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- PDB-6frj: Crystal structure of scFv-SM3 in complex with APD-SeThrGalNAc-RP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6frj
タイトルCrystal structure of scFv-SM3 in complex with APD-SeThrGalNAc-RP
要素
  • APD-SeThr-RP
  • scFv-SM3
キーワードIMMUNE SYSTEM / Glycopeptides / antibodies / molecular recognition / conformation analysis
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Companon, I. / Castro-Lopez, J. / Escudero-Casao, M. / Avenoza, A. / Busto, J.H. / Castillon, S. / Jimenez-Barbero, J. / Bernardes, G.J. / Boutureira, O. / Jimenez-Oses, G. ...Companon, I. / Castro-Lopez, J. / Escudero-Casao, M. / Avenoza, A. / Busto, J.H. / Castillon, S. / Jimenez-Barbero, J. / Bernardes, G.J. / Boutureira, O. / Jimenez-Oses, G. / Asensio, J.L. / Peregrina, J.M. / Hurtado-Guerrero, R. / Corzana, F.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
MICINNCTQ2013-44367-C2-2-P スペイン
MICINNBFU2016-75633-P スペイン
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2019
タイトル: Structure-Based Design of Potent Tumor-Associated Antigens: Modulation of Peptide Presentation by Single-Atom O/S or O/Se Substitutions at the Glycosidic Linkage.
著者: Companon, I. / Guerreiro, A. / Mangini, V. / Castro-Lopez, J. / Escudero-Casao, M. / Avenoza, A. / Busto, J.H. / Castillon, S. / Jimenez-Barbero, J. / Asensio, J.L. / Jimenez-Oses, G. / ...著者: Companon, I. / Guerreiro, A. / Mangini, V. / Castro-Lopez, J. / Escudero-Casao, M. / Avenoza, A. / Busto, J.H. / Castillon, S. / Jimenez-Barbero, J. / Asensio, J.L. / Jimenez-Oses, G. / Boutureira, O. / Peregrina, J.M. / Hurtado-Guerrero, R. / Fiammengo, R. / Bernardes, G.J.L. / Corzana, F.
履歴
登録2018年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年2月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月6日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: scFv-SM3
B: APD-SeThr-RP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9457
ポリマ－26,4762
非ポリマー4695
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, The molecule is monomeric.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1960 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.353, 68.612, 90.609
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: 抗体 scFv-SM3


分子量: 25758.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Although this structure is a ScFv, please follow the same numbering as shown in PDB entry 5OWP.
由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類)
#2: タンパク質・ペプチド APD-SeThr-RP


分子量: 717.677 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 糖 ChemComp-A2G / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose / N-acetyl-alpha-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-2-DEOXY-2-AMINO-GALACTOSE / α-GalNAc


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGalpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-galactopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GalpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.34 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350 disodium hydrogen phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→54.7 Å / Num. obs: 41360 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC1/2: 0.892 / Rpim(I) all: 0.327 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SM3

1sm3


解像度: 1.4→54.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.345 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22968 1617 3.9 %RANDOM
Rwork0.2048 ---
obs0.20578 39679 93.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 24.356 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.25 Å20 Å20 Å2
2--1.65 Å20 Å2
3----1.9 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.4→54.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1780 0 16 163 1959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.021838
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3551.9592496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1053.0153773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.35225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.24524.13375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.08715269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.867158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02389
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0672.282906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0672.281904
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8563.4171126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.8553.4171126
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2832.571932
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2832.571932
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1213.7651370
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.15127.6191980
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.1527.6561981
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 125 -
Rwork0.301 3076 -
obs--99.88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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