PDB-6gz1: Crystal Structure of the LeuO Effector Binding Domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gz1

タイトル

Crystal Structure of the LeuO Effector Binding Domain

要素

HTH-type transcriptional regulator LeuO

キーワード

TRANSCRIPTION / LTTR / Transcription Factor

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Fragel, S. / Montada, A.M. / Baumann, U. / Schacherl, M. / Schnetz, K.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Characterization of the pleiotropic LysR-type transcription regulator LeuO of Escherichia coli.
著者: Fragel, S.M. / Montada, A. / Heermann, R. / Baumann, U. / Schacherl, M. / Schnetz, K.

履歴

登録	2018年7月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月26日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gz1.cif.gz	131.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gz1.ent.gz	102.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gz1_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gz1_full_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示
XML形式データ	6gz1_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	6gz1_validation.cif.gz	14 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/6gz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/6gz1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gz0C 6gz2C 3oxnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zkp-d 2zuj-d 1dz4-2 5o33-d 3cfs-d 2z97-d 7cpp-d 4kec-d 3fwi-d 2zaw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-type transcriptional regulator LeuO

ヘテロ分子

25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HTH-type transcriptional regulator LeuO

ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator LeuO

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
50.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.961, 53.300, 55.797
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.08, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-616- HOH

#1: タンパク質	HTH-type transcriptional regulator LeuO 分子量: 24991.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Effector Binding Domain S120D Mutant Monoclinic form 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: leuO, b0076, JW0075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10151
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.53 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M Lithium sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH5.5,25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→21.86 Å / Num. obs: 19969 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 19.7 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.062 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.449 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 967 / CC_1/2: 0.738 / R_pim(I) all: 0.324 / R_rim(I) all: 0.556 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14rc3_3206: ???)	精密化
DIALS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3OXN

3oxn

解像度: 1.74→21.859 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.44 / 位相誤差: 21.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	1997	10 %
R_work	0.1768	-	-
obs	0.1797	19969	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→21.859 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1558	0	5	117	1680

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1623
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.672	2208
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.241	971
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	246
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	281

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7401-1.7836	0.3165	140	0.2571	1258	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7836-1.8318	0.2844	139	0.2356	1253	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8318-1.8856	0.2687	142	0.2357	1282	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8856-1.9465	0.2717	143	0.2213	1287	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9465-2.016	0.2317	139	0.1909	1254	X-RAY DIFFRACTION	100
2.016-2.0966	0.2536	144	0.1952	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0966-2.192	0.2443	142	0.1876	1275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.192-2.3074	0.2434	143	0.1859	1289	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3074-2.4518	0.174	142	0.1752	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4518-2.6408	0.1886	145	0.1733	1303	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6408-2.906	0.2025	141	0.1754	1270	X-RAY DIFFRACTION	100
2.906-3.3253	0.2063	145	0.1738	1302	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3253-4.1847	0.1739	144	0.1566	1297	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1847-21.8603	0.1813	148	0.1539	1332	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8272	-0.1416	2.2504	5.5574	-0.3078	8.8602	0.0348	-0.4712	0.2267	0.0908	-0.0803	-0.1601	-0.1092	0.1499	0.085	0.186	0.0005	0.0693	0.2041	-0.0023	0.1122	2.236	6.8466	16.6707
2	2.7538	-0.7091	-1.2148	3.0576	-2.3427	4.7991	-0.1017	-0.1835	-0.6434	0.1411	0.1486	-0.724	0.5221	0.3233	-0.0362	0.3068	0.0446	0.0606	0.3822	0.0332	0.339	5.069	-0.7424	15.847
3	2.5989	-1.2862	2.002	2.5853	-1.1092	3.4285	-0.0087	-0.4247	0.0103	0.0241	0.0076	0.4029	0.0418	-0.4325	-0.0924	0.1719	-0.0128	0.0281	0.2379	-0.0472	0.2274	-13.4438	7.2628	6.7307
4	3.8708	1.3363	-0.2198	3.4212	-0.1609	3.3689	-0.0261	0.0531	-0.0957	-0.2374	-0.0284	0.2073	0.1679	-0.1243	0.0337	0.1508	0.0152	0.0125	0.1202	-0.0189	0.1601	-12.4491	4.4368	-5.2395
5	1.4062	-0.1398	1.0134	1.8807	-1.2369	2.8927	-0.0269	-0.4503	0.0228	0.0204	-0.0582	0.1213	0.1386	-0.2441	0.0572	0.1431	0.0112	0.0541	0.2331	-0.0141	0.1989	-11.1014	7.8629	9.4876
6	4.3292	-1.6124	2.7186	8.0436	-1.0132	2.2613	0.1932	-0.8068	0.2732	0.2611	-0.015	0.0393	-0.1931	-0.2599	-0.1738	0.3094	0.0337	0.0758	0.3964	0.0088	0.1823	-4.0038	5.9302	24.9957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 112 through 137 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 138 through 163 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 164 through 202 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 203 through 256 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 257 through 298 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 299 through 317 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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