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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6grk | ||||||
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タイトル | Structure of the soluble AhlB of the tripartite alpha-pore forming toxin, AHL, from Aeromonas hydrophila. | ||||||
要素 | AhlB | ||||||
キーワード | TOXIN / Tripartite pore-forming toxin | ||||||
機能・相同性 | Hemolysin BL-binding component / Bacillus haemolytic enterotoxin (HBL) / membrane => GO:0016020 / membrane / Alpha-helical pore-forming toxin family protein / Alpha-helical pore-forming toxin family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Aeromonas hydrophila (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å | ||||||
データ登録者 | Churchill-Angus, A.M. / Wilson, J.S. / Baker, P.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: Identification and structural analysis of the tripartite alpha-pore forming toxin of Aeromonas hydrophila. 著者: Wilson, J.S. / Churchill-Angus, A.M. / Davies, S.P. / Sedelnikova, S.E. / Tzokov, S.B. / Rafferty, J.B. / Bullough, P.A. / Bisson, C. / Baker, P.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6grk.cif.gz | 199.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6grk.ent.gz | 160.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6grk.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6grk_validation.pdf.gz | 439.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6grk_full_validation.pdf.gz | 447.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6grk_validation.xml.gz | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6grk_validation.cif.gz | 50.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/6grk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gr/6grk | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38734.520 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) 遺伝子: A9R12_16795 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A081US78, UniProt: A0A454GEH4*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.65 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 0.1 M bis-tris propane pH 6.5, and 20 % PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月11日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.33→58.34 Å / Num. obs: 49043 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.3 % / Net I/σ(I): 0.791 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.39 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.33→58.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 8.863 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.249 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 47.943 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.33→58.41 Å
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拘束条件 |
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