73
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1466	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		27	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		14118	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.31→2.37 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2456	298	5.71 %
R_work	0.2116	4919	-
all	0.2136	5217	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6094	0.0643	0.3435	2.5075	0.3075	1.4378	0.0627	0.0089	0.0637	-0.0484	-0.0926	0.2706	-0.1115	-0.2673	0.0298	-0.1135	-0.0147	0.0248	-0.0713	-0.0098	-0.0886	-30.7319	-13.5674	-15.6007
2	2.1176	-0.0002	0.2971	1.4431	0.0633	1.8773	0.0558	0.0651	0.0186	0.0026	-0.0946	0.0832	-0.0123	-0.0914	0.0389	-0.1398	-0.0113	0.0049	-0.1462	-0.0039	-0.152	-23.8388	-15.1356	-13.8057
3	1.7345	2.7182	-0.7746	0.0958	-2.0464	5.115	0.1066	0.4223	0.187	-0.016	-0.1308	-0.0456	-0.5121	0.3171	0.0241	0.022	-0.0242	-0.0156	-0.0667	0.0692	-0.0518	-14.4666	2.489	-27.4471
4	2.5137	0.8804	-0.1853	3.5787	0.9114	2.034	0.0424	-0.2609	-0.0436	0.4621	0.0051	0.38	0.453	-0.406	-0.0475	-0.0322	-0.0088	0.015	-0.1092	0.031	-0.1792	-5.088	-6.6609	14.7356
5	6.9881	-0.3224	-1.909	2.612	0.7895	5.7562	-0.0349	0.0685	0.5277	-0.1416	0.0183	0.0585	-0.5534	-0.1548	0.0166	-0.0787	0.0561	-0.0232	-0.2604	-0.0348	0.0303	0.3121	14.5268	11.3331
6	1.8158	-0.5389	0.3008	1.7809	1.4053	2.0022	-0.1181	-0.4988	0.3267	0.4011	0.0714	-0.0308	0.0194	-0.3157	0.0467	-0.0122	0.0533	-0.0104	0.0088	-0.052	-0.0729	-0.6045	7.7711	20.8485
7	2.0737	0.1455	0.1162	2.6905	0.0694	1.8382	-0.0384	-0.1907	-0.0989	0.2545	0.0696	-0.2613	0.2062	-0.0178	-0.0312	-0.0792	0.0013	-0.0194	-0.1078	-0.0337	-0.128	4.9313	-2.3463	14.3419
8	4.7272	-2.6744	0.8728	1.307	-0.9115	4.3741	-0.0967	-0.4478	-0.5297	0.4131	0.2011	-0.4771	0.5248	0.446	-0.1043	0.0868	0.1452	-0.1411	-0.2182	0.0529	-0.0142	12.9826	-19.5756	19.7044
9	2.1241	-0.388	-2.381	3.4347	1.2283	-0.8353	0.0149	-0.0079	0.167	-0.1102	-0.0731	0.4312	-0.3077	-0.019	0.0582	0.1221	0.0429	0.0685	-0.1143	0.0153	0.0066	-45.4833	-12.0325	60.237
10	1.7343	-0.0683	0.4901	4.2796	1.0338	1.6826	0.2267	0.1261	0.0075	-0.0768	-0.1854	0.312	-0.0538	-0.1474	-0.0413	-0.0598	-0.0478	0.0466	-0.0997	-0.0152	-0.2053	-40.8024	-30.7621	53.7995
11	3.7751	3.0303	2.7588	0.7009	-0.6283	3.879	-0.0184	-0.3055	-0.1783	0.3998	0.0974	0.1675	0.151	-0.1158	-0.079	0.0898	-0.1051	0.0129	-0.0154	0.0396	-0.0305	-39.5672	-39.8252	68.8096
12	1.8651	0.8391	-0.282	0.7144	1.0605	-0.0886	-0.0123	0.2709	-0.1006	-0.1529	0.1193	0.0728	0.0003	-0.0934	-0.107	0.0949	-0.0255	-0.0524	-0.006	-0.0264	-0.0962	-40.5253	-35.4711	51.3037
13	2.8615	0.9655	-0.2059	2.6401	0.6751	2.0148	0.0206	0.5537	0.231	-0.5448	0.0724	0.1792	-0.5005	-0.0106	-0.0929	0.0543	-0.0436	0.0257	-0.0351	0.0148	-0.219	-38.086	-24.2296	46.5106
14	3.9005	1.0171	0.8735	2.3793	1.0554	3.9922	0.0274	0.0227	0.275	-0.0514	0.1386	-0.1069	-0.3622	0.1736	-0.166	0.0105	-0.0355	0.0694	-0.1223	-0.0226	-0.1134	-32.0115	-23.6177	58.8307
15	3.4434	-1.3819	-1.4804	2.0712	2.4634	1.4076	0.0635	0.0358	-0.075	0.0947	0.0579	-0.4466	0.0825	0.1256	-0.1214	0.0372	-0.0587	-0.0041	0.008	-0.1192	0.0073	-20.957	-29.5536	60.7353
16	1.2975	-0.6156	-0.0325	1.2655	0.0644	1.6532	0.1192	-0.1065	0.2557	0.0856	0.0361	-0.0294	-0.3566	-0.0468	-0.1554	0.0043	-0.041	0.0306	-0.1214	-0.0376	-0.1283	-36.8962	-24.409	59.0742
17	4.7514	3.0444	-0.2471	2.5815	-0.578	4.371	-0.044	0.4991	0.3798	-0.4536	0.0885	-0.579	-0.4748	0.3135	-0.0446	0.1359	-0.1674	0.2057	-0.1464	0.0791	-0.1232	-25.735	-9.1515	46.68
18	3.2756	0.0765	2.5301	6.0349	2.2148	2.4716	0.005	0.1211	-0.3474	-0.1291	0.1302	-0.0436	0.4217	0.3872	-0.1352	0.0194	0.1464	-0.0606	-0.0106	0.046	-0.1052	-3.7797	22.4785	55.3424
19	2.4515	-0.3817	-0.2795	3.6897	-0.5412	2.841	-0.0422	0.3837	0.4735	-0.185	-0.1173	-0.3694	-0.1036	0.5806	0.1594	-0.2222	-0.1001	-0.1056	-0.0212	0.1373	-0.1268	-9.6221	45.4368	51.8729
20	1.9859	2.2836	1.6093	1.7174	3.3027	3.7313	-0.0574	-0.225	0.1535	0.227	0.0747	-0.1151	-0.1654	0.2435	-0.0174	-0.0258	-0.029	-0.1675	-0.0592	0.0242	0.0881	-8.6913	50.4907	67.3085
21	2.3278	-0.8607	0.2157	1.9958	0.4913	2.7189	-0.0678	0.2073	0.1177	-0.0058	-0.0686	0.116	0.1919	0.2263	0.1364	-0.1402	-0.0135	-0.0233	-0.0668	0.0959	-0.1054	-15.3999	37.0295	53.8794
22	4.2532	1.3803	0.6381	0.471	1.05	2.9681	-0.0939	0.4904	-0.523	-0.1004	-0.0692	0.535	0.5016	-0.3235	0.1631	0.0407	-0.1403	-0.0385	-0.159	-0.0822	-0.0086	-24.3336	19.356	47.0968

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|7 - 101}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|102 - 293}
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|294 - 353}
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{B\|3 - 78}
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{B\|79 - 124}
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|125 - 144}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|145 - 293}
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|294 - 354}
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{C\|8 - 26}
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{C\|27 - 101}
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{C\|102 - 124}
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{C\|125 - 144}
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{C\|145 - 190}
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{C\|191 - 226}
15	X-RAY DIFFRACTION	15	{C\|227 - 252}
16	X-RAY DIFFRACTION	16	{C\|253 - 293}
17	X-RAY DIFFRACTION	17	{C\|294 - 354}
18	X-RAY DIFFRACTION	18	{D\|9 - 36}
19	X-RAY DIFFRACTION	19	{D\|37 - 102}
20	X-RAY DIFFRACTION	20	{D\|103 - 124}
21	X-RAY DIFFRACTION	21	{D\|125 - 293}
22	X-RAY DIFFRACTION	22	{D\|294 - 354}

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 6種, 1002分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 6種, 1002分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 6種, 1002分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)