PDB-6gvx: Crystal structure of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase (ME...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gvx

タイトル

Crystal structure of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase (MELK) in complex with dorsomorphin (Compound C)

要素

Maternal embryonic leucine zipper kinase

キーワード

ONCOPROTEIN / dorsomorphin / MELK / inhibitor / cancer

機能・相同性

機能・相同性情報

neural precursor cell proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / hemopoiesis / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / G2/M transition of mitotic cell cycle / cell cortex / cell population proliferation / protein autophosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.24 Å

データ登録者

Golik, P. / Rembacz, K.P. / Zrubek, K. / Romanowska, M. / Bugusz, J. / Wladyka, B. / Dubin, G.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of Maternal Embryonic Leucine Zipper Kinase (MELK) in complex with dorsomorphin (Compound C).
著者: Rembacz, K.P. / Zrubek, K.M. / Golik, P. / Michalik, K. / Bogusz, J. / Wladyka, B. / Romanowska, M. / Dubin, G.

履歴

登録	2018年6月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年5月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年6月19日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gvx.cif.gz	265.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gvx.ent.gz	214.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gvx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6gvx_validation.pdf.gz	984.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gvx_full_validation.pdf.gz	988.2 KB	表示
XML形式データ	6gvx_validation.xml.gz	24.8 KB	表示
CIF形式データ	6gvx_validation.cif.gz	33.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/6gvx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gv/6gvx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4d2vS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5yql-d 5dy5-d 6g4z-2 5kz8-1 3pxp-2 1pxv-1 2hak-6 1k47-1 5aj8-d 3iec-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Maternal embryonic leucine zipper kinase

B: Maternal embryonic leucine zipper kinase

ヘテロ分子

80.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Maternal embryonic leucine zipper kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Maternal embryonic leucine zipper kinase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.475, 80.074, 77.975
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.58, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Maternal embryonic leucine zipper kinase / hMELK / Protein kinase Eg3 / pEg3 kinase / Protein kinase PK38 / hPK38 / Tyrosine-protein kinase MELK 分子量: 39723.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MELK, KIAA0175 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q14680, non-specific serine/threonine protein kinase, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-TAK / 6-[4-(2-piperidin-1-ylethoxy)phenyl]-3-pyridin-4-ylpyrazolo[1,5-a]pyrimidine / Dorsomorphin / ドルソモルフィン分子量: 399.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₂₅N₅O
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.88 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: HEPES, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.24→48.672 Å / Num. obs: 36063 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 41.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.24→2.32 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 3575 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4D2V

4d2v

解像度: 2.24→48.672 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2396	1777	4.93 %
R_work	0.2032	-	-
obs	0.205	36033	98.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.24→48.672 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4884	0	68	133	5085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	5086
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.569	6906
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.624	1803
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.021	777
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	864

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.24-2.3006	0.322	120	0.309	2517	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3006-2.3683	0.3091	147	0.2564	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3683-2.4447	0.2929	154	0.2469	2631	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4447-2.5321	0.29	140	0.2337	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5321-2.6335	0.2648	125	0.239	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6335-2.7533	0.2586	140	0.2414	2616	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7533-2.8984	0.2701	148	0.2226	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8984-3.08	0.2501	150	0.2247	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.3178	0.2661	133	0.2173	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3178-3.6515	0.2408	139	0.2046	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6515-4.1797	0.2183	127	0.1725	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1797-5.265	0.204	112	0.1627	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
5.265-48.6832	0.2079	142	0.1966	2701	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.824	-3.0685	-4.1634	9.262	5.5892	7.7439	0.0181	-0.131	0.1065	-0.5273	0.4838	0.2657	-0.1011	-0.9063	-0.4692	0.4717	0.0033	-0.0096	0.9318	0.2702	0.3594	-8.2002	-13.3456	-6.6468
2	4.6831	0.4229	2.4582	0.4232	-0.8596	7.0715	-0.1199	-0.0012	0.0812	-0.0988	0.239	0.0376	0.2952	-0.9307	-0.1096	0.3471	-0.0195	0.0615	0.3358	0.0707	0.3529	1.1937	-15.176	8.4939
3	6.0508	-1.6326	-0.0703	4.6171	-0.2669	3.9329	0.157	-0.2313	-0.1444	-0.0983	-0.0623	-0.2569	0.7062	-0.4693	-0.0362	0.4337	-0.0795	-0.0412	0.2763	0.0451	0.2661	7.2023	-21.1211	12.6267
4	3.0759	0.1701	1.5853	0.8281	-1.1462	4.9607	0.0671	-0.5196	0.0349	0.2549	0.0973	0.127	0.1241	-0.8495	-0.0716	0.2602	0.0034	0.1067	0.3702	-0.0023	0.2958	5.1527	-14.8286	18.3019
5	2.6803	0.5193	-3.305	8.4788	-5.9198	8.9877	0.3507	-0.2342	-0.1884	0.5889	-0.3776	0.2262	0.3024	0.5933	0.0247	0.6936	-0.224	-0.1032	0.5514	0.0244	0.3478	19.8534	-11.2402	-1.7892
6	3.9603	0.5081	1.1699	0.7839	0.0209	5.1389	0.106	-0.4417	-0.3029	0.1613	-0.2247	0.0669	0.2833	0.0467	0.1246	0.4183	-0.0924	0.0348	0.2401	0.0107	0.393	13.9798	-11.3507	-14.0954
7	7.6156	-0.3846	0.5913	1.3266	-1.0463	5.3816	-0.0266	0.0211	-0.0274	-0.079	0.0728	-0.0739	0.2234	-0.1845	-0.0313	0.3724	-0.0746	-0.0339	0.1806	-0.0353	0.2649	5.1608	-9.3714	-26.0427
8	3.3913	0.2756	1.4407	0.7635	0.1157	3.7849	0.2343	0.2417	-0.2722	-0.1989	0.0095	0.073	0.9001	-0.5993	-0.1198	0.645	-0.2062	-0.0652	0.3953	0.0013	0.3695	-1.3747	-15.9451	-31.3146
9	6.0337	1.8342	1.6908	8.1517	-0.2379	3.0891	0.2774	0.2201	0.2183	-0.0598	-0.5258	-0.538	-0.4731	1.0656	0.193	0.4198	-0.1776	0.0137	0.6137	0.0781	0.3565	30.0022	1.0535	-18.7022

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -3 through 35 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 36 through 125 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 126 through 187 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 188 through 333 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid -3 through 23 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 24 through 105 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 106 through 148 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 149 through 283 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 284 through 335 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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