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- PDB-6kn9: Crystal structure of human interleukin 18 receptor beta extracell... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kn9
タイトルCrystal structure of human interleukin 18 receptor beta extracellular domain in complex with an antagonistic scFv
要素
  • Interleukin-18 receptor accessory protein
  • scFv
キーワードCYTOKINE / Interleukin receptor / antibody / complex / antagonist
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-18 receptor activity / interleukin-18 receptor complex / Interleukin-18 signaling / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / interleukin-18-mediated signaling pathway / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / neutrophil activation / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / coreceptor activity ...interleukin-18 receptor activity / interleukin-18 receptor complex / Interleukin-18 signaling / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / interleukin-18-mediated signaling pathway / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / neutrophil activation / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / coreceptor activity / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cell population proliferation / inflammatory response / immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Immunoglobulin domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Immunoglobulin subtype ...IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / Immunoglobulin domain / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-18 receptor accessory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.302 Å
データ登録者Wu, D.H. / Liu, C.C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)81572698 中国
National Science Foundation (China)31771006 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: A Synthetic Human Antibody Antagonizes IL-18R beta Signaling Through an Allosteric Mechanism.
著者: Liu, S. / Miersch, S. / Li, P. / Bai, B.X, / Liu, C.C. / Qin, W.M. / Su, J. / Huang, H.M. / Pan, J. / Sidhu, S.S. / Wu, D.H.
履歴
登録2019年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interleukin-18 receptor accessory protein
B: Interleukin-18 receptor accessory protein
C: Interleukin-18 receptor accessory protein
D: scFv
E: scFv
F: scFv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,0989
ポリマ－197,2316
非ポリマー8673
水00
1
A: Interleukin-18 receptor accessory protein
D: scFv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9653
ポリマ－65,7442
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area23940 Å2
手法PISA
2
B: Interleukin-18 receptor accessory protein
E: scFv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,1683
ポリマ－65,7442
非ポリマー4241
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area21840 Å2
手法PISA
3
C: Interleukin-18 receptor accessory protein
F: scFv
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,9653
ポリマ－65,7442
非ポリマー2211
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area23960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.160, 163.160, 64.145
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 29 through 30 or (resid 31...
21(chain C and (resid 29 through 31 or (resid 32...
12(chain D and ((resid 1 and (name N or name...
22(chain F and (resid 1 through 84 or (resid 86...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111LYSLYSLEULEU(chain A and (resid 29 through 30 or (resid 31...AA29 - 3010 - 11
121LEULEULEULEU(chain A and (resid 29 through 30 or (resid 31...AA3112
131LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 29 through 30 or (resid 31...AA28 - 3559 - 336
141LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 29 through 30 or (resid 31...AA28 - 3559 - 336
151LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 29 through 30 or (resid 31...AA28 - 3559 - 336
161LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 29 through 30 or (resid 31...AA28 - 3559 - 336
211LYSLYSLEULEU(chain C and (resid 29 through 31 or (resid 32...CC29 - 3110 - 12
221TRPTRPTRPTRP(chain C and (resid 29 through 31 or (resid 32...CC3213
231LYSLYSARGARG(chain C and (resid 29 through 31 or (resid 32...CC29 - 35610 - 337
241LYSLYSARGARG(chain C and (resid 29 through 31 or (resid 32...CC29 - 35610 - 337
251LYSLYSARGARG(chain C and (resid 29 through 31 or (resid 32...CC29 - 35610 - 337
261LYSLYSARGARG(chain C and (resid 29 through 31 or (resid 32...CC29 - 35610 - 337
271LYSLYSARGARG(chain C and (resid 29 through 31 or (resid 32...CC29 - 35610 - 337
281LYSLYSARGARG(chain C and (resid 29 through 31 or (resid 32...CC29 - 35610 - 337
291LYSLYSARGARG(chain C and (resid 29 through 31 or (resid 32...CC29 - 35610 - 337
2101LYSLYSARGARG(chain C and (resid 29 through 31 or (resid 32...CC29 - 35610 - 337
112GLUGLUGLUGLU(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD16
122GLYGLYVALVAL(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD-4 - 2471 - 252
132GLYGLYVALVAL(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD-4 - 2471 - 252
142GLYGLYVALVAL(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD-4 - 2471 - 252
152GLYGLYVALVAL(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD-4 - 2471 - 252
212GLUGLUASNASN(chain F and (resid 1 through 84 or (resid 86...FF1 - 846 - 89
222LEULEUGLUGLU(chain F and (resid 1 through 84 or (resid 86...FF86 - 8991 - 94
232GLUGLUARGARG(chain F and (resid 1 through 84 or (resid 86...FF1 - 2516 - 256
242GLUGLUARGARG(chain F and (resid 1 through 84 or (resid 86...FF1 - 2516 - 256
252GLUGLUARGARG(chain F and (resid 1 through 84 or (resid 86...FF1 - 2516 - 256
262GLUGLUARGARG(chain F and (resid 1 through 84 or (resid 86...FF1 - 2516 - 256

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Interleukin-18 receptor accessory protein / IL-18RAcP / Accessory protein-like / AcPL / CD218 antigen-like family member B / CDw218b / IL-1R ...IL-18RAcP / Accessory protein-like / AcPL / CD218 antigen-like family member B / CDw218b / IL-1R accessory protein-like / IL-1RAcPL / Interleukin-1 receptor 7 / IL-1R7 / Interleukin-18 receptor accessory protein-like / Interleukin-18 receptor beta / IL-18Rbeta


分子量: 38495.781 Da / 分子数: 3 / 断片: Extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL18RAP, IL1R7
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: O95256
#2: 抗体 scFv


分子量: 27247.980 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.79 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Ammonium iodide, 20% polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 28309 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 45.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.113 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 0.908 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 96462
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.3-3.4230.65227430.5580.450.7960.88495.3
3.42-3.553.30.55628350.6940.350.660.92799.4
3.55-3.723.50.46228860.7990.2830.5440.97199.3
3.72-3.913.50.3428400.8680.2060.3990.98299.2
3.91-4.163.30.21528170.9330.1370.2560.9298.2
4.16-4.483.60.13928390.9740.0830.1630.92499.8
4.48-4.933.60.09928930.9830.0590.1150.87799.6
4.93-5.643.40.08828000.9820.0550.1040.89497.7
5.64-7.13.60.08128490.9860.0480.0950.87899.5
7.1-503.30.06128070.9880.0420.0750.81697.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WO4, 3PNW

3wo4

3pnw


解像度: 3.302→39.19 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.06 / 位相誤差: 30.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2769 1204 4.83 %
Rwork0.2469 23719 -
obs0.2484 24923 86.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 137.61 Å2 / Biso mean: 50.0901 Å2 / Biso min: 8.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.302→39.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9712 0 56 0 9768
Biso mean--64.5 --
残基数----1320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0119970
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37613554
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631593
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2715818
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2108X-RAY DIFFRACTION14.918TORSIONAL
12C2108X-RAY DIFFRACTION14.918TORSIONAL
21D1723X-RAY DIFFRACTION14.918TORSIONAL
22F1723X-RAY DIFFRACTION14.918TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.3022-3.42010.3988500.3314104538
3.4201-3.5570.2971890.2819198772
3.557-3.71870.29861130.257240087
3.7187-3.91460.25121400.2443247892
3.9146-4.15960.27851300.235251092
4.1596-4.48040.24041030.2089268198
4.4804-4.93050.22891810.1968268198
4.9305-5.64210.26591290.2256263997
5.6421-7.10160.29071550.287268199
7.1016-39.190.33351140.279261795

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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