PDB-5k22: Crystal structure of the complex between human PRL-2 phosphatase ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5k22

タイトル

Crystal structure of the complex between human PRL-2 phosphatase in reduced state and Bateman domain of human CNNM3

要素

Metal transporter CNNM3
Protein tyrosine phosphatase type IVA 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN/PROTEIN BINDING / alpha-beta fold / complex / protein binding / phosphatase / TRANSPORT PROTEIN-PROTEIN BINDING complex

機能・相同性

機能・相同性情報

magnesium ion homeostasis / RAB geranylgeranylation / transmembrane transporter activity / enzyme inhibitor activity / monoatomic ion transport / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / early endosome / nucleus / membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3 Å

データ登録者

Kozlov, G. / Wu, H. / Gehring, K.

引用

ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2016
タイトル: Phosphocysteine in the PRL-CNNM pathway mediates magnesium homeostasis.
著者: Gulerez, I. / Funato, Y. / Wu, H. / Yang, M. / Kozlov, G. / Miki, H. / Gehring, K.

履歴

登録	2016年5月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k22 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k2/5k22	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5k23 5k24 5k25
類似構造データ	5k23-1 5lxq-d 5k25-1 6wur-1 5mmz-1 6wus-1 5tsr-d 1mrf-2 3e19-3 3fpa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (5) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (8) #140 - 2011年8月ロンボイドプロテアーゼGlpG (Rhomboid Protease GlpG) 類似性 (3) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein tyrosine phosphatase type IVA 2

B: Metal transporter CNNM3

38.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein tyrosine phosphatase type IVA 2

B: Metal transporter CNNM3

A: Protein tyrosine phosphatase type IVA 2

B: Metal transporter CNNM3

登録者が定義した集合体
76.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Protein tyrosine phosphatase type IVA 2

ソフトウェアが定義した集合体
20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Metal transporter CNNM3

ソフトウェアが定義した集合体
35.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.447, 126.717, 152.564
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Protein tyrosine phosphatase type IVA 2 / HU-PP-1 / OV-1 / PTP(CAAXII) / Protein-tyrosine phosphatase 4a2 / Protein-tyrosine phosphatase of ...HU-PP-1 / OV-1 / PTP(CAAXII) / Protein-tyrosine phosphatase 4a2 / Protein-tyrosine phosphatase of regenerating liver 2 / PRL-2 分子量: 20796.859 Da / 分子数: 1 / 変異: C95A, C96A, C119A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTP4A2, PRL2, PTPCAAX2, BM-008 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q12974, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質	Metal transporter CNNM3 / Ancient conserved domain-containing protein 3 / Cyclin-M3 分子量: 17634.027 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNNM3, ACDP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NE01
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.8 M succinic acid, 30% w/v D-(+)-glucose monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.6307 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月12日
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.6307 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 10215 / % possible obs: 98.91 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 38.9
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 10 % / R_merge(I) obs: 0.674 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 93.88

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.937 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 40.27 / SU ML: 0.322 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.543 / ESU R Free: 0.411

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27431	601	5.6 %	RANDOM
R_work	0.23142	-	-	-
obs	0.23366	10215	98.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 95.826 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-4.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2419	0	0	6	2425

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.019	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.794	1.975	3356
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.044	0.2	384
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	1874
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.433	5.134	1218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.785	7.7	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.364	5.176	1250
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.854	51.448	3013
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.003→3.081 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.338	36	-
R_work	0.346	685	-
obs	-	-	93.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.5466	0.6817	-0.2127	5.521	-3.6398	10.0533	0.269	0.604	-0.2649	-0.5937	-0.172	-0.296	-0.2111	0.602	-0.097	0.5306	0.1162	0.1129	0.4456	-0.2668	0.3316	10.7785	34.6101	173.4692
2	9.0408	-1.6935	1.069	4.8007	-4.6265	9.5304	0.1087	-1.2495	-0.6213	0.7119	0.0847	-0.4707	-0.4593	0.3938	-0.1935	0.4985	0.1046	-0.0206	0.5384	-0.098	0.3785	10.3563	32.3189	184.2315
3	5.6038	-0.8109	-3.1865	5.9757	-1.1847	19.9685	-0.2206	-0.8837	-0.5076	0.2107	0.0879	-1.7587	0.1138	1.1081	0.1327	0.4058	0.0579	-0.0529	0.6233	-0.1348	0.7347	15.9083	37.0274	183.5847
4	5.0246	1.8411	6.254	7.2794	4.5766	9.6461	0.2482	-1.0059	0.0279	1.2524	-0.0858	0.0332	0.4116	-0.3173	-0.1624	0.5841	-0.0439	0.0621	1.0045	-0.2219	0.2794	5.0206	38.0593	188.8722
5	3.0346	3.2642	0.4557	12.781	2.034	4.0194	0.0772	0.2401	0.1369	-0.4144	-0.0081	0.1541	-0.5672	-0.1302	-0.0691	0.3418	0.1695	-0.0069	0.3724	-0.1583	0.3122	-3.4138	41.8654	177.7693
6	4.8863	-0.8373	-0.5005	8.1079	0.9193	6.9389	0.0454	0.6485	0.2469	-1.2411	0.0577	-0.1534	-0.294	0.0317	-0.1031	0.4826	0.1115	-0.002	0.4298	-0.1239	0.3553	3.6916	37.1331	170.9742
7	6.8592	-4.5557	-1.7899	7.4722	4.6957	4.6532	-0.0411	1.0136	-0.0871	-1.1603	-0.3411	0.3174	-0.2183	-0.3139	0.3822	0.7795	-0.0877	-0.095	0.5202	-0.1069	0.274	-1.2473	29.7594	167.3546
8	1.6482	-3.9541	-1.5287	10.0942	2.7203	2.9882	0.3468	0.1418	0.1387	-0.8636	-0.4198	-0.3593	-0.3274	0.2485	0.073	0.8431	0.0588	-0.1294	0.8432	0.289	0.5455	-3.7896	48.5409	165.189
9	3.4354	3.3468	2.3097	3.9717	4.6032	12.0556	-0.3873	-0.2044	0.1557	-0.0448	-0.1646	0.6189	0.1837	-0.8398	0.552	0.5227	0.1997	0.4225	0.347	0.2558	0.873	22.5117	-1.592	157.613
10	3.5869	-0.9713	1.5029	3.2503	-0.5634	8.6971	0.094	-0.2067	-0.3927	0.0427	-0.1323	0.3366	0.2811	-0.4057	0.0383	0.2471	-0.0891	0.0509	0.1649	-0.0948	0.4083	14.6766	2.8497	183.57
11	5.8074	-2.9177	3.3051	5.4962	-0.0407	4.8669	-0.0613	-0.3528	0.1761	0.3251	-0.0588	0.1943	0.0309	-0.2186	0.1201	0.3984	-0.1213	0.0422	0.1917	-0.0781	0.2763	18.1861	8.7825	188.7114
12	3.8666	-2.1645	1.7013	2.7781	0.3033	7.1568	-0.1135	-0.0474	0.1885	0.1889	-0.1091	-0.0645	-0.3214	0.2482	0.2227	0.3926	-0.1301	0.0276	0.1711	-0.1113	0.3753	19.6335	12.0712	184.2762
13	5.5318	-0.0281	-13.5662	0.2573	-0.5387	34.7332	0.6009	-0.1461	0.4044	-0.4027	-0.2051	-0.2414	-0.5607	0.9999	-0.3959	0.8672	0.0983	0.1267	1.0491	0.3942	0.7356	25.9776	13.7819	170.9284
14	1.6381	-1.3544	-0.7532	4.7655	-0.4863	4.4547	0.2716	0.7318	-0.0674	0.1554	-0.5663	0.748	-0.247	-0.3441	0.2948	0.4645	0.0297	-0.0372	0.4071	-0.1166	0.4614	6.7657	16.0395	174.6508
15	8.0678	-5.1132	0.1662	7.5721	-2.4063	5.2759	0.4473	0.1561	-0.8073	-0.29	-0.4139	0.9416	-0.0901	-0.1568	-0.0334	0.3388	-0.0261	-0.0414	0.1621	-0.1819	0.4768	11.286	10.1968	175.3914
16	10.2997	-9.1191	-1.3087	24.2018	13.0499	8.9431	-0.4518	0.0073	-1.1758	0.9423	0.0653	1.407	0.5067	0.0933	0.3865	0.5949	-0.0088	-0.0122	0.378	-0.0326	0.5327	21.4705	-1.3876	168.3095

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	30 - 39
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	40 - 64
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	65 - 90
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	91 - 130
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	131 - 149
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	150 - 156
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	298 - 309
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	310 - 345
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	346 - 371
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	372 - 404
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	405 - 409
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	410 - 428
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	429 - 437
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	438 - 446

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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