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- PDB-6h3t: Schmallenberg Virus Glycoprotein Gc Head Domain in Complex with s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h3t
タイトルSchmallenberg Virus Glycoprotein Gc Head Domain in Complex with scFv 1C11
要素
  • Envelopment polyprotein
  • scFv 1C11 VH
  • scFv 1C11 VL
キーワードVIRAL PROTEIN / Envelope Glycoprotein / scFv Antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation by virus of host process / host cell Golgi membrane / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Bunyavirus glycoprotein G2 / Bunyavirus nonstructural protein NSm / Bunyavirus glycoprotein G2 / Bunyavirus glycoprotein G1 / Bunyavirus glycoprotein G1 / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelopment polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Bovine Schmallenberg virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.836 Å
データ登録者Hellert, J. / Aebischer, A. / Wernike, K. / Haouz, A. / Brocchi, E. / Reiche, S. / Guardado-Calvo, P. / Beer, M. / Rey, F.A.
資金援助1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative115760
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Orthobunyavirus spike architecture and recognition by neutralizing antibodies.
著者: Hellert, J. / Aebischer, A. / Wernike, K. / Haouz, A. / Brocchi, E. / Reiche, S. / Guardado-Calvo, P. / Beer, M. / Rey, F.A.
履歴
登録2018年7月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: scFv 1C11 VH
L: scFv 1C11 VL
A: Envelopment polyprotein
I: scFv 1C11 VH
M: scFv 1C11 VL
B: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,54210
ポリマ－112,9316
非ポリマー3,6114
水00
1
H: scFv 1C11 VH
L: scFv 1C11 VL
A: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2715
ポリマ－56,4663
非ポリマー1,8062
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area21460 Å2
手法PISA
2
I: scFv 1C11 VH
M: scFv 1C11 VL
B: Envelopment polyprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2715
ポリマ－56,4663
非ポリマー1,8062
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5810 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area21620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)262.789, 44.397, 93.593
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.810, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: 抗体 scFv 1C11 VH


分子量: 14546.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#2: 抗体 scFv 1C11 VL


分子量: 13539.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
#3: タンパク質 Envelopment polyprotein / M polyprotein


分子量: 28379.520 Da / 分子数: 2 / Fragment: Glycoprotein Gc Head Domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bovine Schmallenberg virus (ウイルス)
遺伝子: GP
発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: H2AM12
#4: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-6)-[alpha-D-mannopyranose-(1-3)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1235.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-6[DManpa1-3]DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,7,6/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1_e3-f1_e6-g1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.06 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.0 uL of a 21.7 mg/mL solution of the GPC-purified complex in 20 mM Tris-Cl pH 8.0, 150 mM NaCl was added to 0.75 uL of reservoir solution containing 0.1 M sodium acetate, 8% v/v 2-propanol, 25% w/v PEG 4K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.980089 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.980089 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.836→46.773 Å / Num. obs: 16839 / % possible obs: 64.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 2.836→3.17 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.81 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 842 / CC1/2: 0.84 / Rpim(I) all: 0.33 / Rrim(I) all: 0.87 / % possible all: 11.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6H3X along with a Phyre2-generated model of the scFv 1C11 antibody fragment

6h3x

1c11


解像度: 2.836→46.773 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2621 1684 10.03 %
Rwork0.2127 --
obs0.2177 16782 63.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 245.28 Å2 / Biso mean: 88.2755 Å2 / Biso min: 22.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.836→46.773 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7282 0 242 0 7524
Biso mean--120.99 --
残基数----924
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81910480
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041282
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.434670
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8362-2.91960.514660.424862683
2.9196-3.01380.4996210.407418921010
3.0138-3.12150.4649360.37230734316
3.1215-3.24650.2976550.311348453925
3.2465-3.39420.3612840.293886594944
3.3942-3.57310.32621640.27311445160974
3.5731-3.79690.32811960.2581781197791
3.7969-4.08990.29382160.22061964218099
4.0899-4.50110.24362190.189419652184100
4.5011-5.15180.23612270.171819652192100
5.1518-6.48790.26632230.21319992222100
6.4879-46.77940.22332370.199520722309100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.04660.46811.46791.76770.18852.2358-0.50581.13440.7229-0.49460.22660.3943-0.27260.13990.16290.5904-0.207-0.09340.45230.14640.468137.451918.837710.0271
25.2243-0.49930.93131.86980.25551.3421-0.0862-1.37710.30690.331-0.16780.0979-0.3618-1.03160.10820.45060.15660.00430.9323-0.22240.359223.3814.544236.2274
32.0713-1.34541.48131.33770.09133.43460.23581.3558-0.6354-0.16770.0619-0.51210.51871.3665-0.590.61070.25670.13120.9244-0.60710.740577.28517.16820.2455
41.48330.2435-0.13211.0216-0.41230.6854-0.1822-0.5068-0.24660.2974-0.02110.9793-0.4684-1.1018-0.11030.65440.6011-0.12381.9163-0.67131.5091-17.221522.691325.1571
53.76740.06962.00671.50110.24333.7497-0.2146-0.14090.29380.54930.3497-0.66770.05410.3803-0.07490.53580.0464-0.10520.2429-0.17260.497671.619517.481938.2938
61.52430.3735-0.35840.92960.87971.2127-0.3227-0.16081.0937-0.4392-0.08090.2264-1.1052-0.7001-0.00171.18190.6057-0.47650.9353-0.48211.6152-6.796937.595613.0977
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A'A467 - 696
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B'B467 - 698
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H'H1 - 111
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'I'I1 - 111
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L'L1 - 107
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'M'M1 - 107

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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