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万見
- PDB-6fom: Copper transporter OprC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fom
タイトルCopper transporter OprC
要素Putative copper transport outer membrane porin OprC
キーワードMEMBRANE PROTEIN / metalloprotein TonB dependent transporter outer membrane protein copper Pseudomonas aeruginosa
機能・相同性
機能・相同性情報


siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent copper receptor / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain ...TonB-dependent copper receptor / TonB-dependent receptor, beta-barrel domain / Maltoporin; Chain A / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor-like, beta-barrel / TonB-dependent receptor (TBDR) proteins profile. / Vitamin B12 transporter BtuB-like / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent Receptor Plug Domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper transport outer membrane porin OprC
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bhamidimarri, S.P. / van den Berg, B.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2021
タイトル: Acquisition of ionic copper by the bacterial outer membrane protein OprC through a novel binding site.
著者: Bhamidimarri, S.P. / Young, T.R. / Shanmugam, M. / Soderholm, S. / Basle, A. / Bumann, D. / van den Berg, B.
履歴
登録2018年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / computing / diffrn / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / refine / refine_hist / refine_ls_shell / reflns / reflns_shell
Item: _audit_author.name / _citation.title ..._audit_author.name / _citation.title / _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _entity_src_gen.gene_src_strain / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine_hist.d_res_low / _refine_ls_shell.d_res_low / _reflns.pdbx_CC_half / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _reflns_shell.pdbx_CC_half
解説: Ligand identity
詳細: Only PDB header information has been changed, in this case Entry authors and citation.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 1.22021年12月1日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative copper transport outer membrane porin OprC
B: Putative copper transport outer membrane porin OprC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,8326
ポリマ－158,6062
非ポリマー1,2264
水00
1
A: Putative copper transport outer membrane porin OprC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9163
ポリマ－79,3031
非ポリマー6132
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Putative copper transport outer membrane porin OprC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,9163
ポリマ－79,3031
非ポリマー6132
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.129, 170.556, 197.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Putative copper transport outer membrane porin OprC


分子量: 79303.180 Da / 分子数: 2 / 変異: C143A/M147A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
遺伝子: oprC, PA3790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G3XD89
#2: 化合物
ChemComp-C8E / (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE


分子量: 306.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O5 / コメント: C8E, 可溶化剤*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium chloride 0.15 M ammonium sulfate 0.01 M MES sodium 19% (w/v) PEG1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9159 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9159 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→49.26 Å / Num. obs: 42339 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 2.9→3.01 Å / Num. unique obs: 0 / CC1/2: 0.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6FOK

6fok


解像度: 2.9→49.26 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.27 2023 4.79 %
Rwork0.214 --
obs0.217 42221 88.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→49.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10054 0 75 0 10129
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00910379
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2914041
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.7437269
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081862
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9001-2.97260.33431130.28142229X-RAY DIFFRACTION70
2.9726-3.05290.31921100.28022366X-RAY DIFFRACTION74
3.0529-3.14270.3651460.27362533X-RAY DIFFRACTION80
3.1427-3.24420.37811260.26952646X-RAY DIFFRACTION83
3.2442-3.36010.34411390.2452776X-RAY DIFFRACTION88
3.3601-3.49460.27771450.21782826X-RAY DIFFRACTION88
3.4946-3.65360.30831450.20822966X-RAY DIFFRACTION92
3.6536-3.84610.28281620.20993046X-RAY DIFFRACTION96
3.8461-4.0870.23471330.20463097X-RAY DIFFRACTION96
4.087-4.40240.23721440.18892963X-RAY DIFFRACTION91
4.4024-4.84510.23331610.16512897X-RAY DIFFRACTION90
4.8451-5.54530.23361630.18233109X-RAY DIFFRACTION95
5.5453-6.98340.28921550.21933310X-RAY DIFFRACTION100
6.9834-49.260.23961810.23393434X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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