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- PDB-6fnp: Crystal structure of ECF-CbrT, a cobalamin transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fnp
タイトルCrystal structure of ECF-CbrT, a cobalamin transporter
要素
  • Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
  • Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
  • Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
  • Membrane protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Vitamin B12 / ECF transporter / Membrane Protein / Cobalamin / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


トランスロカーゼ / transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / membrane => GO:0016020 / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter, substrate-specific component / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. / : / ABC transporter, CbiO/EcfA subunit ...ECF transporter, substrate-specific component / ECF transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter, substrate-specific component / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ABC/ECF transporter, transmembrane component / Cobalt transport protein / Cobalt import ATP-binding protein cbiO. / : / ABC transporter, CbiO/EcfA subunit / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ECF transporter S component / Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT / Conserved hypothetical membrane protein / Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus delbrueckii (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Santos, J.A. / Rempel, S. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.
資金援助 オランダ, 1件
組織認可番号国
NWO865.11.001 オランダ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Functional and structural characterization of an ECF-type ABC transporter for vitamin B12.
著者: Santos, J.A. / Rempel, S. / Mous, S.T. / Pereira, C.T. / Ter Beek, J. / de Gier, J.W. / Guskov, A. / Slotboom, D.J.
履歴
登録2018年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年7月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Membrane protein
B: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
C: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
D: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT
E: Membrane protein
F: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
G: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
H: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)231,0158
ポリマ－231,0158
非ポリマー00
水00
1
A: Membrane protein
B: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
C: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
D: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,5074
ポリマ－115,5074
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12130 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area44430 Å2
手法PISA
2
E: Membrane protein
F: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1
G: Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2
H: Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,5074
ポリマ－115,5074
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11260 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area49120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.470, 92.860, 105.510
Angle α, β, γ (deg.)72.57, 66.27, 62.89
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Membrane protein / Predicted membrane protein / Substrate-specific component CbrT of predicted cobalamin ECF transporter


分子量: 20378.395 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii (乳酸菌)
遺伝子: AT236_00087, CFL1_01875, LBUL87_0070, SB57_03475 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A061BRW7, UniProt: Q1G7W0*PLUS
#2: タンパク質 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1 / ECF transporter A component EcfA1


分子量: 33166.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii (乳酸菌)
遺伝子: ecfA1, cbiO1, Ldb0424 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q1GBJ0, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#3: タンパク質 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2 / ECF transporter A component EcfA2


分子量: 31672.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii (乳酸菌)
遺伝子: ecfA2, cbiO2, Ldb0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q1GBI9, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・物質の膜輸送を触媒する
#4: タンパク質 Energy-coupling factor transporter transmembrane protein EcfT / ECF transporter T component EcfT


分子量: 30290.283 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus delbrueckii (乳酸菌)
遺伝子: ecfT, AT236_00396, CFL1_00754, SB57_06620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A061BSU4, UniProt: Q1GBI8*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Potassium chloride 0.1 M Sodium citrate 5.5 37% (v/v) Pentaerythritol propoxylate 5/4 PO/OH, 10% ANAPOE C12E10

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.99999815963 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999815963 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→47.802 Å / Num. obs: 31753 / % possible obs: 88.29 % / 冗長度: 2 % / Net I/σ(I): 0.98
反射 シェル解像度: 3.4→3.4 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5jsz

5jsz


解像度: 3.4→47.802 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.57 / 位相誤差: 25.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2934 1754 5.52 %
Rwork0.2376 --
obs0.2458 31753 88.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→47.802 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15083 0 0 0 15083
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115403
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.48720887
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2719164
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0662420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0092623
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4003-3.510.30111380.20122651X-RAY DIFFRACTION82
3.51-3.63540.23881500.17612829X-RAY DIFFRACTION86
3.6354-3.78090.25531450.18292758X-RAY DIFFRACTION85
3.7809-3.95290.29761360.19192593X-RAY DIFFRACTION80
3.9529-4.16120.25731550.1922939X-RAY DIFFRACTION89
4.1612-4.42170.28571530.20652914X-RAY DIFFRACTION88
4.4217-4.76280.29231470.23372778X-RAY DIFFRACTION86
4.7628-5.24150.2991460.25842779X-RAY DIFFRACTION85
5.2415-5.99870.3741370.32442607X-RAY DIFFRACTION80
5.9987-7.55270.33481500.35262850X-RAY DIFFRACTION87
7.5527-47.26970.33421300.352461X-RAY DIFFRACTION75
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0397-0.00710.0155-0.0330.0059-0.0288-0.0145-0.0922-0.02810.043-0.0452-0.0117-0.00570.0403-0.2768-0.680.10390.0382-0.9015-0.3613-0.470555.0419-27.212528.8529
2-0.08070.02040.0135-0.09850.0901-0.15440.02290.0725-0.0202-0.01590.04280.04010.0435-0.09280.2327-1.5839-0.0911-0.0393-1.8131-0.7349-1.004225.3532-17.2649-1.5009
3-0.1092-0.05080.0543-0.09910.0274-0.15130.0053-0.0616-0.00810.05710.0440.0303-0.0336-0.09970.2497-1.765-0.0237-0.0639-1.8561-0.6067-0.979114.1384-29.556823.4638
4-0.13930.05660.0548-0.1210.0622-0.1512-0.1288-0.24660.01270.237-0.031-0.1197-0.12340.2196-0.4922-1.18640.01120.0451-1.3831-0.6604-0.82453.5461-9.424234.7044
50.0102-0.0046-0.00130.0038-0.01880.0224-0.0204-0.01410.00330.0120.0017-0.0163-0.02760.0165-0.0402-0.20830.002-0.0481-0.2028-0.025-0.172356.4078-36.903164.7518
6-0.0448-0.0171-0.0011-0.05830.0398-0.0754-0.00480.00070.0568-0.00320.00310.0597-0.055-0.1151-0.0567-0.70320.1124-0.0599-0.8761-0.275-0.589525.0328-45.701397.2612
7-0.03790.0269-0.0227-0.02250.0105-0.043-0.036-0.01180.02060.0425-0.0090.0145-0.02620.0036-0.2106-0.4568-0.0360.0551-0.5229-0.1272-0.378314.192-33.609872.018
8-0.0487-0.0188-0.03390.01-0.0363-0.0029-0.04950.0692-0.0389-0.1024-0.0495-0.07240.090.0856-0.2497-0.45620.07590.0132-0.54-0.1637-0.356154.4512-53.474261.7841
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 7 through 175)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 280)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 282)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 6 through 264)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 8 through 157)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 1 through 280)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'G' and resid 1 through 282)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'H' and resid 6 through 264)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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