[日本語] English
万見
- PDB-6fxa: Dimerization domain of TP901-1 CI repressor -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fxa
タイトルDimerization domain of TP901-1 CI repressor
要素CI
キーワードVIRAL PROTEIN / CI repressor / dimerization domain / helical hook / TRANSCRIPTION
機能・相同性latency-replication decision / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / DNA binding / CI
機能・相同性情報
生物種Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Varming, A.K. / Rasmussen, K.K. / Lo Leggio, L.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research4002-00107 デンマーク
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of the bacteriophage TP901-1 CI repressor dimerization and interaction with DNA.
著者: Rasmussen, K.K. / Varming, A.K. / Schmidt, S.N. / Frandsen, K.E.H. / Thulstrup, P.W. / Jensen, M.R. / Lo Leggio, L.
履歴
登録2018年3月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CI
B: CI
C: CI
D: CI
E: CI
F: CI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2539
ポリマ－24,9646
非ポリマー2883
水3,891216
1
A: CI
B: CI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,5144
ポリマ－8,3212
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2690 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area4590 Å2
手法PISA
2
C: CI
D: CI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4183
ポリマ－8,3212
非ポリマー961
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area4530 Å2
手法PISA
3
E: CI
F: CI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3212
ポリマ－8,3212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area4480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.840, 42.560, 101.160
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド
CI


分子量: 4160.738 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Lactococcus phage TP901-1 (ファージ) / 参照: UniProt: O48503
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M sodium acetate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月29日
放射モノクロメーター: SI-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40.225 Å / Num. obs: 31189 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.95 % / Biso Wilson estimate: 10.42 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Rrim(I) all: 0.183 / Χ2: 0.852 / Net I/σ(I): 15.22
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.5-1.5411.2890.7912.7422260.7420.82898.7
1.54-1.5811.9220.773.0122350.7680.805100
1.58-1.6311.9860.7243.3621410.8260.756100
1.63-1.6811.4850.6783.6320920.8560.71100
1.68-1.7311.8690.6134.2620160.9020.641100
1.73-1.7912.4070.5475.0419740.9440.571100
1.79-1.8612.1690.4566.1819050.9630.477100
1.86-1.9411.7470.3528.1418360.9780.36999.9
1.94-2.0211.2680.27610.4117490.9860.289100
2.02-2.1211.5770.21213.8117050.9920.222100
2.12-2.2312.0540.17617.415980.9940.184100
2.23-2.3712.070.16320.1215450.9970.171100
2.37-2.5312.2280.17121.8914300.9950.179100
2.53-2.7412.8360.14926.2613500.9970.156100
2.74-313.270.12432.1112430.9980.129100
3-3.3512.8260.136.8311410.9990.104100
3.35-3.8711.8170.06947.9410190.9990.072100
3.87-4.7412.1620.05357.9287210.05699.9
4.74-6.711.4750.07343.36820.9990.07799.6
6.7-40.22510.0090.04255.0943010.04499.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.63 Å43.84 Å
Translation2.63 Å43.84 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.7.16位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→40.225 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2001 1494 4.8 %
Rwork0.1455 --
obs0.1481 31119 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.13 Å2 / Biso mean: 18.0993 Å2 / Biso min: 2.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→40.225 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1731 0 15 216 1962
Biso mean--45.79 28.12 -
残基数----209
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.499-1.54740.20641020.16062649275199
1.5474-1.60270.23641330.154326452778100
1.6027-1.66690.25781450.167326482793100
1.6669-1.74280.22561560.169426502806100
1.7428-1.83470.23151260.150526632789100
1.8347-1.94960.22191310.142626702801100
1.9496-2.10010.20991050.143927052810100
2.1001-2.31140.19011640.121226792843100
2.3114-2.64590.20171370.131227152852100
2.6459-3.33330.16841400.145427392879100
3.3333-40.23950.18121550.15328623017100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る