PDB-6h1a: Crystal structure of VX surrogate NEMP inhibited recombinant huma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6h1a

タイトル

Crystal structure of VX surrogate NEMP inhibited recombinant human bile salt activated lipase

要素

Bile salt-activated lipase

キーワード

HYDROLASE / Lipase / alpha-beta hydrolase / tabun inhibition

機能・相同性

機能・相同性情報

retinyl-palmitate esterase activity / Digestion of dietary lipid / acetylesterase / ceramide catabolic process / sterol esterase / sterol ester esterase activity / pancreatic juice secretion / acetylesterase activity / intestinal cholesterol absorption / triacylglycerol lipase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Touvrey, C. / Brazzolotto, X. / Nachon, F.

資金援助

フランス, 2件

引用

ジャーナル: Toxicology / 年: 2019
タイトル: X-ray structures of human bile-salt activated lipase conjugated to nerve agents surrogates.
著者: Touvrey, C. / Courageux, C. / Guillon, V. / Terreux, R. / Nachon, F. / Brazzolotto, X.

履歴

登録	2018年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年3月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6h1a.cif.gz	121.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6h1a.ent.gz	94.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6h1a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6h1a_validation.pdf.gz	445.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6h1a_full_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示
XML形式データ	6h1a_validation.xml.gz	22.2 KB	表示
CIF形式データ	6h1a_validation.cif.gz	31.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/6h1a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/6h1a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6h0tC 6h0vC 6h18C 6h19C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h19-d 6h18-d 6h0v-d 6h0t-d 1aql-1 2bce-d 1jmy-d 4ja7-d 1aql-2 2ish-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#54 - 2004年6月アセチルコリンエステラーゼ (Acetylcholinesterase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Bile salt-activated lipase

ヘテロ分子

62 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.371, 97.744, 110.835
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Bile salt-activated lipase / BAL / Bile salt-stimulated lipase / BSSL / Bucelipase / Carboxyl ester lipase / Cholesterol ...BAL / Bile salt-stimulated lipase / BSSL / Bucelipase / Carboxyl ester lipase / Cholesterol esterase / Pancreatic lysophospholipase / Sterol esterase 分子量: 60848.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SVX = serine residue inhibited by VX surrogate / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEL, BAL 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P19835, sterol esterase, triacylglycerol lipase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, cacodylate, zinc acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→48.21 Å / Num. obs: 62145 / % possible obs: 99.15 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.06953 / R_pim(I) all: 0.0338 / R_rim(I) all: 0.07759 / Net I/σ(I): 12.21
反射シェル	解像度: 1.75→1.813 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
PHASER	位相決定
Coot	モデル構築
PHENIX	精密化

精密化

解像度: 1.75→48.21 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2244	3024	-
R_work	0.194	-	-
obs	-	62013	98.93 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→48.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4071	0	39	196	4306

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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