PDB-6wus: Crystal structure of PRL-1 phosphatase C104D mutant in complex wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6wus

タイトル

Crystal structure of PRL-1 phosphatase C104D mutant in complex with the Bateman domain of CNNM2 magnesium transporter

要素

Metal transporter CNNM2
Protein tyrosine phosphatase type IVA 1

キーワード

METAL TRANSPORT/HYDROLASE / phosphatase / magnesium transporter / protein binding / METAL TRANSPORT / METAL TRANSPORT-HYDROLASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

magnesium ion transport / magnesium ion homeostasis / magnesium ion transmembrane transporter activity / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / spindle / basolateral plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.758 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Gehring, K.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of PRL phosphatase C104D mutant in complex with the Bateman domain of CNNM magnesium transporter
著者: Kozlov, G. / Funato, Y. / Chen, S. / Zhang, Z. / Illes, K. / Miki, H. / Gehring, K.

履歴

登録	2020年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月18日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6wus.cif.gz	135.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6wus.ent.gz	105.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6wus.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6wus_validation.pdf.gz	432 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6wus_full_validation.pdf.gz	437.7 KB	表示
XML形式データ	6wus_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	6wus_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/6wus ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wu/6wus	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6wurC 5mmzS 5vmh PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6wur-1 5mmz-1 5tsr-d 5k25-1 5k23-1 5lxq-d 4qpl-d 5k22-1 5k24-d 7kmg-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (3) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Metal transporter CNNM2

B: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1

36.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Metal transporter CNNM2

B: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1

A: Metal transporter CNNM2

B: Protein tyrosine phosphatase type IVA 1

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
72.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.138, 127.935, 152.158
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-602- HOH

#1: タンパク質	Metal transporter CNNM2 / Ancient conserved domain-containing protein 2 / mACDP2 / Cyclin-M2 分子量: 17408.793 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 430-580 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cnnm2, Acdp2 / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3TWN3
#2: タンパク質	Protein tyrosine phosphatase type IVA 1 / Protein-tyrosine phosphatase 4a1 / Protein-tyrosine phosphatase of regenerating liver 1 / PRL-1 分子量: 18812.768 Da / 分子数: 1 / Mutation: C104D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptp4a1, Prl1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q63739, protein-tyrosine-phosphatase
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.88 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3 / 詳細: 0.1 M sodium acetate, pH 5.3, 2.0 M sodium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9768 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月2日
放射	モノクロメーター: Single-crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9768 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 12756 / % possible obs: 94.08 % / 冗長度: 5 % / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 24.6
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 648 / R_sym value: 0.549 / % possible all: 88.96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5MMZ

5mmz

解像度: 2.758→41.063 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 33.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2809	662	5.19 %
R_work	0.2404	-	-
obs	0.2426	12756	94.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.758→41.063 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2306	0	0	9	2315

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2353
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.824	3203
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.986	1410
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	375
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	416

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.758-2.9706	0.378	133	0.3073	2316	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9706-3.2694	0.4116	131	0.309	2437	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2694-3.7422	0.3016	124	0.2627	2446	X-RAY DIFFRACTION	96
3.7422-4.7137	0.2808	139	0.2126	2438	X-RAY DIFFRACTION	95
4.7137-41.063	0.2291	135	0.2242	2457	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0186	-1.7174	1.7505	0.3573	-0.4518	0.8092	-0.8648	-0.1477	1.6684	0.8234	0.0326	-0.863	-0.8618	1.3544	-0.3872	1.0609	0.1064	0.0798	0.9385	0.1369	0.3348	-47.8567	-189.9671	309.7847
2	0.3666	-0.5329	-0.0128	1.4005	0.4117	3.1699	0.8048	-0.196	0.8015	0.2464	0.2893	-1.4702	0.0174	1.054	1.1211	0.4911	-0.1294	-0.1227	0.5656	0.1422	0.5313	-36.6968	-196.2474	333.1118
3	0.4007	-0.305	0.0374	0.3263	-0.0603	0.1637	0.1689	-0.0565	0.3938	0.5798	-0.353	-0.3923	0.3226	0.2514	-0.0154	0.8227	-0.3102	-0.1058	0.7101	0.1199	0.6086	-44.9374	-189.7819	348.9083
4	2.4712	-1.504	-0.2031	1.8967	0.7812	0.5287	0.41	0.7834	0.5055	0.3948	-0.6119	-1.4567	0.1235	0.4903	0.1467	0.082	-0.0926	-0.5659	0.7174	0.2297	0.2738	-38.2744	-198.4024	338.732
5	0.3631	0.1512	0.4531	0.574	-0.074	0.6426	-0.1379	0.4636	0.2024	0.264	-0.0698	-0.617	0.8289	-0.7569	0.0025	0.5755	0.0239	-0.1078	0.4752	-0.0675	0.4499	-46.4663	-201.0484	340.7812
6	2.059	1.6984	0.7822	1.7173	0.9444	0.6249	0.8691	-0.8027	-0.1271	1.0726	-1.1013	0.0539	0.9294	0.0042	0.0326	0.7207	-0.2136	-0.1346	0.8062	0.2868	0.4787	-49.2631	-198.6594	355.3198
7	0.5643	-0.372	-0.1448	0.939	0.3125	0.1062	0.3596	-0.3924	-0.8271	0.2244	0.1584	-0.4045	1.0809	-1.323	0.0392	0.5737	-0.2733	0.237	0.6352	-0.0389	0.6076	-46.7048	-206.4337	343.6889
8	0.3794	1.2245	0.4773	4.2929	1.8072	0.7378	-0.1408	0.4658	0.2464	0.2405	-0.3009	-1.3007	0.3788	0.1114	0.3154	0.4025	0.1679	0.1593	0.7195	0.2103	0.5712	-38.0987	-205.7855	321.857
9	1.2997	-0.8261	0.1981	0.5031	0.0039	1.4271	0.5461	-0.1173	-0.4245	-0.1494	-0.4958	-1.2725	-0.2371	-0.2419	-0.0857	0.3482	-0.0028	0.1118	0.3833	0.1342	1.0426	-38.0996	-205.8503	324.0116
10	1.8776	0.0272	1.3001	3.1338	-0.2666	2.0077	-0.3153	-0.5604	1.0097	-0.1956	-0.079	-1.7571	-0.0329	-0.2624	-0.0055	0.3824	0.0362	0.0187	0.5022	-0.0068	0.4311	-41.063	-195.9008	323.5894
11	4.4442	-2.3761	-0.6175	4.6736	-1.343	2.9381	0.1422	-0.5466	-0.7448	1.1753	1.5271	2.2453	0.2803	-2.0004	1.1013	0.7681	0.4356	0.1474	0.3241	0.0163	0.7874	-36.0365	-226.4541	334.0784
12	0.1244	-0.3184	-0.5373	4.5511	-0.0075	3.1806	-0.322	-0.09	0.623	2.1399	0.9747	-1.9038	1.5363	-0.3752	0.2872	1.4673	0.1815	0.001	0.8962	0.2102	1.2489	-25.3532	-227.4872	339.0034
13	4.899	-2.6362	2.1298	5.2031	1.6521	2.978	0.1917	-0.5124	-0.1115	-0.5624	0.0512	-0.2033	0.472	0.5365	0.0256	0.6092	0.2552	-0.0701	0.5496	0.165	0.5407	-27.3544	-233.3215	328.1118
14	3.3688	2.7416	-0.8656	3.0258	0.0589	1.6713	0.718	-0.275	0.8034	-2.6348	-0.8103	-0.032	0.537	0.22	-0.8354	1.4404	0.3982	0.3031	0.6358	0.1908	0.5314	-25.665	-224.7732	317.9403

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 429 through 442 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 443 through 466 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 467 through 475 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 476 through 490 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 491 through 500 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 501 through 510 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 511 through 522 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 523 through 530 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 531 through 560 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 561 through 578 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 7 through 47 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 48 through 77 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 78 through 122 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 123 through 157 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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