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- PDB-6fqq: Crystal structure of TALE homeobox domain transcription factor TG... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fqq
タイトルCrystal structure of TALE homeobox domain transcription factor TGIF1 double alanine mutant bound to its consensus DNA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
  • Homeobox protein TGIF1
キーワードTRANSCRIPTION / homeobox / three-amino acid loop extension / TGF-beta pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of amacrine cell differentiation / regulation of gastrulation / amacrine cell differentiation / nodal signaling pathway / co-SMAD binding / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription ...positive regulation of amacrine cell differentiation / regulation of gastrulation / amacrine cell differentiation / nodal signaling pathway / co-SMAD binding / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / dorsal/ventral pattern formation / determination of left/right symmetry / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / neural tube closure / cellular response to growth factor stimulus / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of fibroblast proliferation / sequence-specific double-stranded DNA binding / fibroblast proliferation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of cell population proliferation / negative regulation of gene expression / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Homeobox KN domain / Homeobox KN domain / 'Homeobox' domain profile. / Homeodomain / Homeobox domain / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Homeobox protein TGIF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.25000253887 Å
データ登録者Guca, E. / Macias, M.J.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2014-53787P スペイン
COFUND Marie Sklodowska CurieIRBPostPro2.0 600404 スペイン
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: TGIF1 homeodomain interacts with Smad MH1 domain and represses TGF-beta signaling.
著者: Guca, E. / Sunol, D. / Ruiz, L. / Konkol, A. / Cordero, J. / Torner, C. / Aragon, E. / Martin-Malpartida, P. / Riera, A. / Macias, M.J.
履歴
登録2018年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月29日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年10月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homeobox protein TGIF1
L: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
M: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
B: Homeobox protein TGIF1
G: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
H: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
D: Homeobox protein TGIF1
E: Homeobox protein TGIF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,9109
ポリマ－52,8758
非ポリマー351
水57632
1
A: Homeobox protein TGIF1
L: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
M: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
B: Homeobox protein TGIF1
D: Homeobox protein TGIF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7946
ポリマ－34,7595
非ポリマー351
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area11540 Å2
手法PISA
2
G: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
H: DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')
E: Homeobox protein TGIF1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1163
ポリマ－18,1163
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area11670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.058, 93.016, 100.711
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22
32
42

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLYSLYS(chain 'A' and (resid 170 through 176 or (resid 177...AA170 - 22912 - 71
21ASNASNLYSLYS(chain 'B' and (resid 170 through 172 or (resid 173...BD170 - 22912 - 71
31ASNASNLYSLYS(chain 'D' and (resid 170 through 172 or (resid 173...DG170 - 22912 - 71
41ASNASNLYSLYS(chain 'E' and (resid 170 through 172 or (resid 173...EH170 - 22912 - 71
12DADADTDTchain 'G'GE1 - 161 - 16
22DADADTDTchain 'H'HF1 - 161 - 16
32DADADTDTchain 'L'LB1 - 161 - 16
42DADADTDTchain 'M'MC1 - 161 - 16

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Homeobox protein TGIF1 / 5'-TG-3'-interacting factor 1


分子量: 8321.522 Da / 分子数: 4 / 変異: R167A R168A / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-terminal 'GP' sequence comes from the purification tag the protein construct corresponds to a double mutant: R167A/R168A
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TGIF1, TGIF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15583
#2: DNA鎖
DNA (5'-D(P*AP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 4897.204 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M L-Proline, 0.1M HEPES pH 7.5, 24% v/v PEG 1,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.25→45.11 Å / Num. obs: 9236 / % possible obs: 99.01 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 75.2518542619 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 3.25→3.36 Å / Rmerge(I) obs: 0.288

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FQP

6fqp


解像度: 3.25000253887→45.1103050601 Å / SU ML: 0.380460958511 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.311475378067 / 位相誤差: 29.2330837403
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27291093312 435 4.70983109571 %
Rwork0.215170778982 8801 -
obs0.217663827964 9236 99.0137221269 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.5957979986 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.25000253887→45.1103050601 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1979 1312 1 32 3324
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01157669012043494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.297856215995009
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0718785812007562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00807836936075410
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.95966281181855
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.25-3.72010.2857752899041340.2263232487122842X-RAY DIFFRACTION98.0560131796
3.7201-4.68610.2890666914631410.2332835230612922X-RAY DIFFRACTION99.4480519481
4.6861-45.11460.2582194880021600.1998273794373037X-RAY DIFFRACTION99.5020230314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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