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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6fup | ||||||
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タイトル | F11 T-Cell Receptor Recognising PKYVKQNTLKLAT Peptide Presented by HLA-DR*0101 | ||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / T Cell Receptor / Human Leukocyte Antigen / Influenza Epitope / Haemagglutinin / 3D Structure | ||||||
機能・相同性 | Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rizkallah, P.J. / Cole, D.K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: In Silicoand Structural Analyses Demonstrate That Intrinsic Protein Motions Guide T Cell Receptor Complementarity Determining Region Loop Flexibility. 著者: Holland, C.J. / MacLachlan, B.J. / Bianchi, V. / Hesketh, S.J. / Morgan, R. / Vickery, O. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Godkin, A. / Sewell, A.K. / Rizkallah, P.J. / Wells, S. / Cole, D.K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 203.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 162.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6eh4C ![]() 6eh5C ![]() 6eh6SC ![]() 6eh7C ![]() 6eh8C ![]() 6eh9C ![]() 6fr3C ![]() 6fr4C ![]() 6fr5C ![]() 6fr6C ![]() 6fr7C ![]() 6fr8C ![]() 6fr9C ![]() 6fraC ![]() 6frbC ![]() 6frcC ![]() 6fumC ![]() 6funC ![]() 6fuoC ![]() 6fuqC ![]() 6furC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 22438.043 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 27208.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 5種, 300分子 ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.95 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PACT Premier E08: 0.2 M Na SO4, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.92 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.72→46.41 Å / Num. obs: 53476 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rrim(I) all: 0.045 / Net I/σ(I): 23.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.72→1.77 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.741 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3936 / CC1/2: 0.814 / Rrim(I) all: 0.802 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6EH6 解像度: 1.72→46.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 4.681 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.454 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.72→46.41 Å
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拘束条件 |
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