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- PDB-6h41: Structure of the complex of the IL-5 inhibitory peptide AF17121 b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h41
タイトルStructure of the complex of the IL-5 inhibitory peptide AF17121 bound to the IL-5 receptor IL-5Ralpha
要素
  • Interleukin-5 receptor subunit alpha
  • VAL-ASP-GLU-CYS-TRP-ARG-ILE-ILE-ALA-SER-HIS-THR-TRP-PHE-CYS-ALA-GLU-GLU
キーワードCYTOKINE / Interleukin-5 / inhibitor peptide / peptide-receptor complex / atopic diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-5 receptor activity / regulation of interleukin-5 production / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine receptor activity / cytokine binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Interleukin receptor SHC signaling / cytokine-mediated signaling pathway ...interleukin-5 receptor activity / regulation of interleukin-5 production / interleukin-5-mediated signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / inflammatory response to antigenic stimulus / cytokine receptor activity / cytokine binding / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Interleukin receptor SHC signaling / cytokine-mediated signaling pathway / RAF/MAP kinase cascade / receptor complex / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / extracellular space / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like ...Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-5 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Mueller, T.D. / Scheide, J.P.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationMU1095/7-1 ドイツ
引用
ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Interleukin-5 Inhibition by the Small Cyclic Peptide AF17121.
著者: Scheide-Noeth, J.P. / Rosen, M. / Baumstark, D. / Dietz, H. / Mueller, T.D.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structure analysis of the IL-5 ligand-receptor complex reveals a wrench-like architecture for IL-5Ralpha.
著者: Patino, E. / Kotzsch, A. / Saremba, S. / Nickel, J. / Schmitz, W. / Sebald, W. / Mueller, T.D.
履歴
登録2018年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-5 receptor subunit alpha
B: VAL-ASP-GLU-CYS-TRP-ARG-ILE-ILE-ALA-SER-HIS-THR-TRP-PHE-CYS-ALA-GLU-GLU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,3902
ポリマ－37,3902
非ポリマー00
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1750 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area18220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.061, 138.061, 145.855
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-5 receptor subunit alpha / IL-5RA / CDw125


分子量: 35192.633 Da / 分子数: 1 / 変異: C66A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: extracellullar domain of the human interleukin-5 receptor subunit alpha (Uniprot: Q01344-2), cysteine 66 is replaced with alanine
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL5RA, IL5R / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q01344
#2: タンパク質・ペプチド VAL-ASP-GLU-CYS-TRP-ARG-ILE-ILE-ALA-SER-HIS-THR-TRP-PHE-CYS-ALA-GLU-GLU


分子量: 2197.448 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: monomeric cyclic IL-5 inhibiting peptide AF17121, disulfide-bridge between Cys4 and Cys15
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5.0, 3% (w/v) PEG 4000, 15% - 20% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.728→119.564 Å / Num. all: 21928 / Num. obs: 21928 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.7 % / Biso Wilson estimate: 87.67 Å2 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.145 / Rsym value: 0.139 / Net I/av σ(I): 1.9 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 322542
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.75-2.915.62.8040.24845031040.7312.8992.8042.3100
2.9-3.0715.41.4310.44585729750.3741.481.4313.8100
3.07-3.2914.30.5941.14002628000.1610.6160.5946.4100
3.29-3.5514.50.2682.53796426130.0720.2780.26810.7100
3.55-3.8915.40.1654.13720324220.0430.1710.16514.7100
3.89-4.3514.20.1125.73127322060.0310.1170.11218.8100
4.35-5.0214.90.0897.32939219680.0240.0920.08924.6100
5.02-6.1514.50.0887.12442616840.0240.0910.08825.2100
6.15-8.713.60.0886.81836913500.0240.0910.08826100
8.7-43.16711.90.0823.895828060.0280.0870.08229.299.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.21データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.75→43.167 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2255 2096 5.19 %
Rwork0.2024 38279 -
obs0.2036 40375 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 257.87 Å2 / Biso mean: 106.1047 Å2 / Biso min: 60.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→43.167 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2637 0 0 24 2661
Biso mean---91.31 -
残基数----327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032711
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9093692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003472
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.433974
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.75-2.8140.36031340.339625442678
2.814-2.88430.33741300.32525332663
2.8843-2.96230.34681260.294625542680
2.9623-3.04940.3141550.295125562711
3.0494-3.14780.28351460.262425502696
3.1478-3.26030.24381320.265525502682
3.2603-3.39080.34761670.254825272694
3.3908-3.54510.26881230.237425862709
3.5451-3.73190.23691280.228625632691
3.7319-3.96550.27751330.22325352668
3.9655-4.27150.27451380.200825762714
4.2715-4.70080.19631550.165725282683
4.7008-5.380.18681640.1625462710
5.38-6.7740.18161460.186125412687
6.774-43.17190.1681190.171625902709
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4066-0.3291-1.17330.99990.23113.01770.32770.2344-0.1236-0.1783-0.02420.20770.1343-0.51110.00460.87440.06110.050.64320.13880.816354.9456-17.1263-9.9587
20.19210.02050.11740.06070.1170.34950.25670.43970.937-0.61330.08110.7225-1.25430.00030.00711.5627-0.07350.35610.75210.24531.188350.7346-6.88940.4999
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 7 through 315)A7 - 315
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 18)B1 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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