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- PDB-6ftf: Regulatory subunit of a cAMP-independent protein kinase A from Tr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ftf
タイトルRegulatory subunit of a cAMP-independent protein kinase A from Trypanosoma cruzi at 1.09 A resolution
要素Protein kinase A regulatory subunit, putative
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein kinase A / regulatory subunit / cell signalling
機能・相同性
機能・相同性情報


Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
7-cyano-7-deazainosine / Protein kinase A regulatory subunit, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.09151939067 Å
データ登録者Volpato Santos, Y. / Lorentzen, E. / Basquin, J. / Boshart, M.
資金援助 ブラジル, ドイツ, 2件
組織認可番号国
CNPq/CsF ブラジル
German Research FoundationBo1100/7-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Nucleoside analogue activators of cyclic AMP-independent protein kinase A of Trypanosoma.
著者: Bachmaier, S. / Volpato Santos, Y. / Kramer, S. / Githure, G.B. / Klockner, T. / Pepperl, J. / Baums, C. / Schenk, R. / Schwede, F. / Genieser, H.G. / Dupuy, J.W. / Forne, I. / Imhof, A. / ...著者: Bachmaier, S. / Volpato Santos, Y. / Kramer, S. / Githure, G.B. / Klockner, T. / Pepperl, J. / Baums, C. / Schenk, R. / Schwede, F. / Genieser, H.G. / Dupuy, J.W. / Forne, I. / Imhof, A. / Basquin, J. / Lorentzen, E. / Boshart, M.
履歴
登録2018年2月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein kinase A regulatory subunit, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2476
ポリマ－34,4761
非ポリマー7715
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, It was confirmed by SEC that this truncation of the protein is a monomer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area520 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area14350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.846, 89.066, 45.634
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.182, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Protein kinase A regulatory subunit, putative


分子量: 34476.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (strain CL Brener) (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053506227.150
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q4DSV5
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-7CI / 7-cyano-7-deazainosine / ジャスパミシン


分子量: 292.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C12H12N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.82 %
解説: Most of the crystals grew in plates that poorly diffracted to 3 Angstrons , nevertheless after searching in many drops we could find more tridimensional crystals that diffracted up to 1 Angstrom
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Elution buffer (Size Exclusion): 50 mM Hepes pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DMSO Crystallization buffer: 17% PEG 6.000, 0.2 M calcium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.09→40.4 Å / Num. obs: 215190 / % possible obs: 81.3 % / 冗長度: 3.48 % / Biso Wilson estimate: 10.9897840654 Å2 / Net I/σ(I): 11.28
反射 シェル解像度: 1.092→1.131 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FLO

6flo


解像度: 1.09151939067→40.4 Å / SU ML: 0.0898747422135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 17.5736458365
詳細: The data are >97% complete to 1.4A resolution. The low over all completeness is due to 68% completeness in the highest resolution shell (1.4-1.1A resolution
Rfactor反射数%反射
Rfree0.159859886456 2000 1.82999359502 %
Rwork0.150397880586 --
obs0.150566354651 109290 81.8455501303 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.3294899896 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.09151939067→40.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2296 0 54 480 2830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009140978670112521
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.053286606833440
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.374613677346389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067036751346440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4064454927930
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.0915-1.11880.294345463749620.2738429228823314X-RAY DIFFRACTION35.6306068602
1.1188-1.14910.268070864482810.2437587136864339X-RAY DIFFRACTION46.3993281545
1.1491-1.18290.2229165793281130.2227571987256070X-RAY DIFFRACTION65.1184834123
1.1829-1.22110.2148467727321330.2130380217837144X-RAY DIFFRACTION76.4471057884
1.2211-1.26470.1984581387211400.1990259414277541X-RAY DIFFRACTION80.6065694197
1.2647-1.31540.193293004521460.1885886840797825X-RAY DIFFRACTION83.5359463425
1.3154-1.37520.1952498487651540.1812887785158230X-RAY DIFFRACTION88.1227664494
1.3752-1.44770.1824482853021570.1667889903558463X-RAY DIFFRACTION90.6795707974
1.4477-1.53840.1675153560221630.1519084744988712X-RAY DIFFRACTION93.0976607574
1.5384-1.65720.1553672205471660.1420582358818900X-RAY DIFFRACTION95.1711106446
1.6572-1.8240.1362982988161680.1413450758369054X-RAY DIFFRACTION96.3133159269
1.824-2.08790.1545323774271700.1360710780139109X-RAY DIFFRACTION97.1216244505
2.0879-2.63050.1446486457031720.1373096486379200X-RAY DIFFRACTION97.9924717691
2.6305-44.57010.1470788227081750.1382080708799389X-RAY DIFFRACTION98.9959631508
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -38.1723037237 Å / Origin y: 86.9790978427 Å / Origin z: 63.5542836084 Å
111213212223313233
T0.0704159678563 Å20.00283531016019 Å2-0.00215399651564 Å2-0.0628207465125 Å2-0.0069517337931 Å2--0.0567405539019 Å2
L0.338124862915 °20.0922346736372 °2-0.0281506369245 °2-0.400602047252 °2-0.251081397043 °2--0.242901152708 °2
S0.0031115017437 Å °0.0108923862725 Å °0.003053850139 Å °0.0112768471593 Å °0.0307312010139 Å °0.0187090548114 Å °0.0123477432194 Å °-0.0110298923265 Å °0.029872760259 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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