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- PDB-6ftu: Structure of a Quadruplex forming sequence from D. discoideum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ftu
タイトルStructure of a Quadruplex forming sequence from D. discoideum
要素DNA (26-MER)
キーワードDNA / Quadruplex / four quartets
機能・相同性: / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Guedin, A. / Linda, L. / Armane, S. / Lacroix, L. / Mergny, J.L. / Thore, S. / Yatsunyk, L.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health1R15CA208676-01A1 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Quadruplexes in 'Dicty': crystal structure of a four-quartet G-quadruplex formed by G-rich motif found in the Dictyostelium discoideum genome.
著者: Guedin, A. / Lin, L.Y. / Armane, S. / Lacroix, L. / Mergny, J.L. / Thore, S. / Yatsunyk, L.A.
履歴
登録2018年2月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月25日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type
改定 1.42018年6月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52019年8月14日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.62024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (26-MER)
B: DNA (26-MER)
C: DNA (26-MER)
D: DNA (26-MER)
E: DNA (26-MER)
F: DNA (26-MER)
Z: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,95128
ポリマ－58,1307
非ポリマー82121
水00
1
A: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4224
ポリマ－8,3041
非ポリマー1173
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4224
ポリマ－8,3041
非ポリマー1173
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4224
ポリマ－8,3041
非ポリマー1173
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4224
ポリマ－8,3041
非ポリマー1173
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4224
ポリマ－8,3041
非ポリマー1173
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4224
ポリマ－8,3041
非ポリマー1173
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
Z: DNA (26-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4224
ポリマ－8,3041
非ポリマー1173
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.060, 135.750, 55.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.58, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14A
24E
15A
25F
16A
26Z
17B
27C
18B
28D
19B
29E
110B
210F
111B
211Z
112C
212D
113C
213E
114C
214F
115C
215Z
116D
216E
117D
217F
118D
218Z
119E
219F
120E
220Z
121F
221Z

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: DG / Beg label comp-ID: DG / End auth comp-ID: DG / End label comp-ID: DG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 26 / Label seq-ID: 1 - 26

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14AA
24EE
15AA
25FF
16AA
26ZG
17BB
27CC
18BB
28DD
19BB
29EE
110BB
210FF
111BB
211ZG
112CC
212DD
113CC
213EE
114CC
214FF
115CC
215ZG
116DD
216EE
117DD
217FF
118DD
218ZG
119EE
219FF
120EE
220ZG
121FF
221ZG

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (26-MER)


分子量: 8304.325 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
#2: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: NaCl, MgCl2, sodium cacodylate pH 6.0, 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD), spermine tetrahydrochloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→67.88 Å / Num. obs: 10099 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / Rrim(I) all: 0.058 / Net I/σ(I): 17.07
反射 シェル解像度: 2.95→3.05 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.579 / Num. unique obs: 742 / Rrim(I) all: 0.579 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1JRN

1jrn


解像度: 2.95→67.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 23.077 / SU ML: 0.429 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.537 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28705 1108 9.9 %RANDOM
Rwork0.21775 ---
obs0.22454 10040 99.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 83.096 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20 Å20.48 Å2
2--0.4 Å2-0 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.95→67.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3735 21 0 3756
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.014225
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2551.136544
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2525
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.022006
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1758.2834221
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.72278.43521451
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A5400.2
12B5400.2
21A5840.18
22C5840.18
31A5040.22
32D5040.22
41A5680.19
42E5680.19
51A5840.14
52F5840.14
61A4760.22
62Z4760.22
71B5380.19
72C5380.19
81B4820.19
82D4820.19
91B5260.19
92E5260.19
101B5460.18
102F5460.18
111B4440.22
112Z4440.22
121C5020.2
122D5020.2
131C5600.2
132E5600.2
141C5840.16
142F5840.16
151C4740.22
152Z4740.22
161D4920.22
162E4920.22
171D5080.21
172F5080.21
181D4340.23
182Z4340.23
191E5720.16
192F5720.16
201E4840.21
202Z4840.21
211F4880.22
212Z4880.22
LS精密化 シェル解像度: 2.95→3.027 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.616 78 -
Rwork0.611 737 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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