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- PDB-6fnw: Structure of a volume-regulated anion channel of the LRRC8 family -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fnw
タイトルStructure of a volume-regulated anion channel of the LRRC8 family
要素Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ion channel / leucine-rich repeat domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / taurine transmembrane transport / protein hexamerization / cell volume homeostasis ...Miscellaneous transport and binding events / pre-B cell differentiation / volume-sensitive anion channel activity / aspartate transmembrane transport / cyclic-GMP-AMP transmembrane transporter activity / cyclic-GMP-AMP transmembrane import across plasma membrane / monoatomic anion transmembrane transport / taurine transmembrane transport / protein hexamerization / cell volume homeostasis / monoatomic anion transport / response to osmotic stress / intracellular glucose homeostasis / monoatomic ion channel complex / positive regulation of myoblast differentiation / chloride transmembrane transport / positive regulation of insulin secretion / spermatogenesis / lysosomal membrane / cell surface / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / : / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...LRRC8, pannexin-like TM region / Pannexin-like TM region of LRRC8 / : / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Deneka, D. / Sawicka, M. / Lam, A.K.M. / Paulino, C. / Dutzler, R.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
スイス
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of a volume-regulated anion channel of the LRRC8 family.
著者: Dawid Deneka / Marta Sawicka / Andy K M Lam / Cristina Paulino / Raimund Dutzler /
要旨: Volume-regulated anion channels are activated in response to hypotonic stress. These channels are composed of closely related paralogues of the leucine-rich repeat-containing protein 8 (LRRC8) family ...Volume-regulated anion channels are activated in response to hypotonic stress. These channels are composed of closely related paralogues of the leucine-rich repeat-containing protein 8 (LRRC8) family that co-assemble to form hexameric complexes. Here, using cryo-electron microscopy and X-ray crystallography, we determine the structure of a homomeric channel of the obligatory subunit LRRC8A. This protein conducts ions and has properties in common with endogenous heteromeric channels. Its modular structure consists of a transmembrane pore domain followed by a cytoplasmic leucine-rich repeat domain. The transmembrane domain, which is structurally related to connexin proteins, is wide towards the cytoplasm but constricted on the outside by a structural unit that acts as a selectivity filter. An excess of basic residues in the filter and throughout the pore attracts anions by electrostatic interaction. Our work reveals the previously unknown architecture of volume-regulated anion channels and their mechanism of selective anion conduction.
履歴
登録2018年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月23日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22018年5月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32018年6月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,4035
ポリマ－48,1551
非ポリマー2484
水6,071337
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area800 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)140.130, 140.130, 42.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Volume-regulated anion channel subunit LRRC8A / Leucine-rich repeat-containing protein 8A


分子量: 48155.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: C-terminal domain of mouse LRRC8A / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lrrc8a, Lrrc8 / プラスミド: pcDNA3.1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q80WG5
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 22% PEG 3350, 0.2M Na/K tartrate, 0.1M Bis-Tris propane pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1, 2.05
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
22.051
反射解像度: 1.8→40.452 Å / Num. obs: 44375 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.2 % / Net I/σ(I): 27.05
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 19.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / Num. unique obs: 6557 / CC1/2: 0.9 / Rrim(I) all: 1.58 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→40.452 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2082 1995 4.63 %
Rwork0.1792 --
obs0.1805 43134 97.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→40.452 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3359 0 16 337 3712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0133497
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.274744
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.9572184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009602
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.84510.33681190.31592430X-RAY DIFFRACTION81
1.8451-1.89490.29571250.29072600X-RAY DIFFRACTION87
1.8949-1.95070.30011380.24822791X-RAY DIFFRACTION93
1.9507-2.01370.28841430.2372995X-RAY DIFFRACTION100
2.0137-2.08560.24311430.20422969X-RAY DIFFRACTION100
2.0856-2.16910.21721500.19933002X-RAY DIFFRACTION100
2.1691-2.26780.23441490.18983013X-RAY DIFFRACTION100
2.2678-2.38740.22251420.18923000X-RAY DIFFRACTION100
2.3874-2.5370.24521450.18563023X-RAY DIFFRACTION100
2.537-2.73280.24871450.18283008X-RAY DIFFRACTION100
2.7328-3.00770.2021460.17723065X-RAY DIFFRACTION100
3.0077-3.44280.20711490.16843015X-RAY DIFFRACTION100
3.4428-4.33670.17291470.14393076X-RAY DIFFRACTION100
4.3367-40.46220.18581540.17833152X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.738 Å / Origin y: -45.7676 Å / Origin z: -1.9617 Å
111213212223313233
T0.218 Å20.0278 Å20.0119 Å2-0.2225 Å2-0.0183 Å2--0.2934 Å2
L2.9994 °21.6065 °2-0.3231 °2-1.6946 °2-0.2071 °2--0.611 °2
S0.0469 Å °0.0432 Å °0.4178 Å °0.0323 Å °0.0027 Å °0.1912 Å °-0.1378 Å °0.0207 Å °-0.0316 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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