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万見
- PDB-6c61: MHC-independent T-cell receptor B12A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6c61
タイトルMHC-independent T-cell receptor B12A
要素
  • T-cell receptor alpha chain
  • T-cell receptor beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC-independent t cell receptor
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Lu, J. / Sun, P.
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2020
タイトル: Structure of MHC-Independent TCRs and Their Recognition of Native Antigen CD155.
著者: Lu, J. / Van Laethem, F. / Saba, I. / Chu, J. / Tikhonova, A.N. / Bhattacharya, A. / Singer, A. / Sun, P.D.
履歴
登録2018年1月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell receptor alpha chain
B: T-cell receptor beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,4122
ポリマ－50,4122
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)128.023, 43.630, 98.373
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 125.85, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 T-cell receptor alpha chain


分子量: 22731.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 T-cell receptor beta chain


分子量: 27681.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 25% PEG 4000, 0.1M sodium acetate, pH4.6, and 0.2M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→40 Å / Num. obs: 16078 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 59.44 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.43→2.47 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Num. unique obs: 603 / % possible all: 74.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.8.0精密化
SCALEITデータ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.43→39.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9017 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2493 941 5.87 %RANDOM
Rwork0.2025 ---
obs0.2053 16026 95 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.708 Å20 Å22.4423 Å2
2---14.3854 Å20 Å2
3----2.3226 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.328 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.43→39.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3520 0 0 48 3568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013610HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.264910HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1220SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes105HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes516HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3610HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.29
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.3
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion470SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3939SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.42→2.59 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3152 135 5.95 %
Rwork0.2339 2134 -
all0.2387 2269 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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