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万見
- PDB-6ftb: Staphylococcus aureus monofunctional glycosyltransferase in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ftb
タイトルStaphylococcus aureus monofunctional glycosyltransferase in complex with moenomycin
要素Monofunctional glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / TRANSGLYCOSYLASE / PEPTIDOGLYCAN / MONOFUNCTIONAL / MOENOMYCIN / INHIBITOR / MEMBRANE / CELL SHAPE / CELL WALL BIOSYNTHESIS / GLYCOSYLTRANSFERASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / ANTIBIOTICS
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Monofunctional glycosyl transferase / Penicillin binding protein transpeptidase fold / Biosynthetic peptidoglycan transglycosylase-like / Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R)-2,3-dihydroxypropyl dodecanoate / MOENOMYCIN / PHOSPHATE ION / Monofunctional glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus MW2 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Punekar, A.S. / Dowson, C.J. / Roper, D.I.
引用
ジャーナル: Cell Surf / 年: 2018
タイトル: The role of the jaw subdomain of peptidoglycan glycosyltransferases for lipid II polymerization.
著者: Punekar, A.S. / Samsudin, F. / Lloyd, A.J. / Dowson, C.G. / Scott, D.J. / Khalid, S. / Roper, D.I.
#1: ジャーナル: J Struct Biol. / 年: 2009
タイトル: Characterization of the active site of S. aureus monofunctional glycosyltransferase (Mtg) by site-directed mutation and structural analysis of the protein complexed with moenomycin.
著者: Heaslet, H. / Shaw, B. / Mistry, A. / Miller, A.A.
履歴
登録2018年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Monofunctional glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,09315
ポリマ－24,3901
非ポリマー5,70314
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint18 kcal/mol
Surface area11190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.422, 114.422, 128.844
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

M0E

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Monofunctional glycosyltransferase / MGT / Peptidoglycan TGase


分子量: 24389.998 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus MW2 (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: mgt, MW1814 / プラスミド: PPW2-SA0933(2)-N3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): TolC- / 参照: UniProt: Q7A0I6, peptidoglycan glycosyltransferase

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非ポリマー , 5種, 171分子

#2: 化合物 ChemComp-M0E / MOENOMYCIN / MOENOMYCIN


分子量: 1580.567 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H106N5O34P / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-1QW / (2R)-2,3-dihydroxypropyl dodecanoate / 1-Lauroyl-rac-glycerol / (-)-1-モノラウリン


分子量: 274.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.23 % / 解説: HEXAGONAL PLATE CRYSTALS APPEARED WITHIN 1 WEEK.
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: SA MGT E100Q (10 MG/ML) WAS MIXED WITH 1MM MOENOMYCIN AND 1MM MNCL2 AND INCUBATED ON ICE FOR ~3 HOURS. PRECIPITATED MATERIAL WAS REMOVED BY CENTRIFUGATION AT 16, 000XG FOR 5 MINUTES. THE ...詳細: SA MGT E100Q (10 MG/ML) WAS MIXED WITH 1MM MOENOMYCIN AND 1MM MNCL2 AND INCUBATED ON ICE FOR ~3 HOURS. PRECIPITATED MATERIAL WAS REMOVED BY CENTRIFUGATION AT 16, 000XG FOR 5 MINUTES. THE MOENOMYCIN COMPLEX WAS CRYSTALLIZED BY HANGING DROP VAPOR DIFFUSION, MIXING THE PROTEIN 1:1 WITH A RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 0.1M NA ACETATE PH 4.6, 0.2M NACL, 30% MPD AT 295 K.
PH範囲: 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月12日 / 詳細: RIGAKU VARIMAX HF OPTICS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→23.12 Å / Num. obs: 45531 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 37.46 Å2 / Rsym value: 0.173 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.381 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.7.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HZS

3hzs


解像度: 2.1→23.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.193 / SU Rfree Blow DPI: 0.168 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.165
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.237 963 5.05 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.199 19082 99.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9141 Å20 Å20 Å2
2--0.9141 Å20 Å2
3----1.8282 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→23.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1713 0 216 158 2087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011979HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.062676HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d754SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes63HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes290HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1979HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.11
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.19
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion266SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2648SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 142 5.15 %
Rwork0.221 2616 -
all0.223 2758 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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