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- PDB-4n1i: Crystal Structure of the alpha-L-arabinofuranosidase UmAbf62A fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n1i
タイトルCrystal Structure of the alpha-L-arabinofuranosidase UmAbf62A from Ustilago maidys
要素alpha-L-arabinofuranosidase UmAbf62A
キーワードHYDROLASE / Beta-Propeller / hemicellulose binding
機能・相同性Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Mainly Beta / :
機能・相同性情報
生物種Ustilago maydis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1 Å
データ登録者Siguier, B. / Dumon, C. / Mourey, L. / Tranier, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: First Structural Insights into alpha-L-Arabinofuranosidases from the Two GH62 Glycoside Hydrolase Subfamilies.
著者: Siguier, B. / Haon, M. / Nahoum, V. / Marcellin, M. / Burlet-Schiltz, O. / Coutinho, P.M. / Henrissat, B. / Mourey, L. / O'Donohue, M.J. / Berrin, J.G. / Tranier, S. / Dumon, C.
履歴
登録2013年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: alpha-L-arabinofuranosidase UmAbf62A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8238
ポリマ－37,0541
非ポリマー7697
水8,611478
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.280, 65.900, 68.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 alpha-L-arabinofuranosidase UmAbf62A


分子量: 37054.156 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 21-331 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ustilago maydis (菌類) / 株: 521/FGSC 9021 / 遺伝子: UM04309.1 / プラスミド: pPICZalphaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類)
参照: UniProt: Q4P6F4, non-reducing end alpha-L-arabinofuranosidase

-
非ポリマー , 5種, 485分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 478 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.88 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M Sodium phosphate, 0.05 M Na Acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285.0K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.8266 Å
検出器
タイプID検出器日付
OXFORD ONYX CCD1CCD2011年7月20日
ADSC QUANTUM 315r2CCD2011年6月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1multi-layer opticsSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2channel cut cryogenically cooled monochromator crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→37.3 Å / Num. all: 146472 / Num. obs: 145655 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
1-1.0340.6421.96102171,295.4
1.03-1.064.50.482.88104141,299.6
1.06-1.094.50.3423.95101531,299.5
1.09-1.124.70.267598861,299.8
1.12-1.164.70.2225.9395491,299.7
1.16-1.24.70.1966.692781,299.8
1.2-1.244.70.1837.1289431,299.8
1.24-1.294.80.177.5886621,299.8
1.29-1.354.80.1558.1482341,299.7
1.35-1.424.80.148.9679491,299.7
1.42-1.494.80.1269.875331,299.7
1.49-1.584.90.11710.9871511,299.7
1.58-1.695.50.11312.3267131,299.7
1.69-1.836.30.10314.2562951,299.6
1.83-27.60.08918.4157921,299.9
2-2.249.20.0823.9952701,2100
2.24-2.599.30.07625.9446781,2100
2.59-3.179.30.06828.2340071,2100
3.17-4.489.10.06330.8531231,299.8
4.48-37.38.30.06430.1618081,299.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SHELXCDEモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELXCDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1→37.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.975 / SU B: 0.526 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.022 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.13946 7283 5 %RANDOM
Rwork0.11369 ---
obs0.11496 138370 99.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.027 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→37.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2425 0 40 478 2943
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.022779
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2931.9563825
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.053.0015868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.0695369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.74424.083120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.42715416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.211512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02664
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3950.6071361
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3520.6051359
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6830.921734
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.6940.9221735
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8370.81418
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8370.81418
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0021.1232080
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.5057.7873618
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.8356.3563332
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.32335310
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free44.485584
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.2155608
LS精密化 シェル解像度: 1→1.027 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.277 511 -
Rwork0.252 9701 -
obs--95.53 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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