PDB-6eh8: HA1.7 Human T-Cell Receptor specific for Influenza virus epitope ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6eh8

タイトル

HA1.7 Human T-Cell Receptor specific for Influenza virus epitope PKYVKQNTLKLAT presented by Human Leukocyte Antigen HLA-DR0101

要素

Human T Cell Receptor Alpha Chain
Human T Cell Receptor Beta Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Human T Cell Receptor / Human Leukocute Antigen / Influenza Haemagglutinin epitope / 3D structure

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Rizkallah, P.J. / Cole, D.K.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2018
タイトル: In Silicoand Structural Analyses Demonstrate That Intrinsic Protein Motions Guide T Cell Receptor Complementarity Determining Region Loop Flexibility.
著者: Holland, C.J. / MacLachlan, B.J. / Bianchi, V. / Hesketh, S.J. / Morgan, R. / Vickery, O. / Bulek, A.M. / Fuller, A. / Godkin, A. / Sewell, A.K. / Rizkallah, P.J. / Wells, S. / Cole, D.K.

履歴

登録	2017年9月12日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月9日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6eh8.cif.gz	192.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6eh8.ent.gz	153.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6eh8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6eh8_validation.pdf.gz	434.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6eh8_full_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示
XML形式データ	6eh8_validation.xml.gz	18 KB	表示
CIF形式データ	6eh8_validation.cif.gz	24 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/6eh8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/6eh8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6eh4C 6eh5C 6eh6C 6eh7C 6eh9C 6fr3C 6fr4C 6fr5C 6fr6C 6fr7C 6fr8C 6fr9C 6fraC 6frbC 6frcC 6fumC 6funC 6fuoC 6fupC 6fuqC 6furC 4gkzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6eh7-d 6fr8-d 6fun-d 6fr7-d 2eyr-d 6eh6-d 6fr6-d 2eyt-1 4zdh-d 6fum-d 5d5m-4 6fr9-d 4jfh-d 3vxt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Human T Cell Receptor Alpha Chain

B: Human T Cell Receptor Beta Chain

49.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.210, 49.500, 72.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.660, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Human T Cell Receptor Alpha Chain 分子量: 22231.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質	Human T Cell Receptor Beta Chain 分子量: 27534.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 4K, 15% Glycerol, 100mM MES pH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04-1 / 波長: 0.917 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年2月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.917 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.51→52.084 Å / Num. obs: 16674 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.8 % / R_pim(I) all: 0.073 / R_rim(I) all: 0.147 / R_sym value: 0.116 / Net I/av σ(I): 4.7 / Net I/σ(I): 12.4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
2.51-2.58	3.9	1.388	0.4	0.834	1.706	1.388	97.9
2.58-2.65	3.9	1.081	0.5	0.651	1.324	1.081	97.8
2.65-2.72	3.8	0.934	0.5	0.572	1.156	0.934	98.3
2.72-2.81	3.6	0.803	0.7	0.513	1.002	0.803	97.7
2.81-2.9	3.6	0.597	0.9	0.388	0.763	0.597	97.3
2.9-3	4	0.451	1.2	0.265	0.551	0.451	99.2
3-3.11	3.9	0.33	1.6	0.197	0.406	0.33	98.9
3.11-3.24	3.9	0.258	2.1	0.156	0.321	0.258	99.3
3.24-3.38	3.9	0.183	3	0.109	0.226	0.183	98.6
3.38-3.55	3.8	0.138	4	0.086	0.173	0.138	99.2
3.55-3.74	3.8	0.11	5.1	0.069	0.14	0.11	98.1
3.74-3.97	3.6	0.09	6.3	0.059	0.116	0.09	97.6
3.97-4.24	3.4	0.06	10.1	0.042	0.079	0.06	95.9
4.24-4.58	3.9	0.047	12.6	0.03	0.062	0.047	99
4.58-5.02	3.9	0.045	13.3	0.029	0.059	0.045	98.8
5.02-5.61	3.9	0.048	12.9	0.03	0.062	0.048	99.2
5.61-6.48	3.7	0.053	11.6	0.033	0.067	0.053	99
6.48-7.94	3.5	0.041	15.4	0.028	0.054	0.041	96.3
7.94-11.23	3.6	0.031	20.6	0.022	0.042	0.031	97.3
11.23-52.084	3.6	0.03	20.7	0.021	0.04	0.03	97.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0032	精密化
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
xia2		データ削減
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GKZ

4gkz

解像度: 2.51→52.08 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 32.303 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.861 / ESU R Free: 0.362
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2959	837	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2228	-	-	-
obs	0.2266	15735	97.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.98 Å² / B_iso mean: 63.314 Å² / B_iso min: 24.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.7 Å²	0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	3.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.51→52.08 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3497	0	0	25	3522
B_iso mean	-	-	-	51.6	-
残基数	-	-	-	-	442

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	3609
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.552	1.941	4903
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.814	3.003	7618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.665	5	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.424	24.235	170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.964	15	596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.389	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	4116
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	861

LS精密化シェル

解像度: 2.51→2.575 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.458	50	-
R_work	0.307	1102	-
all	-	1152	-
obs	-	-	94.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1026	-0.2738	-0.208	4.1408	1.0074	11.4954	-0.1284	0.1114	0.1128	0.181	0.0064	0.0881	-0.2843	-0.2905	0.122	0.2146	-0.003	0.0104	0.0134	0.0043	0.3598	-8.1051	5.8921	107.3553
2	12.8246	-1.3135	-1.3778	6.8348	-0.1061	5.8709	0.0062	0.2582	-0.7601	-0.3442	-0.0398	-0.4531	0.7001	0.7239	0.0336	0.6783	-0.0765	0.0077	0.7353	0.0032	0.2154	12.4322	3.9775	78.7655
3	4.512	-2.2096	-1.1141	3.4742	1.5132	6.1548	-0.3228	-0.2526	0.0783	0.1527	0.3553	-0.3046	-0.1402	1.8179	-0.0325	0.3137	-0.0725	-0.0312	0.644	0.0486	0.2466	12.1279	10.2441	119.3047
4	2.9049	-0.1223	1.6475	1.3754	-0.3967	4.8991	-0.1219	-0.2199	0.1687	-0.2789	0.0376	-0.255	-0.0387	0.7154	0.0843	0.4313	-0.1993	0.0452	0.918	-0.0115	0.3047	19.6126	14.3355	89.5051

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 117
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	118 - 203
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 117
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	118 - 246

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関連情報:EMDBヘッダ

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