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- PDB-6h0b: Crystal structure of the human GalNAc-T4 in complex with UDP, man... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h0b
タイトルCrystal structure of the human GalNAc-T4 in complex with UDP, manganese and the diglycopeptide 6.
要素
  • ALA-THR-GLY-ALA-GLY-ALA-GLY-ALA-GLY-THR-THR-PRO-GLY-PRO-GLY
  • Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 4
キーワードTRANSFERASE / GalNAc-Ts / GalNAc-T4 / short-range glycosylation preference / long-range glycosylation preference / (glyco)peptides / STD-NMR / Molecular dynamics / enzyme kinetics
機能・相同性
機能・相同性情報


protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked GalNAcylation / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / manganese ion binding / carbohydrate binding / Golgi membrane ...protein O-linked glycosylation via threonine / protein O-linked glycosylation via serine / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase / polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase activity / protein O-linked GalNAcylation / O-linked glycosylation of mucins / protein O-linked glycosylation / manganese ion binding / carbohydrate binding / Golgi membrane / perinuclear region of cytoplasm / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycosyltransferase 2-like / Glycosyl transferase family 2 / Ricin-type beta-trefoil lectin domain / Ricin-type beta-trefoil / Lectin domain of ricin B chain profile. / Ricin B, lectin domain / Ricin B-like lectins / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者de las Rivas, M. / Daniel, E.J.P. / Coelho, H. / Lira-Navarrete, E. / Raich, L. / Companon, I. / Diniz, A. / Lagartera, L. / Jimenez-Barbero, J. / Clausen, H. ...de las Rivas, M. / Daniel, E.J.P. / Coelho, H. / Lira-Navarrete, E. / Raich, L. / Companon, I. / Diniz, A. / Lagartera, L. / Jimenez-Barbero, J. / Clausen, H. / Rovira, C. / Marcelo, F. / Corzana, F. / Gerken, T.A. / Hurtado-Guerrero, R.
引用ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2018
タイトル: Structural and Mechanistic Insights into the Catalytic-Domain-Mediated Short-Range Glycosylation Preferences of GalNAc-T4.
著者: de Las Rivas, M. / Paul Daniel, E.J. / Coelho, H. / Lira-Navarrete, E. / Raich, L. / Companon, I. / Diniz, A. / Lagartera, L. / Jimenez-Barbero, J. / Clausen, H. / Rovira, C. / Marcelo, F. / ...著者: de Las Rivas, M. / Paul Daniel, E.J. / Coelho, H. / Lira-Navarrete, E. / Raich, L. / Companon, I. / Diniz, A. / Lagartera, L. / Jimenez-Barbero, J. / Clausen, H. / Rovira, C. / Marcelo, F. / Corzana, F. / Gerken, T.A. / Hurtado-Guerrero, R.
履歴
登録2018年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 4
B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 4
F: ALA-THR-GLY-ALA-GLY-ALA-GLY-ALA-GLY-THR-THR-PRO-GLY-PRO-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,93944
ポリマ－134,7113
非ポリマー3,22841
水14,214789
1
A: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,87319
ポリマ－66,7561
非ポリマー1,11718
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 4
F: ALA-THR-GLY-ALA-GLY-ALA-GLY-ALA-GLY-THR-THR-PRO-GLY-PRO-GLY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,06625
ポリマ－67,9552
非ポリマー2,11123
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.090, 81.332, 84.863
Angle α, β, γ (deg.)65.55, 68.66, 74.31
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 58 - 578 / Label seq-ID: 58 - 578

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 5分子 ABF

#1: タンパク質 Polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 4 / Polypeptide GalNAc transferase 4 / pp-GaNTase 4 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 4 / ...Polypeptide GalNAc transferase 4 / pp-GaNTase 4 / Protein-UDP acetylgalactosaminyltransferase 4 / UDP-GalNAc:polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 4


分子量: 66755.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GALNT4 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q8N4A0, polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド ALA-THR-GLY-ALA-GLY-ALA-GLY-ALA-GLY-THR-THR-PRO-GLY-PRO-GLY


分子量: 1199.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#7: 糖 ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 828分子

#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 789 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350 ammonium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→73.99 Å / Num. obs: 133764 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC1/2: 0.529 / Rpim(I) all: 0.742 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NQA

5nqa


解像度: 1.8→73.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.767 / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.113 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23806 3699 2.8 %RANDOM
Rwork0.18965 ---
obs0.19092 130063 97.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 54.152 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.42 Å21.99 Å2-1.09 Å2
2---3.86 Å2-0.76 Å2
3---3.74 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→73.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8544 0 204 789 9537
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0199034
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.028464
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8231.95912197
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.449319473
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.18551077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.62623.18456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.753151511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9281583
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.21269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02110120
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022197
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.085.2314230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0775.2314229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.8787.8265288
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.8797.8265289
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2825.594804
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.2775.594804
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3438.2136895
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.95441.60410945
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.95541.60610946
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 62264 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.12 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.357 247 -
Rwork0.326 9486 -
obs--95.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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