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- PDB-3mkw: Structure of sopB(155-272)-18mer complex, I23 form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3mkw
タイトルStructure of sopB(155-272)-18mer complex, I23 form
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
  • Protein sopB
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / segregation / sopB / F plasmid / centromere / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid partitioning / DNA binding
類似検索 - 分子機能
SopB, HTH domain / Centromere-binding protein HTH domain / Arc Repressor Mutant, subunit A - #2830 / ParB/RepB/Spo0J partition protein / ParB N-terminal domain / ParB/Sulfiredoxin / ParB-like nuclease domain / ParB/Sulfiredoxin superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Protein SopB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Piro, K. / Xu, W.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2010
タイトル: Insight into F plasmid DNA segregation revealed by structures of SopB and SopB-DNA complexes.
著者: Schumacher, M.A. / Piro, K.M. / Xu, W.
履歴
登録2010年4月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
T: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
B: Protein sopB
P: Protein sopB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,21413
ポリマ－41,3494
非ポリマー8659
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
P: Protein sopB
ヘテロ分子

U: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
T: DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')
B: Protein sopB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,21413
ポリマ－41,3494
非ポリマー8659
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation19_655-z+3/2,-x+1/2,y+1/21
Buried area6810 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area16940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)200.460, 200.460, 200.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*CP*AP*TP*GP*GP*TP*CP*CP*CP*AP*G)-3')


分子量: 5517.566 Da / 分子数: 2 / 断片: 18 mer sopC repeat / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The DNA was chemically synthesized.
#2: タンパク質 Protein sopB / Plasmid partition protein B


分子量: 15157.027 Da / 分子数: 2 / 断片: SopB(UNP residues 155-272) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: artificial gene, codon optimized for e. coli expression
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: B, ECOK12F047, F plasmid, sopB / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62558
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 8.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 25.5% PEG 4000, 0.17 M lithium sulphate, 0.1 M Tris pH 8.0, 15% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月12日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→100 Å / Num. all: 26809 / Num. obs: 26809 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 0.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.99→3.1 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2800 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: the FL SopB-18mer I23

解像度: 2.99→100.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 500.03 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 2666 9.9 %RANDOM
Rwork0.233 ---
all0.234 26800 --
obs0.233 26808 98.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 73.0147 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 71.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.43 Å0.45 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.49 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→100.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1754 731 45 0 2530
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.04
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.991.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.492
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.062.5
LS精密化 シェル解像度: 2.99→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 480 10.8 %
Rwork0.443 3982 -
obs--99.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_rep.paramdna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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