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- PDB-6h4g: Regulatory subunit of a cAMP-independent protein kinase A from Tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h4g
タイトルRegulatory subunit of a cAMP-independent protein kinase A from Trypanosoma brucei: E311A, T318R, V319A mutant bound to cAMP in the A site
要素Protein kinase A regulatory subunit
キーワードSIGNALING PROTEIN / Protein kinase A / Regulatory Subunit / Nucleoside-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation of formation of structure involved in a symbiotic process / cilium movement involved in cell motility / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / cAMP-dependent protein kinase complex / cilium / kinase activity / intracellular signal transduction / protein phosphorylation
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / INOSINE / Protein kinase A regulatory subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14351698698 Å
データ登録者Volpato Santos, Y. / Lorentzen, E. / Basquin, J. / Boshart, M.
資金援助 ブラジル, ドイツ, 2件
組織認可番号国
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development ブラジル
German Research FoundationBo110/07-1 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Purine nucleosides replace cAMP in allosteric regulation of PKA in trypanosomatid pathogens.
著者: Ober, V.T. / Githure, G.B. / Volpato Santos, Y. / Becker, S. / Moya Munoz, G. / Basquin, J. / Schwede, F. / Lorentzen, E. / Boshart, M.
履歴
登録2018年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月6日Group: Advisory / Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年4月10日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein kinase A regulatory subunit
B: Protein kinase A regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9616
ポリマ－68,7662
非ポリマー1,1954
水5,765320
1
A: Protein kinase A regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9803
ポリマ－34,3831
非ポリマー5972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Protein kinase A regulatory subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9803
ポリマ－34,3831
非ポリマー5972
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.674, 71.197, 121.397
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase A regulatory subunit


分子量: 34383.027 Da / 分子数: 2 / 変異: E311A, T318R, V319A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei TREU927 (トリパノソーマ)
遺伝子: Tb11.02.2210
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q385V6
#2: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 化合物 ChemComp-NOS / INOSINE / イノシン


分子量: 268.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N4O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.09 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 50 mM Tris pH 8.0 0.2 mM Magnesium Chloride 40% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.144→30.21 Å / Num. obs: 31343 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1 % / Biso Wilson estimate: 17.8216436493 Å2 / Rpim(I) all: 0.0888 / Net I/σ(I): 0.92
反射 シェル解像度: 2.144→2.24 Å / Rpim(I) all: 0.1223

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
BUCCANEERモデル構築
SHELXCD位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FLO

6flo


解像度: 2.14351698698→30.205523826 Å / SU ML: 0.380726826369 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34684365027 / 位相誤差: 31.9468288459
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298167135678 2000 6.38202820856 %
Rwork0.23001509224 --
obs0.234430659958 31338 99.5584077263 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.8229744064 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14351698698→30.205523826 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4307 0 82 322 4711
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007932201933564532
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9719001614646174
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532435124466695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0057111241872780
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.09680676492644
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1435-2.19710.3729521481691360.3247608420431984X-RAY DIFFRACTION95.9710276143
2.1971-2.25650.4293323813421400.3310630266642060X-RAY DIFFRACTION99.7732426304
2.2565-2.32290.3769854373521410.3271238326352063X-RAY DIFFRACTION99.8640688718
2.3229-2.39780.4070999059721410.3145636315492086X-RAY DIFFRACTION99.6420581655
2.3978-2.48350.3825970130261420.2916193965072071X-RAY DIFFRACTION99.9548328817
2.4835-2.58290.3418396686041410.2879461310072085X-RAY DIFFRACTION99.9550965424
2.5829-2.70030.391042438811430.2652706895132084X-RAY DIFFRACTION99.9102736653
2.7003-2.84260.3149776889081410.2495751601372080X-RAY DIFFRACTION99.910031489
2.8426-3.02060.3278639599641430.252622397632089X-RAY DIFFRACTION99.8211091234
3.0206-3.25350.3211277067251430.2262141384532102X-RAY DIFFRACTION99.6449178873
3.2535-3.58050.2729726472931440.1986680225072110X-RAY DIFFRACTION99.8228520815
3.5805-4.09750.2325123158391430.172341057362115X-RAY DIFFRACTION99.9115044248
4.0975-5.15820.1827886869521480.1420430170642159X-RAY DIFFRACTION100
5.1582-30.20850.2334115123871540.1804568811652250X-RAY DIFFRACTION99.6270203067
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.3825618882 Å / Origin y: -12.350172076 Å / Origin z: 23.2982273412 Å
111213212223313233
T0.124489939576 Å20.0134897272553 Å20.0221442434001 Å2-0.104037355961 Å2-0.013929939651 Å2--0.111166913784 Å2
L0.39994516011 °20.0170229466872 °20.0072090674662 °2-0.244836484982 °2-0.231709501538 °2--0.267692289494 °2
S0.0324921355422 Å °0.0569900455677 Å °0.00429306737942 Å °-0.0379963986297 Å °-0.030774109625 Å °0.0131745310207 Å °0.0386194542088 Å °0.0219784576331 Å °0.000579732959136 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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