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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6gpm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of domain 2 from TmArgBP | ||||||
要素 | Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Domain-domain communication / Diagnostic tool / Protein dissection / Biosensor / Protein structure-stability | ||||||
機能・相同性 | Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF / ligand-gated monoatomic ion channel activity / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / membrane / Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Thermotoga maritima (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.73 Å | ||||||
データ登録者 | Smaldone, G. / Balasco, N. / Ruggiero, A. / Berisio, R. / Vitagliano, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Int. J. Biol. Macromol. / 年: 2018 タイトル: Domain communication in Thermotoga maritima Arginine Binding Protein unraveled through protein dissection. 著者: Smaldone, G. / Balasco, N. / Vigorita, M. / Ruggiero, A. / Cozzolino, S. / Berisio, R. / Del Vecchio, P. / Graziano, G. / Vitagliano, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6gpm.cif.gz | 32.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6gpm.ent.gz | 20.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6gpm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6gpm_validation.pdf.gz | 398 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6gpm_full_validation.pdf.gz | 398 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6gpm_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6gpm_validation.cif.gz | 9.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/6gpm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/6gpm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9976.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 株: MSB8 / 遺伝子: TM_0593 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9WZ62 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: Crystals of the D2 domain were obtained using a protein concentration of 14 mg/ml in a solution containing 0.1M Bis-Tris (pH 6.5) and 28% (w/v) polyethylene glycol 2,000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.73→15 Å / Num. obs: 6898 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 1.3 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 30.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.73→1.77 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PRS 解像度: 1.73→14.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 2.357 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.651 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.73→14.18 Å
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拘束条件 |
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