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万見
- PDB-6flb: 3H5 Fab bound to EDIII of DenV 2 Xtal form 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6flb
タイトル3H5 Fab bound to EDIII of DenV 2 Xtal form 2
要素
  • Domain III of Dengue virus 2
  • Heavy chain of 3H5 Fab
  • Light chain of 3H5 Fab
キーワードVIRAL PROTEIN / Dengue virus / antibody / macromolecular complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / RNA helicase / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus ...Immunoglobulin-like - #350 / : / Flavivirus capsid protein C superfamily / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / : / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Immunoglobulins / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Flanagan, A. / Renner, M. / Grimes, J.M.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Wellcome Trust204703/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust075491/Z/04 英国
引用ジャーナル: Nat. Immunol. / 年: 2018
タイトル: Characterization of a potent and highly unusual minimally enhancing antibody directed against dengue virus.
著者: Renner, M. / Flanagan, A. / Dejnirattisai, W. / Puttikhunt, C. / Kasinrerk, W. / Supasa, P. / Wongwiwat, W. / Chawansuntati, K. / Duangchinda, T. / Cowper, A. / Midgley, C.M. / Malasit, P. / ...著者: Renner, M. / Flanagan, A. / Dejnirattisai, W. / Puttikhunt, C. / Kasinrerk, W. / Supasa, P. / Wongwiwat, W. / Chawansuntati, K. / Duangchinda, T. / Cowper, A. / Midgley, C.M. / Malasit, P. / Huiskonen, J.T. / Mongkolsapaya, J. / Screaton, G.R. / Grimes, J.M.
履歴
登録2018年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
G: Domain III of Dengue virus 2
H: Heavy chain of 3H5 Fab
L: Light chain of 3H5 Fab
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0398
ポリマ－59,6333
非ポリマー4075
水7,566420
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area24020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.492, 131.573, 139.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 G

#1: タンパク質 Domain III of Dengue virus 2


分子量: 11163.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus 2 (デング熱ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14340, UniProt: W5RZ25*PLUS

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抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 Heavy chain of 3H5 Fab


分子量: 24438.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Light chain of 3H5 Fab


分子量: 24030.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 4種, 425分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20% w/v PEG 3350, 0.2 M Ammonium di Hydrogen Phosphate using a protein concentration of 6 mg/ml.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→21.3 Å / Num. obs: 37183 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 42.52 Å2 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→21.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9538 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9381 / SU R Cruickshank DPI: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.203 / SU Rfree Blow DPI: 0.172 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.166
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2179 1860 5 %RANDOM
Rwork0.1755 ---
obs0.1776 37183 99.21 %-
原子変位パラメータBiso mean: 44.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.0302 Å20 Å20 Å2
2---0.6429 Å20 Å2
3----3.3872 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.296 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→21.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4056 0 24 420 4500
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014177HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.165677HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1391SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes93HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes600HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4177HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.09
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion557SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4837SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2569 113 4.33 %
Rwork0.2035 2498 -
all0.2059 2611 -
obs--99.21 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64150.51430.29336.1872-1.57012.3246-0.16940.2318-0.0301-0.4357-0.0031-0.2123-0.00210.05290.17250.0036-0.13130.059-0.0237-0.0566-0.14731.3583-42.7875-32.9928
21.39870.7537-0.20585.1543-1.93310.2752-0.16680.3118-0.0214-0.2661-0.0744-0.0242-0.07220.08520.24120.059-0.10650.01740.0054-0.0503-0.13133.09-38.9121-33.023
31.97930.69791.31032.24491.00143.3817-0.0148-0.08420.00510.24050.036-0.30960.03160.054-0.0212-0.0083-0.016-0.0864-0.06820.0367-0.007218.4903-14.1048-25.4835
41.16481.08190.60070.008-0.56160.4476-0.0023-0.00710.03320.0092-0.0481-0.11950.01380.12140.0503-0.04220.0013-0.0243-0.0848-0.02150.139124.5602-13.4834-30.977
51.65051.1895-0.11773.13890.15971.6865-0.00940.0264-0.02190.5442-0.04030.0254-0.53570.010.04970.1937-0.06880.0044-0.0779-0.0233-0.13740.6024-42.0018-10.5437
60.03340.23980.52140.29510.05810.56070.0005-0.0205-0.01280.0480.01680.0327-0.05360.0003-0.01730.2616-0.03340.0904-0.0418-0.0233-0.203-5.743-46.3471-5.3463
70.29430.39060.09922.185-0.071500.0666-0.01410.04550.5314-0.148-0.0893-0.1701-0.08660.08130.163-0.0897-0.0529-0.0969-0.0025-0.16737.4188-21.9204-14.4675
80.9807-0.06620.39013.5843-0.11871.06920.0799-0.14160.24950.1347-0.10540.0635-0.2245-0.36560.02560.2228-0.0254-0.0725-0.1183-0.0017-0.15129.5353-3.6716-16.9286
90.78131.12540.21221.30420.48060.2925-0.0121-0.03550.0133-0.01080.0134-0.02680.00390.001-0.0014-0.0378-0.01780.0678-0.005-0.07260.08151.0545-63.0021-20.878
100-0.3884-1.60581.34471.69810.04980.0063-0.022-0.0232-0.03880.01220.0124-0.0055-0.0433-0.0185-0.0343-0.0439-0.0149-0.0441-0.03460.0811-13.5177-74.812-28.681
110.2873-2.42131.64583.17950.36231.27120.0104-0.0149-0.0411-0.0790.023-0.0033-0.0180.0271-0.0333-0.0611-0.00660.04840.0053-0.05350.0416-5.3289-70.5137-25.1561
120.10860.2886-0.39211.1069-0.59381.8640.0008-0.011-0.0127-0.03780.0103-0.0353-0.03670.0141-0.0112-0.1096-0.00010.0086-0.0166-0.06140.0813-10.3199-63.0081-18.3649
130.74291.6828-0.66161.1895-0.15110.06660.0051-0.0781-0.02730.0417-0.0494-0.0367-0.1157-0.03110.0442-0.13720.02410.01740.0885-0.02370.0551-13.7764-66.2284-14.6166
140.6965-0.27990.506401.04990.31140.00010.0163-0.0094-0.04950.0007-0.00750.00480.0059-0.0008-0.1353-0.04780.05710.0411-0.07980.10343.1236-71.1809-24.8847
150.27341.2449-0.14591.46470.74551.8592-0.0084-0.0635-0.1208-0.08310.05710.0816-0.1168-0.1221-0.0487-0.1025-0.0069-0.00720.018-0.01710.0699-14.2096-66.1021-21.3789
160.46970.372-0.44050.03252.24251.37770.0046-0.0146-0.1104-0.110.01250.1441-0.2124-0.0394-0.0171-0.14840.0315-0.03560.0567-0.00820.1118-19.6452-67.0187-24.0388
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|1 - H|71 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ H|72 - H|119 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ H|120 - H|194 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ H|195 - H|218 }
5X-RAY DIFFRACTION5{ L|1 - L|67 }
6X-RAY DIFFRACTION6{ L|68 - L|77 }
7X-RAY DIFFRACTION7{ L|78 - L|151 }
8X-RAY DIFFRACTION8{ L|152 - L|216 }
9X-RAY DIFFRACTION9{ G|298 - G|307 }
10X-RAY DIFFRACTION10{ G|308 - G|316 }
11X-RAY DIFFRACTION11{ G|317 - G|331 }
12X-RAY DIFFRACTION12{ G|332 - G|343 }
13X-RAY DIFFRACTION13{ G|344 - G|355 }
14X-RAY DIFFRACTION14{ G|356 - G|365 }
15X-RAY DIFFRACTION15{ G|366 - G|384 }
16X-RAY DIFFRACTION16{ G|385 - G|397 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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