PDB-6gyf: Crystal structure of NadR protein in complex with NR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gyf

タイトル

Crystal structure of NadR protein in complex with NR

要素

Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / vitamin transport / phosphorylation / NAD+ / NadR

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosylnicotinamide kinase activity / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Singh, R. / Stetsenko, A. / Jaehme, M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.

引用

ジャーナル: Molecules / 年: 2020
タイトル: Structural and Functional Characterization of NadR fromLactococcus lactis.
著者: Stetsenko, A. / Singh, R. / Jaehme, M. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.

履歴

登録	2018年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gyf.cif.gz	316.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gyf.ent.gz	262.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gyf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gyf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/6gyf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gyeSC 6gzoC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6gye-1 7bre-1 4dmy-d 3cjt-5 6pw7-d 6gzo-1 1gml-2 6xyr-d 3gro-d 6jkj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase

B: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase

ヘテロ分子

89.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, monomeric peaks
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
44.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.090, 165.090, 193.050
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	181
Space group name H-M	P6₄22

#1: タンパク質	Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase NadR family / Ribosylnicotinamide kinase 分子量: 44118.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌) 遺伝子: NCDO763_1675 / 発現宿主: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A165F602
#2: 化合物	ChemComp-NMN / BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE / NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE / ニコチンアミドモノヌクレオチド分子量: 335.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₆N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1M (NH4)2SO4, 100mM Na Citrate pH 6.5, 10mM MgCl2 and 10% glucose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→47.827 Å / Num. obs: 41587 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 11 % / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_3150)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6GYE

6gye

解像度: 2.7→47.827 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.41

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2388	2080	5 %
R_work	0.1975	-	-
obs	0.1996	41577	96.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→47.827 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5937	0	67	0	6004

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6245
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.054	8472
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.067	3713
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	897
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1121

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7002-2.763	0.4059	136	0.4161	2582	X-RAY DIFFRACTION	96
2.763-2.8321	0.393	137	0.3871	2603	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8321-2.9087	0.3791	137	0.3414	2608	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9087-2.9942	0.3553	139	0.3196	2628	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9942-3.0909	0.3726	137	0.2999	2616	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0909-3.2013	0.3288	138	0.2945	2617	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2013-3.3295	0.3637	138	0.2752	2610	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3295-3.481	0.3118	138	0.225	2634	X-RAY DIFFRACTION	97
3.481-3.6644	0.2366	138	0.2027	2627	X-RAY DIFFRACTION	97
3.6644-3.8939	0.2336	138	0.1717	2617	X-RAY DIFFRACTION	97
3.8939-4.1944	0.1916	139	0.149	2631	X-RAY DIFFRACTION	96
4.1944-4.6162	0.1717	139	0.1298	2644	X-RAY DIFFRACTION	96
4.6162-5.2834	0.1953	138	0.1353	2633	X-RAY DIFFRACTION	95
5.2834-6.6537	0.2199	141	0.1804	2676	X-RAY DIFFRACTION	95
6.6537-47.8343	0.1885	147	0.1728	2771	X-RAY DIFFRACTION	93

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1641	-1.1606	0.4206	3.4286	-0.5563	0.8874	0.1497	-0.2323	-0.3615	0.2198	0.0819	0.3114	0.2551	-0.2824	-0.2625	0.677	-0.1537	-0.1549	0.7748	0.099	0.5819	-5.0645	44.0332	22.0341
2	7.1378	0.1913	0.7333	2.3082	-0.2767	1.9434	-0.1963	-0.9885	0.7004	0.3037	0.0636	-0.0383	-0.4267	-0.5487	0.1675	0.7362	0.0371	0.0099	0.745	-0.1498	0.4718	-6.1567	73.5285	24.2982
3	3.5097	-0.7939	-2.6496	5.2424	2.4633	3.0944	0.0363	0.0261	0.1127	-0.2803	0.0318	0.0359	-0.0289	-0.0747	-0.0388	0.4441	-0.0248	-0.1603	0.4925	-0.0085	0.4388	19.9798	72.5306	14.2148
4	7.9348	2.9451	-0.3602	7.0654	2.9718	5.0076	0.089	-0.6258	0.5436	-0.3334	-0.064	-0.2792	-0.2083	0.0064	-0.0513	0.5469	0.0225	-0.0499	0.4006	0.0236	0.319	25.5009	76.4898	11.8117
5	5.5849	0.4705	-0.0886	5.7816	0.9087	5.3307	0.0381	-0.1997	0.9967	-0.5207	0.067	-0.1758	-0.0762	-0.0303	-0.0999	0.6543	-0.0516	0.0031	0.4148	-0.1099	0.6153	24.809	86.3308	17.2606
6	8.2697	0.6278	-0.7236	2.6596	1.5391	6.6473	-0.1255	-0.5055	-0.3709	0.36	0.4575	-0.2765	0.8134	0.3326	-0.3115	0.7476	0.008	-0.0541	0.6032	-0.0336	0.5281	20.7063	59.0754	20.7771
7	4.7793	-0.1256	-1.7579	4.5329	-0.3991	3.32	-0.0358	0.4396	-0.5607	-0.1588	0.191	0.3681	0.649	-0.0391	-0.2348	0.6829	0.0058	-0.2639	0.5778	-0.0009	0.5629	15.3947	35.7577	10.504
8	0.3904	0.7448	1.6982	2.605	4.435	8.221	0.3877	0.1779	-0.7633	0.1953	-0.1318	-0.029	1.1766	-0.0197	-0.1786	0.817	0.0976	-0.2584	0.8398	-0.1499	0.6404	11.4636	36.3821	-5.076
9	3.4619	-0.8594	-1.8985	2.9278	1.0591	5.9788	0.126	0.3913	-0.3443	0.0443	0.021	-0.3339	0.5229	0.214	-0.1722	0.5087	0.058	-0.1722	0.6465	-0.0493	0.5561	23.3751	37.5652	-1.0349
10	3.0314	2.8037	-0.7603	3.0067	-0.9068	9.7391	-0.4163	-0.6476	-0.3659	1.1169	0.4927	-1.0469	0.2329	0.5066	-0.0698	0.9053	0.078	-0.4152	0.8015	0.0613	0.9052	21.99	30.489	20.4182

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 9 through 290 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 291 through 379 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 8 through 73 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 74 through 96 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 97 through 150 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 151 through 179 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 180 through 204 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 205 through 228 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 229 through 342 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 343 through 378 )

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