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- PDB-6grj: Structure of the AhlB pore of the tripartite alpha-pore forming t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6grj
タイトルStructure of the AhlB pore of the tripartite alpha-pore forming toxin, AHL, from Aeromonas hydrophila.
要素AhlB
キーワードTOXIN / Tripartite pore-forming toxin
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemolysin BL-binding component / Bacillus haemolytic enterotoxin (HBL) / : / Hemolysin E; Chain: A; / Hemolysin E; Chain: A; - #10 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Alpha-helical pore-forming toxin family protein / Alpha-helical pore-forming toxin family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aeromonas hydrophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Churchill-Angus, A.M. / Wilson, J.S. / Baker, P.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Identification and structural analysis of the tripartite alpha-pore forming toxin of Aeromonas hydrophila.
著者: Wilson, J.S. / Churchill-Angus, A.M. / Davies, S.P. / Sedelnikova, S.E. / Tzokov, S.B. / Rafferty, J.B. / Bullough, P.A. / Bisson, C. / Baker, P.J.
履歴
登録2018年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: AhlB
J: AhlB
A: AhlB
B: AhlB
C: AhlB
D: AhlB
E: AhlB
F: AhlB
H: AhlB
I: AhlB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)393,47963
ポリマ－390,44710
非ポリマー3,03253
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area53100 Å2
ΔGint-821 kcal/mol
Surface area127090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)363.644, 116.526, 217.409
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11G
21J
12G
22A
13G
23B
14G
24C
15G
25D
16G
26E
17G
27F
18G
28H
19G
29I
110J
210A
111J
211B
112J
212C
113J
213D
114J
214E
115J
215F
116J
216H
117J
217I
118A
218B
119A
219C
120A
220D
121A
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122A
222F
123A
223H
124A
224I
125B
225C
126B
226D
127B
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128B
228F
129B
229H
130B
230I
131C
231D
132C
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233F
134C
234H
135C
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237F
138D
238H
139D
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240F
141E
241H
142E
242I
143F
243H
144F
244I
145H
245I

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNILEILEGA16 - 33616 - 336
21GLNGLNILEILEJB16 - 33616 - 336
12THRTHRPROPROGA2 - 3412 - 341
22THRTHRPROPROAC2 - 3412 - 341
13GLNGLNILEILEGA16 - 33616 - 336
23GLNGLNILEILEBD16 - 33616 - 336
14THRTHRPROPROGA2 - 3412 - 341
24THRTHRPROPROCE2 - 3412 - 341
15ASNASNILEILEGA15 - 33615 - 336
25ASNASNILEILEDF15 - 33615 - 336
16THRTHRPROPROGA2 - 3412 - 341
26THRTHRPROPROEG2 - 3412 - 341
17ALAALAILEILEGA17 - 33617 - 336
27ALAALAILEILEFH17 - 33617 - 336
18THRTHRPROPROGA2 - 3412 - 341
28THRTHRPROPROHI2 - 3412 - 341
19GLNGLNILEILEGA16 - 33616 - 336
29GLNGLNILEILEIJ16 - 33616 - 336
110GLNGLNILEILEJB16 - 33616 - 336
210GLNGLNILEILEAC16 - 33616 - 336
111GLNGLNALAALAJB16 - 33716 - 337
211GLNGLNALAALABD16 - 33716 - 337
112GLNGLNILEILEJB16 - 33616 - 336
212GLNGLNILEILECE16 - 33616 - 336
113GLNGLNALAALAJB16 - 33716 - 337
213GLNGLNALAALADF16 - 33716 - 337
114GLNGLNILEILEJB16 - 33616 - 336
214GLNGLNILEILEEG16 - 33616 - 336
115ALAALAALAALAJB17 - 33717 - 337
215ALAALAALAALAFH17 - 33717 - 337
116GLNGLNILEILEJB16 - 33616 - 336
216GLNGLNILEILEHI16 - 33616 - 336
117GLNGLNALAALAJB16 - 33716 - 337
217GLNGLNALAALAIJ16 - 33716 - 337
118GLNGLNILEILEAC16 - 33616 - 336
218GLNGLNILEILEBD16 - 33616 - 336
119THRTHRPROPROAC2 - 3412 - 341
219THRTHRPROPROCE2 - 3412 - 341
120ASNASNILEILEAC15 - 33615 - 336
220ASNASNILEILEDF15 - 33615 - 336
121THRTHRPROPROAC2 - 3412 - 341
221THRTHRPROPROEG2 - 3412 - 341
122ALAALAILEILEAC17 - 33617 - 336
222ALAALAILEILEFH17 - 33617 - 336
123THRTHRPROPROAC2 - 3412 - 341
223THRTHRPROPROHI2 - 3412 - 341
124GLNGLNILEILEAC16 - 33616 - 336
224GLNGLNILEILEIJ16 - 33616 - 336
125GLNGLNILEILEBD16 - 33616 - 336
225GLNGLNILEILECE16 - 33616 - 336
126GLNGLNALAALABD16 - 33716 - 337
226GLNGLNALAALADF16 - 33716 - 337
127GLNGLNILEILEBD16 - 33616 - 336
227GLNGLNILEILEEG16 - 33616 - 336
128ALAALAALAALABD17 - 33717 - 337
228ALAALAALAALAFH17 - 33717 - 337
129GLNGLNILEILEBD16 - 33616 - 336
229GLNGLNILEILEHI16 - 33616 - 336
130GLNGLNALAALABD16 - 33716 - 337
230GLNGLNALAALAIJ16 - 33716 - 337
131ASNASNILEILECE15 - 33615 - 336
231ASNASNILEILEDF15 - 33615 - 336
132THRTHRPROPROCE2 - 3412 - 341
232THRTHRPROPROEG2 - 3412 - 341
133ALAALAILEILECE17 - 33617 - 336
233ALAALAILEILEFH17 - 33617 - 336
134THRTHRPROPROCE2 - 3412 - 341
234THRTHRPROPROHI2 - 3412 - 341
135GLNGLNILEILECE16 - 33616 - 336
235GLNGLNILEILEIJ16 - 33616 - 336
136ASNASNILEILEDF15 - 33615 - 336
236ASNASNILEILEEG15 - 33615 - 336
137ALAALAILEILEDF17 - 33617 - 336
237ALAALAILEILEFH17 - 33617 - 336
138ASNASNILEILEDF15 - 33615 - 336
238ASNASNILEILEHI15 - 33615 - 336
139GLNGLNALAALADF16 - 33716 - 337
239GLNGLNALAALAIJ16 - 33716 - 337
140ALAALAILEILEEG17 - 33617 - 336
240ALAALAILEILEFH17 - 33617 - 336
141THRTHRPROPROEG2 - 3412 - 341
241THRTHRPROPROHI2 - 3412 - 341
142GLNGLNILEILEEG16 - 33616 - 336
242GLNGLNILEILEIJ16 - 33616 - 336
143ALAALAILEILEFH17 - 33617 - 336
243ALAALAILEILEHI17 - 33617 - 336
144ALAALAALAALAFH17 - 33717 - 337
244ALAALAALAALAIJ17 - 33717 - 337
145GLNGLNILEILEHI16 - 33616 - 336
245GLNGLNILEILEIJ16 - 33616 - 336

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45

-
要素

#1: タンパク質
AhlB


分子量: 39044.742 Da / 分子数: 10 / 変異: M336I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア)
遺伝子: A9R12_16795 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A081US78, UniProt: A0A454GEH4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物...
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.58 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 60% Methyl-2,4-Pentanediol (MPD), 0.2M Ammonium phosphate, 0.1M Tris pH8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97938 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→107.58 Å / Num. obs: 169188 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 1.127
反射 シェル解像度: 2.94→2.99 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0222精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.94→102.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 14.884 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.415 / ESU R Free: 0.279 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23865 8353 4.9 %RANDOM
Rwork0.22238 ---
obs0.22319 160701 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 67.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.37 Å20 Å22.23 Å2
2---0.59 Å20 Å2
3----2.65 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.94→102.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24221 0 159 0 24380
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.01424590
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01722812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.65433520
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0371.67253158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.4953269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.80726.1741069
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.327153916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.621560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.23590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0227804
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024008
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.896.79213124
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.896.79213123
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.77110.19116374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.77110.19116375
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.7937.15911466
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other6.7767.15411459
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other10.08410.57317134
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.0685.71129275
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.0685.71229276
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11G91800.14
12J91800.14
21G110670.05
22A110670.05
31G91960.14
32B91960.14
41G110700.05
42C110700.05
51G91750.14
52D91750.14
61G110890.04
62E110890.04
71G90810.14
72F90810.14
81G110430.05
82H110430.05
91G90540.13
92I90540.13
101J91650.14
102A91650.14
111J106830.06
112B106830.06
121J91420.14
122C91420.14
131J106080.05
132D106080.05
141J91540.14
142E91540.14
151J104870.06
152F104870.06
161J91380.13
162H91380.13
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181A92010.13
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272E91800.13
281B104780.07
282F104780.07
291B91530.14
292H91530.14
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312D91450.14
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322E110630.05
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332F90470.14
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371D104130.07
372F104130.07
381D91650.14
382H91650.14
391D104880.05
392I104880.05
401E90820.14
402F90820.14
411E110660.04
412H110660.04
421E90520.13
422I90520.13
431F90560.14
432H90560.14
441F104500.05
442I104500.05
451H90460.14
452I90460.14
LS精密化 シェル解像度: 2.939→3.016 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.358 567 -
Rwork0.357 11726 -
obs--97.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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