PDB-6gtv: Crystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli F18 with boun...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6gtv

タイトル

Crystal structure of a FimH*DsG complex from E.coli F18 with bound trimannose

要素

FimG protein
FimH protein

キーワード

CELL ADHESION / TYPE I PILUS / CATCH-BOND / LECTIN / UPEC / INFECTION / MANNOSE

機能・相同性

機能・相同性情報

cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli F18+ (大腸菌)

Escherichia coli 536 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Sauer, M.M. / Luber, T. / Canonica, F. / Navarra, G. / Ernst, B. / Unverzagt, C. / Maier, T. / Glockshuber, R.

引用

ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2019
タイトル: Binding of the Bacterial Adhesin FimH to Its Natural, Multivalent High-Mannose Type Glycan Targets.
著者: Maximilian M Sauer / Roman P Jakob / Thomas Luber / Fabia Canonica / Giulio Navarra / Beat Ernst / Carlo Unverzagt / Timm Maier / Rudi Glockshuber /

要旨: Multivalent carbohydrate-lectin interactions at host-pathogen interfaces play a crucial role in the establishment of infections. Although competitive antagonists that prevent pathogen adhesion are ...

履歴

登録	2018年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年1月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6gtv.cif.gz	332.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6gtv.ent.gz	277.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6gtv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6gtv_validation.pdf.gz	808.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6gtv_full_validation.pdf.gz	809.8 KB	表示
XML形式データ	6gtv_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	6gtv_validation.cif.gz	39.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/6gtv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gt/6gtv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6gtwC 6gtxC 6gtyC 6gtzC 6gu0C 4xoeS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5jqi-3 5jqi-2 6gtz-2 4xoa-4 4xoa-3 4xob-1 6gtz-1 5jqi-1 5jqi-4 1139 4g8k-1 4xo9-d 4g8k-2 4xod-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FimH protein

B: FimG protein

C: FimH protein

D: FimG protein

ヘテロ分子

62.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FimH protein

B: FimG protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, FimH and the FimG peptide form a stable complex via donor strand complementation, and together as FimH*DsG behave as monomeric complex
31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: FimH protein

D: FimG protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.690, 119.210, 120.090
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 糖 , 3種, 5分子 ACBD

#1: タンパク質

FimH protein

分子量: 29053.260 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli F18+ (大腸菌) / 遺伝子: ECP_4655, fimh / プラスミド: pTRC99a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HM125 / 参照: UniProt: A0A0R4I961

#2: タンパク質・ペプチド

FimG protein

分子量: 1416.661 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成)

Escherichia coli 536 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A140UH97

#3: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-3[DManpa1-6]DManpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a1122h-1a_1-5]/1-1-1/a3-b1_a6-c1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 463分子

#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.26 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M Hepes pH 7.5, 28% PEG 400

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→48.727 Å / Num. obs: 49075 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.106 / Net I/σ(I): 13
反射シェル	解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 6.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 7428 / CC_1/2: 0.729 / R_rim(I) all: 1.151 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XOE

4xoe

解像度: 2.1→48.727 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.55

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2172	2483	5.06 %
R_work	0.1877	-	-
obs	0.1892	49075	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.727 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4278	0	85	457	4820

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4461
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.832	6114
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.194	2616
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.118	742
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	782

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0999-2.1403	0.3452	142	0.321	2552	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1403-2.184	0.3078	126	0.2843	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
2.184-2.2315	0.3094	137	0.267	2524	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2315-2.2834	0.2772	137	0.2388	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2834-2.3405	0.2426	139	0.235	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3405-2.4038	0.273	146	0.2366	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4038-2.4745	0.2647	150	0.2272	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4745-2.5544	0.2623	139	0.2231	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5544-2.6457	0.254	121	0.2095	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6457-2.7516	0.2519	137	0.2004	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7516-2.8768	0.2588	139	0.1907	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8768-3.0285	0.2388	135	0.193	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0285-3.2182	0.2331	121	0.1905	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2182-3.4666	0.1946	163	0.1808	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4666-3.8153	0.2039	140	0.1678	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8153-4.3671	0.188	143	0.159	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3671-5.5009	0.15	128	0.1369	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5009-48.7403	0.215	140	0.1971	2757	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3284	0.3119	-0.6785	-0.0591	-0.2357	1.1844	-0.056	0.0546	-0.0027	-0.0039	0.0625	-0.0067	0.0439	-0.139	-0	0.3935	-0.001	-0.0335	0.3744	0.0247	0.3896	128.5535	129.2089	-1.8024
2	0.5101	0.2445	0.254	0.4083	-0.3851	0.6425	-0.0583	-0.109	0.0335	0.1826	-0.1734	-0.0899	-0.5383	0.4258	-0.0001	0.429	-0.0562	-0.0663	0.4113	0.0214	0.4293	135.8974	136.7562	5.6878
3	0.2403	0.1556	-0.2164	0.4273	-0.5564	0.6009	-0.2094	0.1571	0.2073	-0.0146	-0.034	0.1565	-0.0547	0.262	-0.0057	0.4158	-0.0355	-0.0608	0.4195	0.0506	0.4185	135.5191	133.806	-6.0653
4	0.3577	-0.0608	0.5102	0.3587	0.2048	0.66	-0.0041	-0.1045	0.066	0.0854	-0.1179	0.0231	-0.3869	0.1695	-0	0.3969	-0.0096	-0.0552	0.4157	0.0398	0.4024	131.2444	132.6838	10.2167
5	0.1503	-0.098	0.1638	0.1195	0.1546	0.6198	0.0271	-0.0072	0.0012	0.0066	-0.0475	0.1002	-0.2095	0.1807	0	0.3705	0.0223	-0.0322	0.3955	0.0325	0.4083	127.3195	124.868	13.9479
6	0.5524	0.1355	0.4264	0.6407	-0.5577	0.7812	0.0245	-0.1477	0.0229	0.0716	-0.077	-0.0235	0.0006	0.1903	-0	0.3527	0.0311	-0.012	0.4058	0.022	0.3778	131.7941	114.0732	38.6273
7	0.4793	-0.502	0.0629	0.4615	0.1181	0.3929	-0.2194	-0.1408	0.1573	0.0051	0.2263	0.3031	0.1389	-0.1273	0	0.407	0.0261	-0.0049	0.4211	0.0523	0.4308	122.5007	111.3667	36.8132
8	0.2828	-0.3556	-0.4275	1.2937	-0.7576	0.7058	0.045	0.1553	0.0938	-0.0711	-0.297	-0.2514	-0.0419	0.2097	-0	0.4999	0.0287	-0.0409	0.4411	0.1073	0.4733	111.3474	147.9333	-34.8661
9	0.5002	-0.5048	0.0758	0.3843	-0.1809	0.3221	-0.3393	0.0624	0.2053	0.4594	0.1319	-0.2233	-0.853	-0.1111	-0.0024	0.7213	0.0597	-0.135	0.4738	0.0931	0.5215	106.2927	159.1814	-31.0671
10	0.3285	-0.0218	0.4533	0.2107	-0.347	1.0522	-0.1812	-0.1192	0.0661	0.1712	0.0687	-0.128	-0.3406	0.0028	-0	0.5909	0.0428	-0.0917	0.4361	0.0677	0.5198	108.9283	148.685	-25.9137
11	0.7804	-0.3113	-0.3032	0.9794	-0.5148	0.2478	-0.0652	0.2823	0.324	0.3399	-0.382	-0.4449	-0.4795	0.324	-0.0001	0.5525	-0.0299	-0.1463	0.4084	0.1458	0.5541	111.6423	156.5095	-34.306
12	1.0118	-0.2896	0.6282	1.2835	-0.569	0.6984	0.0681	0.0377	-0.1973	0.1236	-0.1183	0.0778	0.2072	0.2505	0	0.4259	0.0601	-0.0523	0.4108	0.0613	0.4325	93.3689	161.9937	-59.3457
13	0.2116	-0.2503	0.4162	0.6209	-0.0023	1.2443	0.3157	0.1847	0.373	0.0882	-0.2544	-0.0463	-0.3007	0.1661	-0.0002	0.4555	0.1027	-0.0012	0.5525	0.08	0.4235	93.0114	172.5949	-72.5065
14	0.5084	-0.0359	0.4734	0.7967	-0.4981	0.4626	0.1514	0.08	-0.1177	0.1082	-0.1088	0.0041	0.2308	0.1529	0.0002	0.3632	0.0644	-0.0437	0.4082	0.0451	0.4048	90.4537	167.2515	-66.8474
15	0.2984	0.4521	-0.1522	0.4423	-0.172	0.0675	0.3368	-0.0297	-0.2448	0.0737	0.2371	-0.2823	0.2928	0.7436	0.0004	0.5654	0.1953	-0.0066	0.5353	-0.001	0.4862	98.1302	164.1426	-71.9768

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 53 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 104 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 105 through 135 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 136 through 177 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 178 through 279 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 2 through 14 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 1 through 53 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 54 through 84 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 85 through 104 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 105 through 150 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 151 through 198 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 199 through 237 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 238 through 279 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 2 through 14 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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