[English] 日本語
![](img/lk-miru.gif)
- PDB-4n1i: Crystal Structure of the alpha-L-arabinofuranosidase UmAbf62A fro... -
+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4n1i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of the alpha-L-arabinofuranosidase UmAbf62A from Ustilago maidys | ||||||
![]() | alpha-L-arabinofuranosidase UmAbf62A | ||||||
![]() | HYDROLASE / Beta-Propeller / hemicellulose binding | ||||||
Function / homology | Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Mainly Beta / : ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Siguier, B. / Dumon, C. / Mourey, L. / Tranier, S. | ||||||
![]() | ![]() Title: First Structural Insights into alpha-L-Arabinofuranosidases from the Two GH62 Glycoside Hydrolase Subfamilies. Authors: Siguier, B. / Haon, M. / Nahoum, V. / Marcellin, M. / Burlet-Schiltz, O. / Coutinho, P.M. / Henrissat, B. / Mourey, L. / O'Donohue, M.J. / Berrin, J.G. / Tranier, S. / Dumon, C. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 161.5 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 132.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 474.6 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 483.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 21.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 32.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-
Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 37054.156 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 21-331 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q4P6F4, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase |
---|
-Non-polymers , 5 types, 485 molecules ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-CA / | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
#3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-TRS / | #5: Chemical | ChemComp-1PE / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.83 Å3/Da / Density % sol: 32.88 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 285 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Sodium phosphate, 0.05 M Na Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285.0K |
-Data collection
Diffraction |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8266 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1→37.3 Å / Num. all: 146472 / Num. obs: 145655 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
|
-
Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 9.027 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1→37.3 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
|