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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6g67 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a parallel eight-helix coiled coil CC-Type2-II | |||||||||
要素 | CC-Type2-II | |||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / de novo / coiled coil / alpha-helical bundle / synthetic construct | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å | |||||||||
データ登録者 | Rhys, G.G. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N. | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018 タイトル: Maintaining and breaking symmetry in homomeric coiled-coil assemblies. 著者: Rhys, G.G. / Wood, C.W. / Lang, E.J.M. / Mulholland, A.J. / Brady, R.L. / Thomson, A.R. / Woolfson, D.N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6g67.cif.gz | 23.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6g67.ent.gz | 17.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6g67.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6g67_validation.pdf.gz | 431.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6g67_full_validation.pdf.gz | 431.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6g67_validation.xml.gz | 5.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6g67_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g67 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/6g67 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3234.871 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: solid-phase peptide synthesis using the fmoc-based strategy 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #2: 化合物 | ChemComp-GOL / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 % / Mosaicity: 0.26 ° |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100 mM Sodium citrate tribasic dihydrate, 50 mM Sodium cacodylate and 15% v/v 2-Propanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97949 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月18日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97949 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.77→63.48 Å / Num. obs: 7676 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 27.49 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.092 / Net I/σ(I): 17.9 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.77→44.988 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.45
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 71.65 Å2 / Biso mean: 30.7111 Å2 / Biso min: 13.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.77→44.988 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3 / % reflection obs: 100 %
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