PDB-6gu0: Crystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli F18 with boun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gu0

タイトル

Crystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli F18 with bound dimannoside Man(alpha1-3)Man in space group P213

要素

FimG protein
FimH protein

キーワード

CELL ADHESION / TYPE I PILUS / CATCH-BOND / LECTIN / UPEC / INFECTION / MANNOSE

機能・相同性

機能・相同性情報

cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli F18+ (大腸菌)

Escherichia coli 536 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.501 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Sauer, M.M. / Luber, T. / Canonica, F. / Navarra, G. / Ernst, B. / Unverzagt, C. / Maier, T. / Glockshuber, R.

引用

ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2019
タイトル: Binding of the Bacterial Adhesin FimH to Its Natural, Multivalent High-Mannose Type Glycan Targets.
著者: Maximilian M Sauer / Roman P Jakob / Thomas Luber / Fabia Canonica / Giulio Navarra / Beat Ernst / Carlo Unverzagt / Timm Maier / Rudi Glockshuber /

要旨: Multivalent carbohydrate-lectin interactions at host-pathogen interfaces play a crucial role in the establishment of infections. Although competitive antagonists that prevent pathogen adhesion are ...

履歴

登録	2018年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gu0.cif.gz	177.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gu0.ent.gz	141.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gu0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/6gu0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gu/6gu0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6gtvC 6gtwC 6gtxC 6gtyC 6gtzC 4xoeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4z23-d 4xob-2 3cvz-1 5dza-d 2vix-1 2j3s-2 6gtz-2 4xob-1 6gtv-2 4xoe-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FimH protein

B: FimG protein

ヘテロ分子

30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, FimH and the FimG peptide form a stable complex via donor strand complementation, and together as FimH*DsG behave as monomeric complex

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.630, 128.630, 128.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

#1: タンパク質

FimH protein

分子量: 29053.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli F18+ (大腸菌) / 遺伝子: ECP_4655, fimh / プラスミド: pTRC99a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HM125 / 参照: UniProt: A0A0R4I961

#2: タンパク質・ペプチド

FimG protein

分子量: 1416.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Escherichia coli 536 (大腸菌)

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-methyl alpha-D-mannopyranoside

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 356.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3DManp[1Me]a1-OME	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a1122h-1a_1-5_1*OC][a1122h-1a_1-5]/1-2/a3-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO₄

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M (NH4)2SO4, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 30% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→90.96 Å / Num. obs: 24813 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.197 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.65 Å / 冗長度: 20.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3918 / CC_1/2: 0.684 / R_rim(I) all: 2.49 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XOE

4xoe

解像度: 2.501→64.315 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.88 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1922	1208	4.87 %	RANDOM
R_work	0.1728	-	-	-
obs	0.1738	24813	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.501→64.315 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2148	0	29	232	2409

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	2223
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.695	3057
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.075	1289
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	374
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	391

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5006-2.6007	0.3218	125	0.3202	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6007-2.7191	0.3111	100	0.2651	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7191-2.8625	0.2855	139	0.2504	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8625-3.0418	0.2476	131	0.2068	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0418-3.2767	0.2052	157	0.173	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2767-3.6064	0.1863	146	0.1573	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6064-4.1281	0.1912	113	0.1415	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1281-5.2007	0.136	127	0.1265	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2007-64.3363	0.1704	170	0.1793	2707	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2411	-0.0091	0.0651	0.0502	-0.0395	0.2757	0.2389	0.4491	0.1404	-0.4341	-0.2913	-0.6133	-0.3476	-0.0011	0.0002	0.5658	0.0159	0.0858	0.3881	0.0239	0.443	-5.2293	-45.2359	-3.177
2	0.2631	0.3711	0.6315	0.3706	0.445	0.6575	0.0127	0.1835	0.2284	-0.3212	-0.1365	0.0675	-0.3983	-0.0765	-0.0001	0.544	0.0396	0.0444	0.3757	-0.0128	0.5208	-8.6766	-37.5013	10.2
3	0.4694	-0.2243	-0.0965	1.6197	0.5452	0.2475	0.1004	0.0177	-0.0108	0.1749	-0.007	-0.0607	0.1572	-0.0403	0.0001	0.4677	0.0191	0.0583	0.4184	0.0043	0.38	-9.6725	-50.429	10.8581
4	0.0535	0.2087	-0.0187	1.0466	0.0725	-0.0592	-0.0621	-0.0755	0.2919	-0.102	-0.3143	0.2422	-0.1704	-0.4155	-0.0008	0.4703	0.0197	0.0037	0.445	-0.0347	0.4745	-12.009	-41.9352	11.7998
5	0.5429	-0.1152	-0.2239	-0.0083	0.1131	0.8285	0.0282	0.1747	-0.0391	-0.0375	0.3268	-0.1744	0.036	0.2948	0.0001	0.3174	-0.0127	0.0234	0.3265	-0.0307	0.3492	-1.8627	-42.82	10.7685
6	-0.1165	-0.3311	-0.0697	0.2212	0.4846	0.345	0.0758	0.0496	0.0066	-0.2973	-0.0523	-0.1546	-0.2415	-0.0649	-0	0.5813	-0.0153	0.0913	0.3975	-0.0347	0.4319	-4.2289	-31.2049	15.7692
7	0.6214	0.1844	-0.1116	1.4625	1.2951	0.9141	0.0763	0.0442	0.0319	-0.0506	-0.0258	-0.085	0.1192	0.1332	0	0.5153	-0.0026	-0.0167	0.4943	-0.0236	0.5552	-2.1053	-14.0961	35.5177
8	0.1862	0.2116	-0.1662	0.3468	0.2903	0.8403	-0.1809	-0.1523	-0.178	-0.2258	0.3012	0.1664	0.0242	-0.1853	0	0.525	-0.0244	-0.0178	0.4548	0.0115	0.5429	-5.135	-11.432	41.8237
9	0.1452	-0.189	0.2767	1.2315	1.4529	1.224	0.0259	0.0152	0.0374	-0.1968	-0.0474	0.0806	-0.1721	-0.0345	-0	0.5858	-0.0043	0.0406	0.4424	-0.0631	0.5438	-4.6053	-12.4418	36.0019
10	1.1574	-0.2882	0.6916	0.0826	-0.1295	0.4235	-0.163	0.1858	-0.2452	-0.9563	0.1782	-0.7015	-0.1573	0.0091	-0	0.657	-0.0426	0.0695	0.5149	-0.0445	0.5463	1.2721	-5.6277	29.9968

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 45 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 46 through 95 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 96 through 116 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 117 through 135 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 136 through 177 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 178 through 220 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 221 through 237 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 238 through 279 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 14 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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