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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g8d | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Amyloid-like LNIYQY segment from the R1 repeat of the E. coli Biofilm-associated CsgA Curli protein | ||||||
![]() | Major curlin subunit | ||||||
![]() | PROTEIN FIBRIL / Bacterial steric-zipper cross-beta amyloid fibril from E. coli | ||||||
機能・相同性 | Curlin associated / Curlin associated repeat / regulation of amyloid fibril formation / single-species biofilm formation / pilus / amyloid fibril formation / cell adhesion / identical protein binding / Major curlin subunit![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Model details | Curli | ||||||
![]() | Landau, M. / Perov, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into Curli CsgA Cross-beta Fibril Architecture Inspire Repurposing of Anti-amyloid Compounds as Anti-biofilm Agents. 著者: Perov, S. / Lidor, O. / Salinas, N. / Golan, N. / Tayeb-Fligelman, E. / Deshmukh, M. / Willbold, D. / Landau, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 10.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 4.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 371.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 371.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 2.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 2.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 812.910 Da / 分子数: 1 断片: Amyloid spine segment LNIYQY from CsgA (residues 45-50) secreted by E. coli 由来タイプ: 合成 / 詳細: LNIYQY from CsgA, synthesized / 由来: (合成) ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 8.88 % / 解説: Needle-like |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Reservoir contained 0.1 M HEPES pH 7.5, 20% v/v Jeffamine M-600, 10 mM of the TAIVVQ peptide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.85→13.32 Å / Num. obs: 462 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 3.506 % / Biso Wilson estimate: 23.727 Å2 / CC1/2: 0.975 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rrim(I) all: 0.225 / Χ2: 0.747 / Net I/σ(I): 3.46 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: Ideal beta-strand 解像度: 1.85→13.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 5.685 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.1959 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.196 / ESU R Free: 0.139 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 44.78 Å2 / Biso mean: 24.728 Å2 / Biso min: 19.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.85→13.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.85→1.897 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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