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- PDB-6g8b: E. coli Aminopeptidase N solved by Native SAD from a dataset coll... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6g8b
タイトルE. coli Aminopeptidase N solved by Native SAD from a dataset collected in 60 second with JUNGFRAU detector
要素Aminopeptidase N
キーワードHYDROLASE / Native-SAD / JUNGFRAU / integrating detector
機能・相同性
機能・相同性情報


alanyl aminopeptidase activity / membrane alanyl aminopeptidase / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Aminopeptidase N, middle-beta domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, Ig-like fold / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / Alanyl aminopeptidase, Ig-like domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3458) Ig-like fold / Domain of unknown function (DUF3458_C) ARM repeats / Zincin-like fold ...Aminopeptidase N, middle-beta domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, Ig-like fold / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / Alanyl aminopeptidase, Ig-like domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3458) Ig-like fold / Domain of unknown function (DUF3458_C) ARM repeats / Zincin-like fold / Zincin-like - #30 / Zincin-like / tricorn interacting facor f3 domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7MF / Aminopeptidase N
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.374 Å
データ登録者Leonarski, F. / Olieric, V. / Redford, S. / Wang, M.
引用ジャーナル: Nat. Methods / 年: 2018
タイトル: Fast and accurate data collection for macromolecular crystallography using the JUNGFRAU detector.
著者: Leonarski, F. / Redford, S. / Mozzanica, A. / Lopez-Cuenca, C. / Panepucci, E. / Nass, K. / Ozerov, D. / Vera, L. / Olieric, V. / Buntschu, D. / Schneider, R. / Tinti, G. / Froejdh, E. / ...著者: Leonarski, F. / Redford, S. / Mozzanica, A. / Lopez-Cuenca, C. / Panepucci, E. / Nass, K. / Ozerov, D. / Vera, L. / Olieric, V. / Buntschu, D. / Schneider, R. / Tinti, G. / Froejdh, E. / Diederichs, K. / Bunk, O. / Schmitt, B. / Wang, M.
履歴
登録2018年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,0356
ポリマ－101,4411
非ポリマー5945
水11,115617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area580 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area34270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.109, 122.109, 172.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aminopeptidase N / Alpha-aminoacylpeptide hydrolase


分子量: 101441.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: pepN, b0932, JW0915 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04825, membrane alanyl aminopeptidase

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非ポリマー , 5種, 622分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-7MF / [(7~{S})-1-bromanyl-6,6-bis(oxidanyl)-4-phenyl-5,7,8,9-tetrahydrobenzo[7]annulen-7-yl]azanium


分子量: 349.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H19BrNO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.8M Sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 2.0667 Å
検出器タイプ: PSI JUNGFRAU 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.0667 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→49.787 Å / Num. obs: 108726 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 14.2 % / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 34.06
反射 シェル解像度: 2.37→2.52 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.07 / Num. unique obs: 12294 / CC1/2: 0.97 / Rrim(I) all: 0.18 / % possible all: 65.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.374→49.786 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2059 5420 4.99 %
Rwork0.1594 --
obs0.1617 108601 93.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.374→49.786 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6951 0 31 617 7599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038168
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5211252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0063251
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031514
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3739-2.40090.3107850.26131590X-RAY DIFFRACTION44
2.4009-2.42910.31031230.23362311X-RAY DIFFRACTION62
2.4291-2.45880.23521310.20932530X-RAY DIFFRACTION69
2.4588-2.48990.28211370.18652716X-RAY DIFFRACTION73
2.4899-2.52270.23041580.17192954X-RAY DIFFRACTION81
2.5227-2.55720.22281710.17643268X-RAY DIFFRACTION89
2.5572-2.59370.26141880.16633554X-RAY DIFFRACTION96
2.5937-2.63250.23371860.16573615X-RAY DIFFRACTION99
2.6325-2.67360.21731970.1673683X-RAY DIFFRACTION100
2.6736-2.71740.22781960.16443691X-RAY DIFFRACTION100
2.7174-2.76430.231930.17073607X-RAY DIFFRACTION100
2.7643-2.81450.22871930.16453692X-RAY DIFFRACTION100
2.8145-2.86870.2511860.16253618X-RAY DIFFRACTION100
2.8687-2.92720.23561960.16023711X-RAY DIFFRACTION100
2.9272-2.99090.20211980.15293656X-RAY DIFFRACTION100
2.9909-3.06040.2381880.16193658X-RAY DIFFRACTION100
3.0604-3.13690.22891930.17313688X-RAY DIFFRACTION100
3.1369-3.22170.21631910.16433638X-RAY DIFFRACTION100
3.2217-3.31650.20911880.16473669X-RAY DIFFRACTION100
3.3165-3.42350.22571930.16783687X-RAY DIFFRACTION100
3.4235-3.54590.17871940.16543670X-RAY DIFFRACTION100
3.5459-3.68780.21211930.15053706X-RAY DIFFRACTION100
3.6878-3.85560.19931900.14363620X-RAY DIFFRACTION100
3.8556-4.05880.15831960.12613689X-RAY DIFFRACTION100
4.0588-4.31290.16321920.11653661X-RAY DIFFRACTION100
4.3129-4.64570.1351910.10853646X-RAY DIFFRACTION100
4.6457-5.11280.13831940.11863671X-RAY DIFFRACTION100
5.1128-5.85160.19451970.16053685X-RAY DIFFRACTION100
5.8516-7.36860.21111900.20473636X-RAY DIFFRACTION99
7.3686-49.79730.22511920.21743661X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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