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万見
- PDB-6fky: Crystal structure of zebrafish Sirtuin 5 in complex with 3-(benzy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fky
タイトルCrystal structure of zebrafish Sirtuin 5 in complex with 3-(benzylthio)succinyl-CPS1 peptide
要素
  • 3(R)-(phenylthio)succinyl-CPS1 peptide
  • NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
キーワードSIGNALING PROTEIN / Sirtuin 5 / Inhibitor / Deacylase
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / histone deacetylase activity, NAD-dependent / heterocyclic compound binding ...Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / regulation of ketone biosynthetic process / peptidyl-lysine demalonylation / protein desuccinylation / peptidyl-lysine desuccinylation / protein-glutaryllysine deglutarylase activity / protein-malonyllysine demalonylase activity / protein-succinyllysine desuccinylase activity / histone deacetylase activity, NAD-dependent / heterocyclic compound binding / acyl binding / NAD+ binding / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / mitochondrial matrix / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, class III / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain ...Sirtuin, class III / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2~{S})-2-(phenylmethylsulfanyl)butanedioic acid / (2~{R})-2-(phenylmethylsulfanyl)butanedioic acid / NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Pannek, M. / Steegborn, C.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Oberfrankenstiftung04115 ドイツ
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: Potent and Selective Inhibitors of Human Sirtuin 5.
著者: Kalbas, D. / Liebscher, S. / Nowak, T. / Meleshin, M. / Pannek, M. / Popp, C. / Alhalabi, Z. / Bordusa, F. / Sippl, W. / Steegborn, C. / Schutkowski, M.
履歴
登録2018年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
B: NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
C: 3(R)-(phenylthio)succinyl-CPS1 peptide
I: 3(R)-(phenylthio)succinyl-CPS1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,86311
ポリマ－64,9284
非ポリマー9357
水99155
1
A: NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
C: 3(R)-(phenylthio)succinyl-CPS1 peptide
I: 3(R)-(phenylthio)succinyl-CPS1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9796
ポリマ－33,4333
非ポリマー5463
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8845
ポリマ－31,4951
非ポリマー3894
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)87.134, 87.134, 316.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 35 - 298 / Label seq-ID: 14 - 277

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCI

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacylase sirtuin-5, mitochondrial / Regulatory protein SIR2 homolog 5


分子量: 31495.012 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: sirt5, si:ch211-121a2.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6DHI5, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド 3(R)-(phenylthio)succinyl-CPS1 peptide


分子量: 969.112 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 7種, 62分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-E9N / (2~{R})-2-(phenylmethylsulfanyl)butanedioic acid


分子量: 240.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-DZK / (2~{S})-2-(phenylmethylsulfanyl)butanedioic acid


分子量: 240.276 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.4, 20% PEG3350 / PH範囲: 7.2-7.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→50 Å / Num. obs: 15459 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 15.5 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.358 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 2.98→3.16 Å / 冗長度: 16 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 2399 / CC1/2: 0.513 / Rrim(I) all: 2.1 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4utv

4utv


解像度: 2.98→48.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 44.548 / SU ML: 0.386 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.453 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27485 773 5 %RANDOM
Rwork0.19785 ---
obs0.20163 14686 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 67.667 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20.11 Å20 Å2
2--0.22 Å2-0 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.98→48.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4232 0 52 55 4339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194410
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024064
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8721.9695967
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0993.0069425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5435541
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.39122.804189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.04915699
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6271535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2638
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214870
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02919
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0155.5872173
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.0155.5852172
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.9988.3662708
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.9978.3682709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1825.9682236
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1825.9692237
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1668.8143259
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.58664.5354629
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.58364.5464628
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 15972 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.978→3.055 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 54 -
Rwork0.361 1024 -
obs--97.82 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15930.6803-0.34840.843-0.44740.4164-0.07420.0933-0.0205-0.00080.00620.04370.05290.09530.0680.08430.02040.01210.1010.04850.064422.847426.095-6.2742
21.03610.17640.70220.222-0.39871.88730.0011-0.0354-0.02860.01940.05320.0062-0.0246-0.1625-0.05430.09530.0032-0.04040.11080.03460.0291-2.946329.7119-27.3463
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 298
2X-RAY DIFFRACTION2B33 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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