PDB-6fjm: tubulin-Disorazole Z complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6fjm

タイトル

tubulin-Disorazole Z complex

要素

Stathmin-4
Tubulin alpha-1B chain
Tubulin beta-2B chain
Tubulin tyrosine ligase

キーワード

CELL CYCLE / TUBULIN FOLD / CYTOSKELETON / MICROTUBULE

機能・相同性

機能・相同性情報

tubulin-tyrosine ligase activity / positive regulation of axon guidance / microtubule depolymerization / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / microtubule-based process / cytoplasmic microtubule / cellular response to interleukin-4 / tubulin binding / spindle microtubule / structural constituent of cytoskeleton ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

Gallus gallus (ニワトリ)

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Menchon, G. / Prota, A.E. / Lucena Agell, D. / Bucher, P. / Jansen, R. / Irschik, H. / Mueller, R. / Paterson, I. / Diaz, J.F. / Altmann, K.-H. / Steinmetz, M.O.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: A fluorescence anisotropy assay to discover and characterize ligands targeting the maytansine site of tubulin.
著者: Menchon, G. / Prota, A.E. / Lucena-Agell, D. / Bucher, P. / Jansen, R. / Irschik, H. / Muller, R. / Paterson, I. / Diaz, J.F. / Altmann, K.H. / Steinmetz, M.O.

履歴

登録	2018年1月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6fjm.cif.gz	927.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6fjm.ent.gz	761.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6fjm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6fjm_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6fjm_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6fjm_validation.xml.gz	88.9 KB	表示
CIF形式データ	6fjm_validation.cif.gz	122.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fjm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fj/6fjm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6fiiC 6fjfC 4i4tS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6nng-d 5m7e-d 5z4u-d 5xaf-d 6y4n-d 5ov7-d 7jfr-d 6f7c-d 5h74-d 6o61-d 4zol-d 5xhc-d 5mf4-d 6gj4-d 6s9e-d 5lxs-d 4yj2-d 5m7g-d 6agk-d 6lsm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (28) #176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (19) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (19) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #168 - 2013年12月 DNAヘリカーゼ (DNA Helicase) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#175 - 2014年7月
微小管 (Microtubules)
類似性 (28)
#176 - 2014年8月
ダイニン (Dynein)
類似性 (19)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (19)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tubulin alpha-1B chain

B: Tubulin beta-2B chain

C: Tubulin alpha-1B chain

D: Tubulin beta-2B chain

E: Stathmin-4

F: Tubulin tyrosine ligase

ヘテロ分子

265 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: equilibrium centrifugation

単位格子

Length a, b, c (Å)	104.390, 157.630, 179.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

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タンパク質 , 4種, 6分子 ACBDEF

#1: タンパク質	Tubulin alpha-1B chain / Alpha-tubulin ubiquitous / Tubulin K-alpha-1 / Tubulin alpha-ubiquitous chain 分子量: 50204.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: P81947
#2: タンパク質	Tubulin beta-2B chain 分子量: 49999.887 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: Brain / 参照: UniProt: Q6B856
#3: タンパク質	Stathmin-4 / Stathmin-like protein B3 / RB3 分子量: 16844.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Stmn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63043
#4: タンパク質	Tubulin tyrosine ligase 分子量: 44378.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: TTL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E1BQ43

-
非ポリマー , 8種, 870分子

#5: 化合物	ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP 分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₄P₃ / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#9: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#10: 化合物	ChemComp-DKN / Disorazole Z 分子量: 746.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₄₆N₂O₁₂
#11: 化合物	ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP 分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₈N₅O₁₂P₃ コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#12: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 851 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.56 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7 詳細: 10 % PEG 4k, 16 % glycerol, 30 mM MgCl2, 30 mM CaCl2, and 100 mM 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid/imidazole

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00004 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00004 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→55.974 Å / Num. obs: 172635 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.1 % / B_iso Wilson estimate: 46.1 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.105 / R_rim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 18.5
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 7.9 % / R_merge(I) obs: 3.126 / Mean I/σ(I) obs: 0.68 / CC_1/2: 0.243 / R_rim(I) all: 3.354 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2863: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4I4T

4i4t

解像度: 2.1→55.974 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2129	8641	5.01 %
R_work	0.1789	-	-
obs	0.1807	172624	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→55.974 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17402	0	229	864	18495

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	18076
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.621	24525
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.66	10830
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	2672
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3183

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1239	0.3867	315	0.3636	5353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1239-2.1489	0.3562	260	0.3407	5397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1489-2.1751	0.373	265	0.3351	5460	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2026	0.3427	279	0.3171	5382	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2026-2.2316	0.3469	282	0.3025	5437	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2316-2.2622	0.332	292	0.2904	5409	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2622-2.2945	0.3243	316	0.2866	5377	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2945-2.3287	0.3082	269	0.2706	5476	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3287-2.3651	0.3086	287	0.2595	5418	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3651-2.4039	0.2773	276	0.2468	5405	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4039-2.4454	0.2879	282	0.239	5436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4454-2.4898	0.2764	297	0.2265	5432	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4898-2.5377	0.3126	282	0.2255	5451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5377-2.5895	0.2651	294	0.21	5397	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5895-2.6458	0.2701	288	0.2066	5448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6458-2.7074	0.2655	298	0.2042	5436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7074-2.7751	0.2651	281	0.1982	5472	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7751-2.8501	0.2434	282	0.1915	5440	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8501-2.934	0.2557	281	0.1955	5445	X-RAY DIFFRACTION	100
2.934-3.0287	0.2297	278	0.1893	5489	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0287-3.1369	0.2128	287	0.1801	5450	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1369-3.2625	0.2407	323	0.1823	5465	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2625-3.4109	0.2051	293	0.1686	5453	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4109-3.5907	0.181	294	0.1588	5507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5907-3.8157	0.1808	300	0.1489	5459	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8157-4.1102	0.1581	289	0.1364	5525	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1102-4.5237	0.1452	295	0.1264	5541	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5237-5.1778	0.1492	275	0.1295	5558	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1778-6.522	0.2129	265	0.174	5670	X-RAY DIFFRACTION	100
6.522-55.9943	0.1913	316	0.1684	5795	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0913	-0.0464	-0.5224	3.8757	1.5756	3.0987	0.0008	0.0804	0.1648	-0.525	0.3352	-0.4626	-0.6657	0.4268	-0.2917	0.5046	-0.1034	0.0917	0.4879	-0.159	0.4636	31.6434	86.3483	52.6994
2	2.0894	0.1427	0.5245	3.699	1.3644	4.4027	0.0242	-0.1486	0.0932	0.4282	-0.0706	0.3076	-0.2258	-0.1847	0.0238	0.4115	0.019	0.0971	0.3618	-0.0966	0.3975	17.1432	86.6155	70.4496
3	1.1414	0.4603	-0.3563	3.2364	2.3867	5.6939	0.0147	-0.0871	-0.138	0.6743	0.2717	-0.272	0.7092	0.5618	-0.3054	0.5064	0.1288	-0.0519	0.4397	-0.1082	0.4678	29.5405	62.3569	62.2631
4	2.3291	-0.3254	-0.5638	3.4108	0.8852	2.912	0.1149	0.1146	0.3056	-0.3187	-0.0255	0.0183	-0.6292	0.0382	-0.0805	0.3716	0.0038	0.0187	0.3715	-0.0713	0.3588	21.4903	61.1163	21.1239
5	1.7752	-0.6339	0.362	1.516	0.6756	3.8551	-0.1503	-0.0917	0.0019	0.1763	-0.0698	0.356	-0.2031	-0.8665	0.1913	0.3948	0.0386	0.0535	0.5669	-0.1684	0.5036	7.325	59.8321	38.558
6	1.0433	-0.9701	-0.9196	4.4525	4.0438	5.8475	0.0215	-0.1981	-0.0485	0.7613	-0.0038	0.0408	0.6794	0.3211	-0.016	0.4278	-0.0003	-0.0197	0.4005	-0.0315	0.3716	22.6901	38.0658	32.0658
7	1.13	-0.0961	-0.1486	2.2572	0.1642	1.8593	-0.0036	0.1531	0.1342	-0.2797	0.0468	-0.0607	-0.1682	0.1093	-0.029	0.2938	-0.0628	0.0283	0.3585	-0.0316	0.3313	20.0262	32.6638	-11.5312
8	1.4304	-0.417	0.5392	1.5577	1.0662	2.5803	-0.0099	-0.103	0.1588	0.0066	-0.1798	0.2576	-0.0138	-0.4668	0.1695	0.2599	-0.0479	0.0326	0.3775	-0.0484	0.3895	2.4885	31.0799	3.7023
9	2.8113	-1.7771	-2.4376	4.1141	4.7495	6.8755	-0.0255	-0.0392	-0.0594	0.4205	0.2046	-0.0942	0.6057	0.2886	-0.1713	0.362	0.0324	-0.0348	0.2749	-0.0089	0.3392	22.5081	10.8032	2.2942
10	2.3424	-0.6961	-0.0834	2.3471	-0.1634	1.9918	-0.1188	0.5891	-0.0983	-0.5814	0.1811	-0.224	0.2267	0.2162	-0.0573	0.5991	-0.0769	0.0966	0.6782	-0.1686	0.3903	24.0433	2.5385	-39.6965
11	1.7272	-0.1277	-0.6123	1.9047	0.7853	2.572	-0.0914	0.4007	-0.1872	-0.2175	0.0323	0.2019	0.4091	-0.3761	0.0463	0.4894	-0.0978	0.0171	0.4765	-0.1123	0.3726	7.3364	-0.6879	-24.9789
12	3.4184	-1.1654	-2.5981	2.4473	2.1942	5.9973	-0.2358	0.0664	-0.6344	0.2293	0.1212	-0.1117	1.0345	0.5263	0.0802	0.7856	0.1118	0.0296	0.4679	-0.1731	0.6326	27.8663	-17.7748	-24.7267
13	5.1116	-2.9162	1.4357	3.8402	-3.8684	5.6854	-0.3205	-0.2528	0.1118	0.8428	0.3914	-0.7541	0.0636	0.4497	-0.1445	1.153	-0.034	-0.034	0.6584	-0.194	0.6134	25.5066	95.2734	83.6284
14	3.0628	3.2847	3.3413	3.4517	2.92	3.6764	0.0432	-0.2743	0.3955	0.3544	0.407	-0.3436	0.3054	0.6339	-0.7722	0.3607	0.0521	0.0031	0.733	-0.2582	0.6457	43.5864	55.4487	34.185
15	1.2259	-2.2093	-1.6862	8.2891	4.8626	3.1111	0.0024	0.111	-0.2273	0.2758	0.2521	-0.5639	0.4988	0.5039	-0.3341	0.482	0.0829	0.1274	0.7979	-0.2616	0.7266	42.7527	6.1282	-19.9104
16	3.6232	2.1337	-0.9004	7.1041	1.3585	4.0912	-0.5344	0.5762	-0.6417	-0.2736	0.1369	-0.1285	1.3988	-0.5573	0.3052	1.0338	-0.1427	0.1945	0.5947	-0.1387	0.5488	6.4679	54.7242	69.5421
17	3.0194	-0.0863	-0.2034	3.5367	-1.5501	4.2394	-0.059	-0.909	-0.5217	0.5444	-0.4901	-0.9311	0.5639	1.7518	0.415	0.8808	0.2168	-0.0826	1.2352	0.2293	0.7867	15.1358	57.4736	104.8557
18	2.964	0.6462	-2.0217	1.4131	0.4985	2.5213	-0.497	-0.0488	-0.6682	0.2361	0.256	-0.1058	1.0412	-0.1269	-0.0508	0.9732	0.0242	0.1453	0.4188	0.0501	0.6568	-1.5327	53.7039	93.1684

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 205)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 206 through 381)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 382 through 438)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 2 through 205)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 206 through 381)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 382 through 440)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 1 through 205)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 206 through 381)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 382 through 440)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 2 through 205)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 206 through 381)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 382 through 441)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 7 through 28)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 45 through 89)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 90 through 144)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 1 through 66)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'F' and (resid 67 through 198)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'F' and (resid 199 through 384)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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