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- PDB-6h0r: X-ray structure of SRS2 fragment of Rgs4 3' UTR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h0r
タイトルX-ray structure of SRS2 fragment of Rgs4 3' UTR
要素SRS2 fragment of Rgs4 3' UTR, RNA (31-MER)
キーワードRNA / Rgs4
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.73 Å
データ登録者Heber, S. / Janowski, R. / Niessing, D.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Staufen2-mediated RNA recognition and localization requires combinatorial action of multiple domains.
著者: Heber, S. / Gaspar, I. / Tants, J.N. / Gunther, J. / Moya, S.M.F. / Janowski, R. / Ephrussi, A. / Sattler, M. / Niessing, D.
履歴
登録2018年7月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SRS2 fragment of Rgs4 3' UTR, RNA (31-MER)
B: SRS2 fragment of Rgs4 3' UTR, RNA (31-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,47215
ポリマ－19,8002
非ポリマー1,67213
水2,090116
1
A: SRS2 fragment of Rgs4 3' UTR, RNA (31-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7488
ポリマ－9,9001
非ポリマー8487
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area5420 Å2
手法PISA
2
B: SRS2 fragment of Rgs4 3' UTR, RNA (31-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7247
ポリマ－9,9001
非ポリマー8246
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1460 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area5770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.020, 32.390, 46.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.47, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: RNA鎖 SRS2 fragment of Rgs4 3' UTR, RNA (31-MER)


分子量: 9899.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ)
#2: 化合物
ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.51 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: sodium cacodylate, NaCl, BaCl2, MPD, spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月8日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.73→39.818 Å / Num. obs: 16965 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.73→1.775 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 1218 / CC1/2: 0.757 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
Auto-Rickshaw位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.73→39.818 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.33
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2373 820 4.83 %
Rwork0.1847 --
obs0.1872 16965 96.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.73→39.818 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1290 13 116 1419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041439
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.912237
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.58734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00760
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.73-1.83840.27711200.24612629X-RAY DIFFRACTION95
1.8384-1.98030.2761320.22642641X-RAY DIFFRACTION96
1.9803-2.17960.28061310.20722668X-RAY DIFFRACTION97
2.1796-2.4950.2611370.20422703X-RAY DIFFRACTION97
2.495-3.14320.25281420.21472710X-RAY DIFFRACTION98
3.1432-100.21091580.15382794X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.5114 Å / Origin y: 15.0598 Å / Origin z: 28.3249 Å
111213212223313233
T0.2793 Å20.0081 Å20.0087 Å2-0.3226 Å2-0.0111 Å2--0.2887 Å2
L0.288 °20.0368 °20.1446 °2-0.103 °20.0645 °2--0.3386 °2
S0.0146 Å °-0.042 Å °0.0543 Å °0.0808 Å °-0.0014 Å °0.0525 Å °0.0849 Å °0.1738 Å °-0.0395 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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