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万見
- PDB-6mi5: NMR solution structure of lanmodulin (LanM) complexed with yttriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6mi5
タイトルNMR solution structure of lanmodulin (LanM) complexed with yttrium(III) ions
要素Lanmodulin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / lanthanide / EF-hand / methylotroph / periplasm
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF-hand domain pair / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
YTTRIUM (III) ION / Lanmodulin
類似検索 - 構成要素
生物種Methylobacterium extorquens (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Cook, E.C. / Featherson, E.R. / Showalter, S.A. / Cotruvo Jr., J.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Rare Earth Element Recognition by Methylobacterium extorquens Lanmodulin.
著者: Cook, E.C. / Featherston, E.R. / Showalter, S.A. / Cotruvo Jr., J.A.
履歴
登録2018年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: pdbx_database_related / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Lanmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7964
ポリマ－12,5301
非ポリマー2673
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 12structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Lanmodulin


分子量: 12529.771 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylobacterium extorquens (strain ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1) (バクテリア)
株: ATCC 14718 / DSM 1338 / JCM 2805 / NCIMB 9133 / AM1 / 遺伝子: MexAM1_META1p1786 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: C5B164
#2: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D HN(CA)CB
141isotropic13D CBCA(CO)NH
151isotropic13D HNCO
161isotropic13D HN(CA)CO
171isotropic13D (H)CCH-TOCSY
182isotropic13D H(CCO)NH
191isotropic12D 1H-15N HSQC
1102isotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11.14 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Lanmodulin, 90% H2O/10% D2O5.56mM YCl315N_13C_Sample190% H2O/10% D2O
solution21.26 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Lanmodulin, 90% H2O/10% D2O6.04mM YCl315N_13C_Sample290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.14 mMLanmodulin[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.26 mMLanmodulin[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態詳細: 1mM EGTA 20mM MOPS 5mM acetic acid 20mM KCl / イオン強度: 46mM mM / Ionic strength err: 2 / Label: Condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 850 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgeschemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
Amber14Case, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 5 / 詳細: NOE and TALOS restraints
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 12 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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