PDB-6g8a: Lysozyme solved by Native SAD from a dataset collected in 5 secon...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6g8a

タイトル

Lysozyme solved by Native SAD from a dataset collected in 5 seconds at 1 A wavelength with JUNGFRAU detector

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Native-SAD / JUNGFRAU / integrating detector

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.143 Å

データ登録者

Leonarski, F. / Olieric, V. / Vera, L. / Redford, S. / Wang, M.

引用

ジャーナル: Nat. Methods / 年: 2018
タイトル: Fast and accurate data collection for macromolecular crystallography using the JUNGFRAU detector.
著者: Leonarski, F. / Redford, S. / Mozzanica, A. / Lopez-Cuenca, C. / Panepucci, E. / Nass, K. / Ozerov, D. / Vera, L. / Olieric, V. / Buntschu, D. / Schneider, R. / Tinti, G. / Froejdh, E. / ...

履歴

登録	2018年4月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月24日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6g8a.cif.gz	95.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6g8a.ent.gz	72.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6g8a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g8/6g8a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6g89C 6g8bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2blx-d 1heq-d 6sim-d 4j7v-d 1lcn-1 5dla-d 6lav-d 3a94-d 1vau-d 5njr-d 2f4a-d 4ngy-d 2w1l-d 5l9j-d 1lsd-d 3sp3-d 2xth-d 6rnb-d 5uvj-d 1f10-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

C: Lysozyme C

ヘテロ分子

15.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.903, 78.903, 36.941
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-463- HOH

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.68 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 5% PEG MME 5000, 2 M NaCl, 50 mM Sodium Acetate pH 4.5, 25% 480 ethylene glycol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI JUNGFRAU 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月16日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.14→39.45 Å / Num. obs: 77341 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 15.1 % / R_rim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 41.82
反射シェル	解像度: 1.14→1.21 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.95 / Num. unique obs: 9912 / CC_1/2: 0.955 / R_rim(I) all: 0.22 / % possible all: 75.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXCD		位相決定
SHELXE		モデル構築
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.143→22.262 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 9.84

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1304	3882	5.02 %
R_work	0.1123	-	-
obs	0.1132	77332	95.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.143→22.262 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1000	0	30	175	1205

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	1074
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.38	1452
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.164	406
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.12	149
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	190

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.1426-1.1565	0.1585	82	0.1637	1599	X-RAY DIFFRACTION	58
1.1565-1.1711	0.1539	101	0.1396	1953	X-RAY DIFFRACTION	72
1.1711-1.1865	0.1398	120	0.1142	2165	X-RAY DIFFRACTION	78
1.1865-1.2028	0.1344	138	0.1068	2332	X-RAY DIFFRACTION	86
1.2028-1.22	0.1317	132	0.1001	2521	X-RAY DIFFRACTION	93
1.22-1.2382	0.1098	141	0.0963	2677	X-RAY DIFFRACTION	97
1.2382-1.2575	0.0993	148	0.0925	2734	X-RAY DIFFRACTION	99
1.2575-1.2781	0.1086	142	0.0862	2708	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2781-1.3002	0.104	141	0.084	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3002-1.3238	0.0999	147	0.0831	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3238-1.3493	0.1409	145	0.0827	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3493-1.3768	0.1143	148	0.0863	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3768-1.4067	0.12	148	0.0819	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4067-1.4395	0.1308	142	0.0827	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4395-1.4755	0.0992	145	0.0806	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4755-1.5153	0.1239	137	0.0812	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5153-1.5599	0.1084	146	0.0827	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5599-1.6103	0.0891	144	0.0817	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6103-1.6678	0.1059	143	0.0803	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6678-1.7345	0.0988	140	0.09	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7345-1.8134	0.1114	146	0.0973	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8134-1.909	0.1231	145	0.0973	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
1.909-2.0285	0.1308	140	0.1026	2773	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0285-2.185	0.1456	141	0.1039	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.185-2.4047	0.1252	142	0.1109	2733	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4047-2.7521	0.1246	142	0.1313	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7521-3.4653	0.1511	150	0.136	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4653-22.2661	0.1671	146	0.1673	2746	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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