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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6bgb | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal Structure of the 16mer GCAGNCUUAAGUCUGC containing BrPh 7-triazolyl-8-aza-7-deazaadenosine | ||||||||||||||||||||||||||||
![]() | (5'-R(*![]() RNA / duplex / structural classification / synthetic | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Fisher, A.J. / Beal, P.A. / Mumbleau, M.M. | 資金援助 | | ![]()
![]() ![]() タイトル: Controlling miRNA-like off-target effects of an siRNA with nucleobase modifications. 著者: Suter, S.R. / Ball-Jones, A. / Mumbleau, M.M. / Valenzuela, R. / Ibarra-Soza, J. / Owens, H. / Fisher, A.J. / Beal, P.A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 65 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 392.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 396.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5322.137 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.18 % |
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結晶化 | 温度: 310.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: RNA in 10% v/v MPD, 12 mM spermine, 80 mM potassium chloride, 20 mM magnesium chloride, 40 mM sodium cacodylate, pH 7.0, equilibrated against reservoir of 35% v/v MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日 詳細: primary mirror: flat, secondary mirror: uncooled cylindrical silicon bent into toroid |
放射 | モノクロメーター: water-cooled flat double Si(111) Khozu プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11583 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 15214 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rrim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 22.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.218 / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / Num. unique obs: 695 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.248 / % possible all: 57.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→42.187 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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