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万見
- PDB-6g8o: Solution structure of the cross-linked SAM domain dimer of murine SLy1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g8o
タイトルSolution structure of the cross-linked SAM domain dimer of murine SLy1
要素SAM and SH3 domain-containing protein 3
キーワードSIGNALING PROTEIN / SLy1 / SAM / adapter protein / scaffold protein
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of lymphocyte activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of adaptive immune response / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of organ growth / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / B cell homeostasis ...positive regulation of lymphocyte activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of adaptive immune response / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of organ growth / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of interleukin-4 production / B cell proliferation / positive regulation of interleukin-10 production / B cell homeostasis / T cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / homeostasis of number of cells within a tissue / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of T cell cytokine production / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of type II interferon production / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SAM and SH3 domain-containing protein 3, SH3 domain / SAM and SH3 domain-containing protein 3 / SAM/SH3 domain-containing / SLy Proteins Associated Disordered Region / Transcription Factor, Ets-1 / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain ...SAM and SH3 domain-containing protein 3, SH3 domain / SAM and SH3 domain-containing protein 3 / SAM/SH3 domain-containing / SLy Proteins Associated Disordered Region / Transcription Factor, Ets-1 / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Src homology 3 domains / DNA polymerase; domain 1 / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SAM and SH3 domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kukuk, L.K. / Dingley, A.J. / Koenig, B.W.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structure of the SLy1 SAM homodimer reveals a new interface for SAM domain self-association.
著者: Kukuk, L. / Dingley, A.J. / Granzin, J. / Nagel-Steger, L. / Thiagarajan-Rosenkranz, P. / Ciupka, D. / Hanel, K. / Batra-Safferling, R. / Pacheco, V. / Stoldt, M. / Pfeffer, K. / Beer-Hammer, ...著者: Kukuk, L. / Dingley, A.J. / Granzin, J. / Nagel-Steger, L. / Thiagarajan-Rosenkranz, P. / Ciupka, D. / Hanel, K. / Batra-Safferling, R. / Pacheco, V. / Stoldt, M. / Pfeffer, K. / Beer-Hammer, S. / Willbold, D. / Koenig, B.W.
履歴
登録2018年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年7月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_dist_value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM and SH3 domain-containing protein 3
B: SAM and SH3 domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9102
ポリマ－15,9102
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation, gel filtration, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2360 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area6940 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 SAM and SH3 domain-containing protein 3 / SH3 protein expressed in lymphocytes


分子量: 7954.952 Da / 分子数: 2 / 断片: SAM domain, UNP residues 253-321 / 変異: K1G, S68C / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The two chains A and B are cross-linked by an artificial intermonomer disulfide bond at position 68 (320)
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sash3, Sly / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8K352

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic13D HNCO
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D H(CCO)NH
191isotropic13D C(CO)NH
181isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1101isotropic23D 1H-15N NOESY
1112isotropic23D 1H-15N NOESY
1131isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1121isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
1142isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SLy1 SAM domain, 50 mM potassium phosphate, 20 mM NaCl, 0.2 mM EDTA, 0.03 % sodium azide, 93% H2O/7% D2OSample_193% H2O/7% D2O
solution20.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] SLy1 SAM domain, 0.8 mM SLy1 SAM domain, 50 mM potassium phosphate, 20 mM sodium chloride, 0.2 mM EDTA, 0.03 % sodium azide, 93% H2O/7% D2OSample_293% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.4 mMSLy1 SAM domain[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
20 mMNaClnatural abundance1
0.2 mMEDTAnatural abundance1
0.03 %sodium azidenatural abundance1
0.8 mMSLy1 SAM domain[U-99% 13C; U-99% 15N]2
50 mMpotassium phosphatenatural abundance2
20 mMsodium chloridenatural abundance2
0.2 mMEDTAnatural abundance2
0.03 %sodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 0.098 M / Label: Standard_conditions / pH: 6.4 / 圧: 1 bar / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift assignment
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 6
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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