PDB-3i7t: Crystal structure of Rv2704, a member of highly conserved YjgF/YE...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3i7t

タイトル

Crystal structure of Rv2704, a member of highly conserved YjgF/YER057c/UK114 family, from Mycobacterium tuberculosis

要素

Putative uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / SIRAS / YjgF/YER057c/UK114 / homotrimer / quick soak NaI derivative

機能・相同性

機能・相同性情報

plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Thakur, K.G. / Gopal, B.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Mycobacterium tuberculosis Rv2704 is a member of the YjgF/YER057c/UK114 family.
著者: Thakur, K.G. / Praveena, T. / Gopal, B.

履歴

登録	2009年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年2月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3i7t.cif.gz	37.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3i7t.ent.gz	24.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3i7t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3i7t_validation.pdf.gz	430 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3i7t_full_validation.pdf.gz	431.4 KB	表示
XML形式データ	3i7t_validation.xml.gz	7.6 KB	表示
CIF形式データ	3i7t_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/3i7t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/i7/3i7t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2pse-d 3ly0-2 6zf2-d 4n2z-d 4n1i-d 4j8g-1 5udp-d 3lu9-2 6do5-1 6zf8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

16.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

A: Putative uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.880, 67.880, 67.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-153- IOD

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein / Rv2704 分子量: 15626.537 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-142 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv2704 / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O07205
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / YjgF/YER057c/UK114 family / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 26.88 % / Mosaicity: 0.62 °
結晶化	温度: 295 K / pH: 6.5 詳細: 15% PEG8000, 0.1M Bis Tris, pH6.5, Microbatch, under-oil, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月19日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→67.88 Å / Num. obs: 8092 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.8 % / B_iso Wilson estimate: 18.8 Å² / R_sym value: 0.1 / Net I/σ(I): 21.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.93-2.03	17.7	0.424	6.6	20323	1149	0.424	100
2.03-2.16	17.8	0.294	2.6	19465	1093	0.294	100
2.16-2.31	17.7	0.269	2.3	18710	1060	0.269	100
2.31-2.49	18	0.173	4.4	17089	950	0.173	100
2.49-2.73	18.1	0.124	6.2	16347	903	0.124	100
2.73-3.05	18.1	0.083	9	14546	802	0.083	100
3.05-3.52	18.2	0.065	10.9	13204	727	0.065	100
3.52-4.32	18	0.063	10.2	11274	626	0.063	100
4.32-6.1	17.8	0.044	15.6	8723	491	0.044	100
6.1-39.19	16.3	0.041	16.1	4732	291	0.041	99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM	3.3.9	データ削減
SCALA	3.3.9	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.93→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.934 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / WR_factor R_free: 0.216 / WR_factor R_work: 0.178 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.843 / SU B: 9.072 / SU ML: 0.116 / SU R Cruickshank DPI: 0.184 / SU R_free: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24678	368	4.6 %	RANDOM
R_work	0.20506	-	-	-
obs	0.20686	7667	99.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 44.38 Å² / B_iso mean: 9.705 Å² / B_iso min: 2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	877	0	7	61	945

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	873
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.241	1.959	1186
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.215	5	117
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.258	22.188	32
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.607	15	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.317	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	146
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.515	1.5	580
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.977	2	930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.726	3	293
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.994	4.5	256
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.931→1.981 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	20	-
R_work	0.23	559	-
obs	-	-	99.66 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.344 Å / Origin y: 8.848 Å / Origin z: 39.305 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.033 Å²	-0.014 Å²	-0.006 Å²	-	0.067 Å²	-0.0108 Å²	-	-	0.0714 Å²
L	1.38 °²	0.8472 °²	-0.0509 °²	-	2.0258 °²	-0.2018 °²	-	-	1.5131 °²
S	-0.0338 Å °	0.0231 Å °	-0.0412 Å °	0.0262 Å °	-0.0239 Å °	-0.1766 Å °	0.019 Å °	0.1083 Å °	0.0577 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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