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Yorodumi- PDB-6fns: Ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD in complex with... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6fns | ||||||
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Title | Ergothioneine-biosynthetic methyltransferase EgtD in complex with morpholinohistidine | ||||||
Components | Histidine N-alpha-methyltransferase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / ergothioneine / methyltransferase / inhibitor complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information : / ergothioneine biosynthetic process / L-histidine Nalpha-methyltransferase / : / ergothioneine biosynthesis from histidine via gamma-glutamyl-hercynylcysteine sulfoxide / protein methyltransferase activity / methylation Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Mycobacterium smegmatis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Vit, A. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P. | ||||||
Citation | Journal: ACS Chem. Biol. / Year: 2018 Title: Inhibition and Regulation of the Ergothioneine Biosynthetic Methyltransferase EgtD. Authors: Misson, L. / Burn, R. / Vit, A. / Hildesheim, J. / Beliaeva, M.A. / Blankenfeldt, W. / Seebeck, F.P. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6fns.cif.gz | 365.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6fns.ent.gz | 304.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6fns.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6fns_validation.pdf.gz | 445.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 6fns_full_validation.pdf.gz | 446.6 KB | Display | |
Data in XML | 6fns_validation.xml.gz | 28.3 KB | Display | |
Data in CIF | 6fns_validation.cif.gz | 41.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/6fns ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fn/6fns | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 6fnqC 6fnrC 6fntC 4pimS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 35282.695 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: EgtD Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium smegmatis (bacteria) / Gene: egtD, ERS451418_06055 / Plasmid: pET19m / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) References: UniProt: A0A0D6J225, UniProt: A0R5M8*PLUS, L-histidine Nalpha-methyltransferase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.14 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 18% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) glycerol, 0.16 M Mg-Acetate, 0.08 M Na-Cacodylate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å | ||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 15, 2014 | ||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: KMC-1 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.85→48.85 Å / Num. obs: 65608 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 24.81 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 18 / Num. measured all: 862107 | ||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4PIM Resolution: 1.85→41.701 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 18.01 / Details: FOURIER SYNTHESIS
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 85.95 Å2 / Biso mean: 31.4694 Å2 / Biso min: 0.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.85→41.701 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24 / % reflection obs: 100 %
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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